Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001217.5
Sequence Length
1715 nt
GC Content
0.5907
AAGAGAGAAGAGAGACUGAAACAGGGAGAAGAGGCAGGAGAGGAGGAGGUGGGGAGAGCACGAAGCUGGAGGCCGACACUGAGGGAGGGCGGGAGGAGGUGAAGAAGGAGAGAGGGGAGAAGAGGCAGGAGCUGGAAAGGAGAGAGGGAGGAGGAGGAGGAGAUGCGGGAUGGAGACCUGGAGUUAGGUGGCUUGGGAGAGCUUAAUGAAAAGAGAACGGAGAGGAGGUGUGGGUUAGGAACCAAGAGGUAGCCCUGGGGGCAGCAGAAGGCUGAGAGGAGUAGGAAGAUCAGGAGCUAGAGGGAGACUGGAGGGUUCCGGGAAAAGAGCAGAGGAAAGAGGAAAGACACAGAGAGACGGGAGAGAGAAGAAGAGUGGGUUUGAAGGGCGGAUCUCAGUCCCUGGCUGCUUUGGCAUUUGGGGAACUGGGACUCCCUGUGGGGAGGAGAGGAAAGCUGGAAGUCCUGGAGGGACAGGGUCCCAGAAGGAGGGGACAGAGGAGCUGAGAGAGGGGGGCAGGGCGUUGGGCAGGGGUCCCUCGGAGGCCUCCUGGGGAUGGGGGCUGCAGCUCGUCUGAGCGCCCCUCGAGCGCUGGUACUCUGGGCUGCACUGGGGGCAGCAGCUCACAUCGGACCAGCACCUGACCCCGAGGACUGGUGGAGCUACAAGGAUAAUCUCCAGGGAAACUUCGUGCCAGGGCCUCCUUUCUGGGGCCUGGUGAAUGCAGCGUGGAGUCUGUGUGCUGUGGGGAAGCGGCAGAGCCCCGUGGAUGUGGAGCUGAAGAGGGUUCUUUAUGACCCCUUUCUGCCCCCAUUAAGGCUCAGCACUGGAGGAGAGAAGCUCCGGGGAACCUUGUACAACACCGGCCGACAUGUCUCCUUCCUGCCUGCACCCCGACCUGUGGUCAAUGUGUCUGGAGGUCCCCUCCUUUACAGCCACCGACUCAGUGAACUGCGGCUGCUGUUUGGAGCUCGCGACGGAGCCGGCUCGGAACAUCAGAUCAACCACCAGGGCUUCUCUGCUGAGGUGCAGCUCAUUCACUUCAACCAGGAACUCUACGGGAAUUUCAGCGCUGCCUCCCGCGGCCCCAAUGGCCUGGCCAUUCUCAGCCUCUUUGUCAACGUUGCCAGUACCUCUAACCCAUUCCUCAGUCGCCUCCUUAACCGCGACACCAUCACUCGCAUCUCCUACAAGAAUGAUGCCUACUUUCUUCAAGACCUGAGCCUGGAGCUCCUGUUCCCUGAAUCCUUCGGCUUCAUCACCUAUCAGGGCUCUCUCAGCACCCCGCCCUGCUCCGAGACUGUCACCUGGAUCCUCAUUGACCGGGCCCUCAAUAUCACCUCCCUUCAGAUGCACUCCCUGAGACUCCUGAGCCAGAAUCCUCCAUCUCAGAUCUUCCAGAGCCUCAGCGGUAACAGCCGGCCCCUGCAGCCCUUGGCCCACAGGGCACUGAGGGGCAACAGGGACCCCCGGCACCCCGAGAGGCGCUGCCGAGGCCCCAACUACCGCCUGCAUGUGGAUGGUGUCCCCCAUGGUCGCUGAGACUCCCCUUCGAGGAUUGCACCCGCCCGUCCUAAGCCUCCCCACAAGGCGAGGGGAGUUACCCCUAAAACAAAGCUAUUAAAGGGACAGAAUACUUCCUGUUUUCUCAGUGGUCUGAUUCUAGGCGCGGUGGGGAAACAUUUGGGUAUUAAAGAACAGACUUCUUCCGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-691.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -721.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 354.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((.((.(((.....(((((((((((.((((..(((((((..((((((.((((((((..(((((..((...(((((((((((((((((.((((((((((((....(((((......(((((((((((..(((...(((((((((((...((((((((((((((((..(((((....)))))(((((....)))))..............(((.(((((((((((((((........(((((((...((((.(((.(((((((((((((((...((((.......((.(((...(((((.(((((....))))).......((((.(.......((((..(....((((...((.....((((..(((((((((..(..(((((((((((((((((((.(((....))).)))))).)))))))(((((....)))))...((.....)).((((((((((.(((((...))))).((((((((((((..(((((..((((.(.(..(((..((.((((.((((((.((((.(((((((((((.......)))))).((.((((....)))))).((((.((.((((........((((....((((((((((((((((((((.((((((..(((.......))).)))))(.(((.(((.(((....(((((.(.....(((..((((((.((.