Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_COCH_0001600

Sequence Length

698 nt

GC Content

0.3524

CUGAGCUGUAUUAGGCAAAAGAAGGAAAGAAAGUGGUUACAGGGCAACGGGUCAGUGAGAUCUCUGUGUUUUAGGGUUGUAUAAUGCAGAAAAACUUCAAUACAAUCUUGAGCACUGUUGUGACAGGCUAAAUAUAUAAAAAGACUUAUAAAAACUAGAAUUUUAUCCAAACAUUUUGUGCAACUAAUGCUAAAAUAUUUUAAGUUAAAUUUUCUUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUAAAGCAAAAUAAGUUUAAAAGGGAAUCUGUGGCAUUCAACCGAUAAACAGAAGAUCACUAAGAGAUGAAAAAAAGCUACUCUUGGAGCUCACUUCCCCCAACAAGAGCACCACAUUCCUAACCCCUAAGGCAGCACACAGAGUCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAGAAAAAAAAAAACUUUUUUGAAAGAUCAGACUCCACAUUGGCUUAAAGACACCUAAAAACAGAUAUACGCUCAGUUCACAUCCAGUACAGGCCACAAAUACUGGAGUCCUUUUUUCUUUGUCCCACAAAAUACAGUAAUUACAGUUAACUUAAUGAGCUUGACAUUAAGAUGUGAUUUCCACCAAUUUGUGCCUGCCCCAGAUAGCCUUCACCAGGCAGAUCACAUGUAGUGUCAUAUCAGUAACCUUUCUGAUGGCAGUGAUGCAGACCCUCUUUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-144.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -157.23

Frequency: 0.0000

Diversity: 175.07

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..(((......)))...))(..((((((..((.(((....))).))(((((.(((((((.((((.(((((((((((((((..((.((.....)).)))))))))))).(((.((((....))))))).....(((((......)))))))))))))))))))))......((((((.(((.....)))))))))...(((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((.......)))).....(((.((((((((........(((.........))).(((((((..(........)..))))))).((((..............))))........(((........)))..)).)))))).)))..............)))))))))))))))))))))))))).((((((......))))))((((((...(((((((...((((((.............(((.((.......)).)))............)))))).......)))))))..))))))(((((...)))))...............)))))))))......((((((((..((((((((............((((((....((.....))....)))))))))))))).))))))))((((((........))))))(((....))).))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{..(((......)))...||(,{(({{{{..({,(({.,..|||.,}(((((.{({{{{{,{((({(((((((((((((((..((.((.....)).))))))))))))}(((.((((....))))))).....{({{{......}}}}}.,|,,,}||,}}}},,......((((((.(((.....))))))))).,,|{{{{{{{,.((((((((((((((((((((((((((.((((.......)))).....(((.((((((((........,,...........,,.(((((((..{........,..))))))).((((..............))))........(((........)))..)).)))))).)))...........,,,)))))))))))))))))))))))}}||{{((({,.....}))))}((((({...(((((((..,((((({.............{{{.{{.......}}.))}........,}..})))))....,..)))))))..)))))){{{{{...})))}.....},..,,,}.,}}}}}}}},.,,...((((((({..((((((((............{(((((....{(.....}}....)))))))))))))).)))))))){(((((........)))))}{|{..,,))).))))))))))))