Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001272072.2
Sequence Length
2666 nt
GC Content
0.6050
GCAAAGGCUGGAAGCAGAGCGAACUGGGAGCAGAGCACACAGAGCCGUGGAGCGAGAGAUGCCGGCCCUGGGCUGGGCCGUGGCUGCCAUCCUGAUGCUGCAGACGGCCAUGGCGGAGCCCUCCCCGGGGACUCUGCCCAGGAAGGCAGGGGUGUUUUCAGACCUAAGCAACCAAGAGCUGAAGGCAGUGCACAGCUUCCUCUGGUCCAAGAAGGAGCUGAGGCUGCAGCCCUCCAGUACCACCACCAUGGCCAAGAACACCGUGUUUCUCAUCGAGAUGCUGCUGCCCAAGAAGUACCAUGUGCUGAGGUUUCUGGAUAAAGGUGAAAGGCAUCCUGUGCGGGAAGCCCGUGCCGUCAUCUUCUUUGGUGACCAGGAGCAUCCCAAUGUCACCGAGUUUGCUGUGGGGCCCCUGCCAGGGCCCUGCUACAUGCGAGCACUGUCCCCCAGGCCUGGGUACCAGUCCUCCUGGGCAUCGAGGCCCAUCUCCACAGCAGAGUAUGCCCUCCUCUACCACACCCUGCAGGAAGCCACCAAGCCCCUGCAUCAGUUCUUCCUCAAUACCACAGGCUUCUCAUUCCAAGACUGCCAUGACAGAUGCCUGGCCUUCACCGAUGUGGCCCCCCGGGGUGUGGCUUCUGGCCAGCGCCGCAGUUGGCUUAUCAUACAGCGCUAUGUAGAAGGCUACUUUCUGCACCCCACUGGGCUGGAGCUCCUCGUGGAUCAUGGGAGCACAGAUGCUGGGCACUGGGCCGUGGAGCAGGUGUGGUACAACGGGAAGUUCUAUGGGAGCCCAGAGGAACUGGCUCGGAAGUAUGCAGAUGGAGAGGUGGACGUGGUGGUCCUGGAGGACCCGCUGCCUGGGGGCAAGGGGCAUGACAGCACAGAGGAGCCGCCCCUCUUCUCCUCCCACAAGCCCCGCGGGGACUUCCCCAGCCCCAUCCAUGUGAGCGGCCCCCGCUUGGUCCAGCCCCACGGCCCUCGCUUCAGGCUGGAGGGCAACGCUGUGCUCUACGGCGGCUGGAGCUUUGCCUUCCGGCUGCGCUCCUCCUCCGGGCUGCAGGUCCUGAACGUGCACUUCGGCGGAGAGCGCAUUGCCUAUGAGGUCAGCGUGCAAGAGGCAGUGGCGCUGUAUGGAGGACACACACCUGCAGGCAUGCAGACCAAGUACCUCGAUGUCGGCUGGGGCCUGGGCAGCGUCACUCAUGAGUUAGCCCCCGGCAUCGACUGCCCGGAGACCGCCACCUUCCUGGACACUUUCCACUACUAUGAUGCCGAUGACCCGGUCCAUUAUCCCCGAGCCCUCUGCCUCUUUGAAAUGCCCACAGGGGUGCCCCUUCGGCGGCACUUUAAUUCCAACUUUAAAGGUGGCUUCAACUUCUAUGCGGGGCUGAAGGGCCAGGUGCUGGUGCUGCGGACAACUUCAACUGUCUACAAUUAUGAUUACAUUUGGGACUUUAUCUUCUACCCCAACGGGGUGAUGGAGGCCAAGAUGCAUGCCACUGGCUACGUCCACGCCACCUUCUACACCCCCGAGGGGCUGCGCCACGGCACUCGCCUGCACACCCACCUGAUUGGCAACAUACACACUCACUUGGUGCACUACCGCGUAGACCUGGAUGUGGCAGGCACCAAGAACAGCUUCCAGACACUGCAGAUGAAGCUAGAAAACAUCACCAACCCCUGGAGCCCAAGACACCGCGUGGUCCAGCCAACUCUGGAGCAGACGCAGUACUCCUGGGAGCGCCAGGCGGCCUUCCGCUUCAAAAGGAAGCUGCCUAAGUACCUGCUCUUUACCAGCCCCCAGGAGAACCCCUGGGGCCACAAGCGCACGUACCGCCUGCAGAUCCACUCCAUGGCCGACCAGGUGCUGCCCCCAGGCUGGCAGGAGGAGCAGGCCAUCACCUGGGCAAGGACUGAGGGGGGCCAGCCCAGGGCCCUGAGCCAAGCUGCUUCGCCUGUGCCUGGCAGGUACCCCCUGGCAGUGACCAAGUACCGGGAGUCGGAGCUGUGCAGCAGCAGCAUCUACCACCAGAACGACCCCUGGCACCCGCCCGUGGUCUUUGAGCAGUUUCUUCACAACAACGAGAACAUUGAAAAUGAGGACCUGGUGGCCUGGGUGACGGUGGGCUUCCUGCACAUCCCCCACUCAGAGGACAUUCCCAACACAGCCACACCUGGGAACUCCGUGGGCUUCCUGCUCCGGCCAUUCAACUUCUUCCCAGAGGACCCCUCCCUGGCAUCCAGAGACACUGUGAUCGUGUGGCCUCGGGACAACGGCCCCAACUACGUCCAGCGCUGGAUCCCUGAGGACAGGGACUGCUCGAUGCCUCCCCCUUUUAGCUACAAUGGGACCUAUAGACCUGUGUGACCAGCCCCCAGUUCCUCCCCCAGUUCCUCCCAGGAAGCCCAGGAGCCUCACUGGGGCAGACAAUAAACCCUCAGAGCCUCGCUCUGUGUGCUGCUUCUUGCGGGGAGGCACAGGGCCAUGUGUGUAGGAAACACACGAACAGACGUGCACACACACAGACGUGCACACACACACAGACAUGCACACACACACAGACGUGCACACACACAGACGUGCACGCACUCACACGGACAUGCACACACAUGGCAUGUACUUUAUUCACACUGGUCUACUGCAGUCCAGAAAAGCCACCAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1085.