Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0001000

Sequence Length

1625 nt

GC Content

0.4498

UGGCUUGAACCUGGCAUCUGUAGCAAGACUCAGAGGAACUUGGGAAAAGUUACCAAGCAAAUACGAGAAACAUCUUCAAGAUCUACAAGACAUUUUUGAUCCAUCUAGAAACAUGGCAAAGUAUAGAAAUAUUCUUAGUAGUCAAAGUAUGCAGCCUCCAAUUAUUCCACUCUUCCCUGUUGUCAAGAAAGAUAUGACAUUUCUACAUGAAGGAAAUGACUCCAAAGUAGAUGGUUUAGUAAACUUUGAGAAGUUAAGAAUGAUUUCCAAGGAAAUCCGCCAAGUUGUUCGAAUGACUUCUGCUAACAUGGACCCAGCUAUGAUGUUUCGACAGAGGAAGAAGAGGUGGCGGAGUCUGGGGUCACUGAGUCAAGGAAGCACAAAUUCAAACAUGCUGGAUGUUCAGGGAGGUGCUCACAAAAAAAGGGCACGCCGCAGCUCUCUGCUUAAUGCCAAGAAGCUAUAUGAGGAUGCCCAAAUGGCAAGGAAGGUGAAGCAGUAUCUUUCCAGUCUCGAUGUAGAGACAGAUGAGGAGAAGUUCCAGAUGAUGUCAUUACAGUGGGAGCCUGCAUAUGGUACCUUGACCAAGAAUUUAAGUGAGAAAAGAUCAGCCAAAUCAUCUGAAAUGUCUCCAGUGCCUAUGAGGUCAGCUGGCCAAACAACUAAAGCCCACUUGCAUCAACCCCACAGAGUAAGCCAGGUGCUUCAGGUGCCAGCUGUUAAUUUGCACCCCAUCAGGAAGAAGGGACAAACAAAAGACCCUGCACUGAAUACAAGUUUACCUCAGAAAGUUUUAGGAACAACUGAAGAAAUAAGUGGUAAGAAGCAUACAGAAGACACUAUUUCUGUGGCGUCAUCUUUACAUUCUAGUCCUCCUGCAUCUCCUCAAGGCUCCCCUCACAAAGGUUACACACUUAUUCCAUCAGCUAAAUCUGACAACUUGUCUGACUCCAGCCAUAGUGAGAUUUCUUCACGGUCCAGCAUCGUGAGCAAUUGUUCUGUUGACUCCAUGUCUGCAGCUCUACAGGAUGAACGGUGUUCCUCUCAGGCCCUGGCAGUCCCUGAAUCCACUGGGGCAUUGGAAAAGACAGAGCACGCUUCAGGGAUAGGAGAUCAUAGUCAACAUGGCCCUGGGUGGACACUCUUGAAGCCAUCUCUAAUCAAGUGUUUAGCUGUCUCAUCGUCUGUGAGCAAUGAAGAGAUUUCUCAAGAGCAUAUCAUUAUAGAAGCAGCUGACAGUGGUCGUGGAAGUUGGACUUCGUGUUCAAGCAGCUCCCAUGACAACUUCCAAAGCCUUCCAAACCCAAAAAGCUGGGAUUUUUUGAACUCUUACAGACAUACCCAUUUGGAUGACCCCAUUGCUGAAGUUGAACCCACUGACUCUGAGCCCUAUUCCUGUUCUAAAAGCUGCUCUAGAACUUGUGGGCAGUGUAAAGGAAGCCUAGAGAGAAAGAGUUGGACCUCCUCCAGUUCUCUGUCUGACACGUAUGAACCAAACUAUGGGACAGUUAAACAGAGAGUAUUGGAGAGCACCCCAGCUGAGUCAUCUGAAGGCUUGGACCCCAAGGAUGCCACUGACCCAGUUUAUAAAACUGUCACUUCAAGUACAGAAAAGGGCUUGAUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-455.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -484.75

