Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ARHGAP19-SLIT1_0001600

Sequence Length

893 nt

GC Content

0.5991

AAUGCUGCGGAACAACCGCAUCAGCUGCAUCCACAACGACAGCUUCACGGGCCUGCGCAACGUCCGGCUCCUCUCGCUCUACGACAACCAGAUCACCACCGUAUCCCCAGGAGCCUUCGACACCCUCCAGUCCCUCUCCACACUGAAUCUCCUGGCCAACCCUUUCAACUGCAACUGCCAGCUGGCCUGGCUAGGAGGCUGGCUACGGAAGCGCAAGAUCGUGACGGGGAACCCGCGAUGCCAGAACCCUGACUUUUUGCGGCAGAUUCCCCUGCAGGACGUGGCCUUCCCUGACUUCAGGUGUGAGGAAGGCCAGGAGGAGGGGGGCUGCCUGCCCCGCCCACAGUGCCCACAGGAGUGCGCCUGCCUGGACACCGUGGUCCGAUGCAGCAACAAGCACCUGCGGGCCCUGCCCAAGGGCAUUCCCAAGAAUGUCACAGAACUCUAUUUGGACGGGAACCAGUUCACGCUGGUUCCGGGACAGCUGUCUACCUUCAAGUACCUGCAGCUCGUGGACCUGAGCAACAACAAGAUCAGUUCCUUAAGCAAUUCCUCCUUCACCAACAUGAGCCAGCUGACCACUCUGAUCCUCAGCUACAAUGCCCUGCAGUGCAUCCCGCCUUUGGCCUUCCAGGGACUCCGCUCCCUGCGCCUGCUGUCUCUCCACGGCAAUGACAUCUCCACCCUCCAAGAGGGCAUCUUUGCAGACGUGACCUCCCUGUCUCACCUGGCCAUUGGUGCCAACCCCCUAUACUGUGACUGCCACCUCCGCUGGCUGUCCAGCUGGGUGAAGACUGGCUACAAGGAACCGGGCAUUGCUCGUUGUGCUGGGCCCCAGGACAUGGAGGGCAAGCUGCUCCUCACCACGCCUGCCAAGAAGUUUGAAUGCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-321.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -335.23

Frequency: 0.0000

Diversity: 248.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((.(((((.....))))).)).((((((.((.......((((((..(((((((((((((((((((.((((.(((.....)))..............((.........))((((.((..(((((..((((((((((((..........((((((((...((((.((.(((.....(((((((..(((....))).)))))))...(((((.((.(..((.((..(((((((((((((.(.(((....))).)...))))))..).))))))..)).))..).))))))).......))).)).))))..)))))))))))))))))))).((((..((.((((.(((.(((((((......))))..))).))).))))..))..))))......((((.(((((((...)))).(((((((((((......(((.((((......))))))).(((((((((....))))))))))))).((((((.(((......)))...)))))).((((..(((((.........((((((.......(((.....(((............)))...))).......))))))))))))))).))))))))))))))....((((..(((((...((((((...(((...(((((..((((((......))))))............(((((...)))))......)))))..)))...))))))........)))))..)))).............(((.(((.((((.......)))).))))))..)))))..))..))))...)))).)))))).......))))))).))))))((((.....(((((((...))).))))......))))....)))))))).))))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..((.(((((.....))))).)).((((((.,,......,|{{{((.,(((((((((({{((((.(((((((...{...((((................)))).....)))))))...}}}......(((({,,{{,,,.....}...{(((((((({..((,,.,,.(((,....|||||,{}},,|}}}})))}))}}}}}...||{{|}||,.,.{|,||..((((((,((((((.{.(((....))).}...))))))..}.)))))).,||,|}{,|{|||||||,{.{{..,,}.,),})))}}))))}|||||||||||||,,...||}}}{{{{.(((.((((.((((.,({{,.((((.(((((......)))))..)))),.....))})))).)))).))).....}))){,((((.....{(((.((((......))))))),(((((((((....))))))))))))|{((((((.(((......)))...)))))).}}(((.((((.{........}.)))).)))...,,,....}|||}||}........|||,,((((,.,,.,,{{|.,,{|||||,,{{||||,,,{{{{{||...,{((({{(((((...((((((...,,,}}}|||,,..((((((......))))))............(((((...)))))......}}}||..|}|...,,}}}|||{{{{{{|||,,..|||}...,}}.......{((.(((.((((,....,.)))).))))))}}))))).,))}.))))}.))))...}))))))))).}))))))),)))}}){{||,,.,||||||{,...))).)))}.,,},})))),...)}}))))).))))..})