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1132.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 508.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.((((((((.((((((((((.((.(..(((((((((.(((.(((((.......(((((.((((((.(((((((..(((((.(((((..((((....))))...(((((((((((....)))).)))))))))))).)))))((.(((((........))))).))....(((((.(((.((((.(((((((.(((......))).)))))))..)).)).))).).)))).......((..(((((.((.(((.((((((((....(.((((((.((.....)).(((((...)))))((((((((((((..(((.((((.(((....((((((((((((((..(((((((......((((((((..((......))...))))))))((((((((((((((((......)))))))...))).)))))).......((((((((.....((((((((((.(((((......)))))((((....((((((((.(((.((.....((((((((((((((..((......)).))))).....................(((((.((((((..((....))..))))..)).)))))(((...........))).....))))))))).....(((((((......))))))).....((((......)))))).))))))..))))).(((....)))..((((((.((((.((((((((((((((....)))).((((((((((((((((((((((..(((((.......((((((.(((....)))..))))))(((((((........((.((((((((((((.(((((((((((((.(.(..((.((((.((((((..(((((.((.......(((((((......))))))).......)).)))))((((((....)))).)).........(((((.(((....(((..(((((((((((..(((((.(((((.(((((((((((((.(((.(((((....).))).).))).)))))))))))))((((((.(((.(((((.((((.((.....)).)))).))))).))))))))).(((((..((....))..).))))))))))).)))(((((((.((((((......(((((....))))).....)).)))).))).))))))))).)))))))))))).)))))......)))))))))).))..).))))).)))))))))..)))...)).)))))))))...(((((((((......)))..))))))..)))))))...(((...((((....((((.(((((((.(.(((..(((.((.((((((........)))))))).))).............(((((((((((((.(((((((((((((..(((((........)))))................(((((..............))))).((((((.(((((((...((((...(((...)))..))))...)))....)))))))))).(..(((.((.((...(((....))).)).)))))..)(((.((..........)).)))((((((((.((.((((((........)))))).))))))))))......((((((....((..((((...........))))..))....))))))((((.((.((.(((((.(((((......))))).)..)))).))..)).))))))))))(((((((.((((.........))))))))))).)))))))))))))...))))))).))).).)))))))))))..)))).))).)))))))))))........)))))))))..(((((.(.((((.((((((..(((((.(((((((((((...(((((((..((.((......)))).)))))))....)).)))....)))))).)))))))))))..)))).).)))))))))).))..((.(((((.((((..(((((......))))).(((......))).)))).))))).))...)))))))))).)))).))))))...........))))...........))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))(((.(......).)))..((((((.............))))))...((.((((.....))))))))).)))).)))..).)))))))...))))...))))))))))))))).))).))...)))))..))....))))))).......)))))).))))).((((((....)))))).))))).))).))).(((.............)))...........))))))..).)).))))))))((.(((((((..((((..((....)).))))....))))))).))............((((((...)))))).)).)))))))).)).((..((((((..(((((((((((...................((((((..........))))))...........((((..(.........(.(((((((..........))))))))