Frequency: 0.0000

Diversity: 430.25

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.......((((((((((((...(.(((((((...(((((.........))))).......((((((..((((((...((.(((.(((.....(((..((.(((((.((..(((...(((((........((....))......))))).)))..............((((((((((((.......((((((..(((((((.......)))))))....((((((..((......))..))))))((((((((.(((((((((....((....))...)))))))))...)))))))).....(((((......))))))))))))))))).))))))(((((((((((((.(((.((.((..(((((((.(.((((....((((...(((((((((.....(((((((.(((((.......(((((..(((.((((((..((.....))..)).))))...)).)..)))))..(((((..((((((((((((((..(((((...(((((......)))))......(((((.(((.((((((((((((.......(((.(((.......))).)))))))............(((.......))).....)))))))).))).))))).((((..((.....((((((((...((..((.((((((.(((((.((.........)))))))...)).)))).))))))))))))...))..))))(((.((.....)).))).......)))))..))))............)))))))((((((((((((((.....((((.(.((((((((((((((.((.(((((((........))))))))).))...................(((...........)))....(((.....))))))).)))))))).).)))).....))))).))))).))))..))).))))).))))))))))))....)))))))))..))))....)))).).)))))))..)).)).))))))).(((((......((((.((.((((((.((((((.((((((..((((.(((((((..((............)).)))))))))))))).)))....))))....)).)))))).)))))))))))..)))))))))......)).))))).))..)))..))))))))....))))))..))))))...(((...((......))....)))..((((((((((((.((((((((.....)))))....))).))))))(((((((...((((.((((((..........((((....((((........))))....)))))))))).)........))))))))))...)))))).)))))))).))))((((.........(((((((..........)))))))....))))(((((..(((((...((((((..(((.(((((((((((((.((((.....((..(((.....)))..)))))).)))))))..)))))))))....))))))...)).)))..)))))(((...))).)))))))).......(((((...)))))))))(.((((((.(......).))))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({,,.,,..(((((((({{{{...(,(((((((,..(((((.........))))).......((((({..((((({.{,,({(({((({,,,,{(((,,((,{{{,,.,,|}||{...|{{||}},,|.,}}},.}})}}}....}}}}}.||}..............((((((((((((,,.....,,{,..,.(((((((.......)))))))....((((((..((......))..))))))((((((((.(((((((((....((....))...)))))))))...)))))))).....(((((......))))),},},,)))))).))))))(((((((((((((.(((.((.((..(((((((,(.((((....{(({..,(((((((((,,...(((((((.(((((.......(((((..{({,((((((..((.....))..)),,)))...}).}}.)))))..(((((..((({(((((,,,,(,,(|{{|,,.(((((......)))))......(((((.(({.(((((((({{{{......,(({.(((.......))).)))}}))...........,{((.......))}.....)))))))).})).))))).((((..((..,,.((((((((...,,..((.((((((.(((((.((.........)))))))...)).)))).}))}))))))))...}}..)))){{{.((,,...}},|||.,......,,),,}))}},|||..,,|.,|))))))|((((((((((((((.....((((.(.((((((((((((((.((.((((((({......|))))))))),)).,,,.........,{.{,,..,,..........}))},..{{{.....)))}))).)))))))).).)))).....))))).))))).)))),.})).))))).)))))))))))).},,})))))))).,))))....))))}).)))))))..)).)).))))))).(((({.....{((({{((.(((((({(,((((.((((((,.{(((.(((((((..{{........,,..}}.)))))))))))))).))}....)))}....)),}})))).)))))))}))}..)))))))))......}||||||||||,,|||..}|}|}||||...}}}}}}..))))))..,{,{...||......||{|,.|||,,|((({(((((((.((((((((.....))))}..}}))).))))))|{|||{{...|||},||,,,,,(({......||||.,,,||||....,,,,))))....}}},}}})),,,....,,.,))))}})))}...)))|}}.))})))|||}},|{{{{,,.{,....(((((((..,....,..)))))))....)))|(((((..(((((...((((((..{{,{(((((((((((((.((((.....((..(({.....)))..)))))).)))))))..)))))))})....))))))...)).)))..)))))|((..,))}.)))))))}.,{,..{(((({...})))))))){.{{{{{{.{,.....).))))))..)