((.....))))))))))))).....).)))))))).)))))).)((((...........)))).).))))).)))))).((((((.((.....)).)))))))))))))))....)))))))).)).)))).......))))))))).)))))).)))).)).)))..).).)))).))))).((.((((...((((...))))...))))..))..)))))))))))).......(((...(((....))))))(((.(((((.(((((.((......)).))))).))))).)))........))))))))))))))))....)..))))))))).))))..)).....))))....)..))))..).)))))))))..)))))......))))....)))))))))).)))))....))).))))))))))))))))).........)))))))))..))).....))))).).))))))))))............))).))))))))....)))...))...))))))))))))))...))))))...)))))).)))......(((.....)))..)))))))).....((.....)).(((((.((......)))))))))))))...)).))))))))).).))).))))))....)))))...))....)))))).)))....))))))...(((((..(((.....(((((.(((((..(((((((((((...)))).)..))))))..)))))....)))))...))).)))))((.((((.((.....((((((((......)))).)))).....)).)))).))...((((((((((..(((((.((....))..)))))..((((.......))))))))))))))..((((................))))....(((((((..((((((((((.(((((((....))))).)).))))))))))...)))))))......))).)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,.((((({{(.(((.....((((((,((((.{((({,(((((((.{((((((.(((,((((..(((((..((...(((((({(((((((,((.(((({,{,,{(({,{(({{{,.....,({{((((((({..(((,...(((((({(((((,((((((((((((((((..(((((....)))))(((((....)))))..............{{{.{{{(((({((((((({,......,((((((...((((.(((.(((((((((((((((,..((((..,.,..((.(((.,.(((((.(((((....))))).......((((.,.......((((..{.,.,(({{.{.({.....((((..(((((((((.,,..(((((,(((((((((((((.(((....))).)))))),,))))))(((((....)))))...{{.....}},((((((((((.(((((...))))).((((((((((((..(((((..((((.(.(..(((..((.((((.((((((.{(((.(((((((((((.......)))))).((.((((....)))))),((((.((.((((,.....,{((((....((((((((((((((((((((.,(((((..(((.......))).))))){.(((.(({.(((....(((((.(.....{((..(((((({((,({.....))))))))))))}.....).)))))))).)))))).|{(((..,|......,)))).}.)))))}}))))).((((((.((.....)).)))))})))))))))....)))))))).)).)))).,.....))))))))}.)))))).)))).)).)))..).).)))).))))).((.((((...((((...))))...))))..))..)))))))))))).((({{.(,{...,,|.,..}}),))|||.(((((.(((((.((......)).))))).))))).,,}........))))))))))))))))....,..))))))))).))))..)).,...))))..,,...))))..).))))))))).,)))}),..}..)))).},.)))))))))).))))),...))).)))))))))))))))))}.}}},.,,|||}}}}}}..}}),,,}.))))).),))))))))))............,}}.}})))))}....}}}...}),,,)))))))}))))))...)))))),,)))),}).))).,,...{||,,,,,,}),})))})))),,.,.,,.....}}.(((((.((......)))))))))))))...)).))))))))).,.))).))))))....)))))...))....)))))).)))}...))))))...(((((.{((((....(((((.(((((..((((({(((((...)))).}..))))))..)))))....}|||},,,||..,,)),}|)))|},}}}|||.((((((((......)))).)))){{{({,,.|||{.{|{,.((((((((((..(((((.((....))..)))))..((((.......))))))))))))))..{{{,.......,,,.,}},.,)))}}..{{{{{{|.,|||{{{{||{.|((((((....})))).)},)))))}}}))...))))}}}......))).))))))),.....
Back