........)..)))).))))))))))).)))............((((.((.....)).))))....))).))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((,(((({(,((((((((.((.(..((((((({(.(((.(((({.,.....(((((.(((((({(((((((,,(((((.(((((,,((((....)))).,,(((((((((((....)))).)))))))))))).))))){({(((((........)))),.))....((((,,(((.((((.(((((((.(((......))).)))))))..)).)).))),).)))).......((..(((((.((.(((.((((((((....{.((((((,{{.....,,.(((((...)))))({((((((((((..(((.((((.(((....((((((((((((((..(((((((......((((((((..((,...,,)}...))))))))((((((((((((((((......))))))).,.))).)))))).......((((((((.....((((((((((.(((((......))))).,,,....(((((({{.(((.{{.....((((((((((,,((..(({{{...{|,|,,||{,{.{,...............{((((.((({{{..{,,,,.,),,}))),.)),))}})|{{.........)}))),,..}))))))))).....(((((((......))))))).....{(((......)))))).)))}})}}))))).{((....)))..((((((.((((.(((((((((({(({....}))){(,((((((((((((((((((((..(((((...{{{.,(((((.,{|},,,))|{{||,,,,(((((((.,{{,...{(.((((((((((((.(((((((((((((.(.(..((.((((.((((((..(((((.((...,...(((((((......))))))).......)).)))))((((((....)))).)).........{{((({((,..}}|||,.(((((((((((..(((((.(((((.{((((((((((((.(((.(((({....).))).}.))).))))))))))))|(((((,{(((.(((((.((((.((.....)).)))).))))).))))))))),{((((..{{.,,.))..}.}}},))))))).)))(((((((.(((({{......(((((....))))).....)).)))).))).))))))))),})))))|||,||,,,,,)),},,.)))))))))).))..).))))).)))))))))..)))...)).))))))))),},{((((((((......))),.}))))}..)))))))...,,|}}}|{{{....((((.((((((({({,,...|||{{(,((((((........)))))))),}),....,{((,.{(.((((((((((((,{((((((((((((({.(((((........))))).}.....,,....,,.{((((..............))))}.((((((.{((((((...((((...(((...)))..))))...))).,,.))}})))))).|.{(((.((.((...(((....))),)).))})).,}|{{.((..........,,.}}.((((((((.((.((((((........)))))).))))))))))...,{{((((((....||..{{{|,,,,,......}}})..}}....})))}}((((.((.((.(((((.(((((......))))).),.}))).))..)).))))))))))(((((({,((((.........))))))))))).)))))))))))))...))))))))))))).)))))))))))..}}},.},..)))))))))))........)))))))))..(((((.(.((((.((((((..(((((.(((((((((((...(((((((..((.((.....})})).)))))))....)).)))...,)))))).)))))))))))..)))).).)))))))))).))..{{.(((((.((((..(((((......))))).||{......}}}.)))).))))).})...)))))))))).)))).)))))},{,........}})}...,,,.....)))))}}))))))))))))))))))))))))))))))))).,,,{,.....|.|}|..((((((.............)))))).,,{{.((((.....))}))}))).)))}.)))..},}})))}},..}}))..,))))))))))))))).))).))...)))))..))..,.})))))),,.....)))))).))))).((((((....)))))).))))).))).})},(({.,...........)))..........}))))))..}.)).))))))))|||(((((((.,((((..({,,.{||,|}}}....,)))))|,||.,,.........((((((...)))))),)),))))}}})},,}}}}}}|,|}.|||{{{{((((((......,,|||,.......((((((..........)))))).............|||,,.........{.(((((((..........))))))),........|,{(((({.{|..,,)))))))).},.....,,,,||||}||..,},,}})))}...,))}......
Back