Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ARHGAP19-SLIT1_0002500

Sequence Length

1065 nt

GC Content

0.5878

GCACCUGGCGCAGAACCCUUUCAUUUGCGACUGUAACCUCAAGUGGCUGGCAGACUUCCUGCGCACCAAUCCCAUCGAGACGAGUGGUGCCCGCUGUGCCAGUCCCCGGCGCCUCGCCAACAAGCGCAUCGGGCAGAUCAAGAGCAAGAAGUUCCGGUGCUCAGCCAAAGAGCAGUACUUCAUUCCAGGCACGGAGGAUUACCAGCUGAACAGCGAGUGCAACAGCGACGUGGUCUGUCCCCACAAGUGCCGCUGUGAGGCCAACGUGGUGGAGUGCUCCAGCCUGAAGCUCACCAAGAUCCCUGAGCGCAUCCCCCAGUCCACGGCAGAACUGCGAUUGAAUAACAAUGAGAUUUCCAUCCUGGAGGCCACUGGGAUGUUUAAAAAACUUACACAUCUGAAGAAAAUCAAUCUGAGCAACAACAAGGUGUCAGAAAUUGAAGAUGGGGCCUUCGAGGGCGCAGCCUCUGUGAGCGAGCUGCACCUAACUGCCAACCAGCUGGAGUCCAUCCGGAGCGGCAUGUUCCGGGGUCUGGAUGGCUUGAGGACCCUAAUGCUGCGGAACAACCGCAUCAGCUGCAUCCACAACGACAGCUUCACGGGCCUGCGCAACGUCCGGCUCCUCUCGCUCUACGACAACCAGAUCACCACCGUAUCCCCAGGAGCCUUCGACACCCUCCAGUCCCUCUCCACACUGAAUCUCCUGGCCAACCCUUUCAACUGCAACUGCCAGCUGGCCUGGCUAGGAGGCUGGCUACGGAAGCGCAAGAUCGUGACGGGGAACCCGCGAUGCCAGAACCCUGACUUUUUGCGGCAGAUUCCCCUGCAGGACGUGGCCUUCCCUGACUUCAGGUGUGAGGAAGGCCAGGAGGAGGGGGGCUGCCUGCCCCGCCCACAGUGCCCACAGGAGUGCGCCUGCCUGGACACCGUGGUCCGAUGCAGCAACAAGCACCUGCGGGCCCUGCCCAAGGGCAUUCCCAAGAAUGUCACAGAACUCUAUUUGGACGGGAACCAGUUCACGCUGGUUCCGGGACAGCUGUCUACCUUCAAGUACCUGCAGCUCGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-389.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -407.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 225.80

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((((((.............((.(((.........))).))..((((.....))))((((((.((..........)).))))))...))))))))).....((((...)))).....((((.(((((..((((..((((..(((((...(.(((((.......))))).))))))....(((((..((((.((((((((((..((((((.((((......((((.....)))).......))))))))))..))).....)))))..)).)))).)))))..)))).....)))))))))))))......(((((((.(......))).))))).......................(((((((..(.((((((.(((.....))).)))))).)......(((((((((.((.(.....).)))))))..))))......)))))))((((......)))).))).((((((((((....(((((((.((((((.........(((((((.....))))))))).)))).))))(((.(((..(...((.(((((.....))))).))...)..))).))).(((((((....(((((((((....(((.(((((((.......((((................)))).....)))))))...)))......((((((((((((..........((((((((...((((.((.(((.....(((((((..(((....))).)))))))...(((((.((.(..((.((..(((((((((((((.(.(((....))).)...))))))..).))))))..)).))..).))))))).......))).)).))))..)))))))))))))))))))).((((..((.((((.(((.(((((((......))))..))).))).))))..))..))))...........)))))))))((((....)))).((((......(((.((((......))))))).(((((((((....))))))))))))).)))))))........)))...))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{{(((((((((........,,,,,({,{{{,....,.},))),)}..((((.....))))((((((.((..........)).))))))...))))))))).....((((...)))).....((((.(((((..((((..((((..(((((...{.(((((.......))))).})))))....(((((..((((.((((((((((..((((((.((((....{,{{{(,,,..,}}}.},....))))))))))..))).....))))}.,)).)))).)))))..)))).....)))))))))))))......{{((({{.(({{{..,||{|||||.....,,}},......,,,|{{{({{((((,((,((((((.(((.....))).))))))........(((((((((.(,.(.....,,)))))))..))))...,|||||}}}}{{(({{{{{|||||,|||.{{{((((((,..,..,,((((.(((({{||...||,,(((((((,...,))))))))}.)))).)))){{{,(({..,...((.(((((.....))))).))...}..)}}.},,.{{|||||,,,,|||{{||||,...(((.(((((((...{...((((................)))).....)))))))...)))......((((((((((((.........,((((((((...((((.({.(((.....(((((((..(((....))).)))))))...(((((.((.,..((.((..(((((({((((((.{.(((....))).}...))))))..}.))))))..)).))..}.))))))).,,....))).)).))))..)))))))))))))))))))).,{||,,|{.{{{|,|||,|{,||||....,,)))),,))),)}}.}}|}..}}..}}}}......}}...,))))))))({{(....)))}.(({{.....|(((.((((......))))))),(((((((((....))))))))))))}.||||||}{{{.....,))}..}))))))}))