Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0001800

Sequence Length

855 nt

GC Content

0.4596

AUACAAGUUUACCUCAGAAAGUUUUAGGAACAACUGAAGAAAUAAGUGGUAAGAAGCAUACAGAAGACACUAUUUCUGUGGCGUCAUCUUUACAUUCUAGUCCUCCUGCAUCUCCUCAAGGCUCCCCUCACAAAGGUUACACACUUAUUCCAUCAGCUAAAUCUGACAACUUGUCUGACUCCAGCCAUAGUGAGAUUUCUUCACGGUCCAGCAUCGUGAGCAAUUGUUCUGUUGACUCCAUGUCUGCAGCUCUACAGGAUGAACGGUGUUCCUCUCAGGCCCUGGCAGUCCCUGAAUCCACUGGGGCAUUGGAAAAGACAGAGCACGCUUCAGGGAUAGGAGAUCAUAGUCAACAUGGCCCUGGGUGGACACUCUUGAAGCCAUCUCUAAUCAAGUGUUUAGCUGUCUCAUCGUCUGUGAGCAAUGAAGAGAUUUCUCAAGAGCAUAUCAUUAUAGAAGCAGCUGACAGUGGUCGUGGAAGUUGGACUUCGUGUUCAAGCAGCUCCCAUGACAACUUCCAAAGCCUUCCAAACCCAAAAAGCUGGGAUUUUUUGAACUCUUACAGACAUACCCAUUUGGAUGACCCCAUUGCUGAAGUUGAACCCACUGACUCUGAGCCCUAUUCCUGUUCUAAAAGCUGCUCUAGAACUUGUGGGCAGUGUAAAGGAAGCCUAGAGAGAAAGAGUUGGACCUCCUCCAGUUCUCUGUCUGACACGUAUGAACCAAACUAUGGGACAGUUAAACAGAGAGUAUUGGAGAGCACCCCAGCUGAGUCAUCUGAAGGCUUGGACCCCAAGGAUGCCACUGACCCAGUUUAUAAAACUGUCACUUCAAGUACAGAAAAGGGCUUGAUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-239.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -255.60

Frequency: 0.0000

Diversity: 148.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((...(((((((((((((((.....((((.(.((((((((((((((.((.(((((((........))))))))).))...................(((...........)))....(((.....))))))).)))))))).).)))).....))))).))))).))))).(((((((.(((((.(((((.((((((((.....)))))))).....(..((((.(((.....))).))))..)..((((.(((..((....))..)))...)))).........)))))))))).)))..))))......((((((.((((((((((((((.(.(((.(((((.(((((..(((..(((((((....(((((((.(((((((((..((((.(((((.((.....(((((((...(((..(((....))).....)))....)))))))))))))))))).))))..))).)).))).)))))))))))..)))...))))).(((((((...((((.((((((..........((((....((((........))))....)))))))))).)........)))))))))).......))))).))).)))))))))))......)))))))))).))))))))((((((((......((((((..(((((...((((((..(((.(((((((((((((.((((.....((..(((.....)))..)))))).)))))))..)))))))))....))))))...)).)))..))))))...((....))....))))).)))(((((...)))))))((..((((((.(......).)))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((((...(((((((((((((((.....((((.(.((((((((((((((.((.((((((({......|))))))))).)).,,,.........,{.{,,..,,..........})),,..{{{.....)))}))).)))))))).).)))).....))))).))))).))))}.(((((((.(((((.((((,.{(((((((.....)))))))}.....{..((((.(((.....))).))))..,..{{(({{,,.{((.|,,||,.,||||,,}})..,)},}}})))))))))).)))..))))......((((((.((((((((((((((.(.(((.(((((.(((((..(((..(((((((....(((((((.((((({(({,.(((({((((({,({.,..{{{(((({,.{({..({,....))),,,.,},}.,,.},,,,)),)))))))))).)))}..)))},).))).)))))))))))..)))...))))).(((((((...(((..{{{{{{.{{{,,....((((....((((........)))).,..)))))))))}.}........)))))))))).......))))).))).)))))))))))......)))))))))).)))))))}((((((((......((((((..(((((...((((((..(({{(((((((((((((.((((.....((..(((.....)))..)))))).)))))))..}))))))))....))))))...)).)))..)))))),..,{},..}}.,.,))))).))){((({...}))))))((..((((((.(......).)))))).))