Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0000800

Sequence Length

1359 nt

GC Content

0.4687

UGACCAAGAAUUUAAGUGAGAAAAGAUCAGCCAAAUCAUCUGAAAUGUCUCCAGUGCCUAUGAGGUCAGCUGGCCAAACAACUAAAGCCCACUUGCAUCAACCCCACAGAGUAAGCCAGGUGCUUCAGGUGCCAGCUGUUAAUUUGCACCCCAUCAGGAAGAAGGGACAAACAAAAGACCCUGCACUGAAUACAAGUUUACCUCAGAAAGUUUUAGGAACAACUGAAGAAAUAAGUGGUAAGAAGCAUACAGAAGACACUAUUUCUGUGGCGUCAUCUUUACAUUCUAGUCCUCCUGCAUCUCCUCAAGGCUCCCCUCACAAAGGUUACACACUUAUUCCAUCAGCUAAAUCUGACAACUUGUCUGACUCCAGCCAUAGUGAGAUUUCUUCACGGUCCAGCAUCGUGAGCAAUUGUUCUGUUGACUCCAUGUCUGCAGCUCUACAGGAUGAACGGUGUUCCUCUCAGGCCCUGGCAGUCCCUGAAUCCACUGGGGCAUUGGAAAAGACAGAGCACGCUUCAGGGAUAGGAGAUCAUAGUCAACAUGGCCCUGGGUGGACACUCUUGAAGCCAUCUCUAAUCAAGUGUUUAGCUGUCUCAUCGUCUGUGAGCAAUGAAGAGAUUUCUCAAGAGCAUAUCAUUAUAGAAGCAGCUGACAGUGGUCGUGGAAGUUGGACUUCGUGUUCAAGCAGCUCCCAUGACAACUUCCAAAGCCUUCCAAACCCAAAAAGCUGGGAUUUUUUGAACUCUUACAGACAUACCCAUUUGGAUGACCCCAUUGCUGAAGUUGAACCCACUGACUCUGAGCCCUAUUCCUGUUCUAAAAGCUGCUCUAGAACUUGUGGGCAGUGUAAAGGAAGCCUAGAGAGAAAGAGUUGGACCUCCUCCAGUUCUCUGUCUGACACGUAUGAACCAAACUAUGGGACAGUUAAACAGAGAGUAUUGGAGAGCACCCCAGCUGAGUCAUCUGAAGGCUUGGACCCCAAGGAUGCCACUGACCCAGUUUAUAAAACUGUCACUUCAAGUACAGAAAAGGGCUUGAUUGUGUACUGUGUCACCUCACCCAAGAAGGACGAUAGGUAUAGGGAGCCACCUCCCACUCCUCCAGGAUAUUUGGGGAUUUCUUUAGCGGACCUAAAGGAAGGACCCCACACACACCUAAAACCUCCAGAUUAUAGUGUGGCAGUGCAGAGGUCAAAGAUGAUGCAUAACAGCCUCUCUAGACUGCCACCAGCUUCUCUCAGUAGCAACCUCGUGGCCUGUGUUCCAUCGAAGAUUGUAACUCAGCCUCAGAGGCAUAAUUUGCAGCCAUUCCAUCCUAAACUAGGAGAUGUGACUGAUGCAGAUAGCGAAGCAGAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-390.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -415.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 208.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.........((((...(((.......)))...))))((((((...(((.....((((((.((((((((((((((...((..((.((((((.(((((.((.........)))))))...)).)))).))))))))))))....((((...(((.((.....)).))).))))........(((((((((..(((((((((...(((((((((((((((.....((((.(.((((((((((((((.((.(((((((........))))))))).))...................(((...........)))....(((.....))))))).)))))))).).)))).....))))).))))).))))).(((((((.(((((.(((((.((((((((.....)))))))).....(..((((.(((.....))).))))..)..((((.(((..((....))..)))...)))).........)))))))))).)))..))))......((((((.((((((((((((((.(.(((.(((((.(((((..(((..(((((((....(((((((.(((((((((..((((.(((((.((.....(((((((...(((..(((....))).....)))....)))))))))))))))))).))))..))).)).))).)))))))))))..)))...))))).(((((((...((((.((((((..........((((....((((........))))....)))))))))).)........)))))))))).......))))).))).)))))))))))......)))))))))).)))))))))..))))))..)))((((((..(((((...((((((..(((.(((((((((((((.((((.....((..(((.....)))..)))))).)))))))..)))))))))....))))))...)).)))..))))))((.((.(.(((.(((.(((((..((((((...)))))).(((.((((((.(......).))))))..)))....(((......))).......(((.(.(((((...(((((....)))))..(((....)))....(((((.(((((((((.....)))))))))...))))).....)))))...).))).......(((((((((((..((((((.....(((...)))....))))))....))))))))..)))....))))).))).))).).))))((.(((.((........)).))).)))))))).)))))).(((((((..((.((((((((......)).)))).)).)).))))))).)))...))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.........,{{{...{((.......))}...,,,,((((((...{({,,...((((((.((((((((((((((...,,..((.((((((.(((((.((.........)))))))...)).)))).}))}))))))))....,{((...(((.((.....)).))).}}},........(((((((((..(((((((((...(((((((((((((((.....((((.(.((((((((((((((.((.((((((({......|))))))))).)).,,,.........,{.{,,..,,..........})),,..{{{.....)))}))).)))))))).).)))).....))))).))))).))))).(((((((.(((((.((((,.{(((((((.....)))))))}.....{..((((.(((.....))).))))..}..{{(({{,,.{((.|,,||,.,||||.,}))..,),,},})))))))))).)))..))))......((((((.((((((((((((((.(.(((.(((((.(((((..(((..(((((((....(((((((.((((({(({,.(((({((((({,({.,..{{{(((({,.{({..({,....))),,,.,},}.,,.},,,,)),)))))))))).)))}..)))},).))).)))))))))))..)))...))))).(((((((...(((..{{{{{{.{{{,,....((((....((((........)))).,..)))))))))}.}........)))))))))).......))))).))).)))))))))))......)))))))))).)))))))))..)))))),.}))((((((..(((((...((((((..(({{(((((((((((((.((((.....((..(((.....)))..)))))).)))))))..}))))))))....))))))...)).)))..))))))((.((.(.(((.(((.(((((..((((({...}))))).(((.((((((.(......).))))))..))|,{{{{((({.{,({......},.)),.},|||||,..(((((....)))))..(((....)))....(((((.(((((((((.....)))))))))...))))).....,,,,.........,{{....{({((((((((..((((((.....(((...)))....))))))....))))))))..,,,,,,.))))).))).))).).)))){(.(((.((........)).))).)))))))).)))))).(((((((..((.((((((((,...,,)),}})).)).)).))))))).}}}...))))))