Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_RAPGEF6_0002400
Sequence Length
2952 nt
GC Content
0.3828
UUGGCAGUAUCAUAUCUGAUCACAGCAGCAAGAUCAGUGGCCAGAGCUGCCCCGGAAUAGGUGGGGCUUACUUGCAAAAGAAAAUCCUUCAGAUUACCAGGAGCACAGCCAAAAGAACAGACAGUACUGAGAAGGCCACUGAGGAGAAUAGAGACAGGACAAGUUGUGAGAACACAACCAGAAAAAGAAUGACAUCCCCGUUUAGAAGACUUAGGGAAAGAAUGCUUUCAAGGGAGAGACUAGUCAACAGCCAAAAAGAGGACACAGAUCACAAUCAAGCUACAGAAAGCUGUGAGAAAGUGAAGGAUGUUGGAAGCAACAUCAAAGAUGAGAAAGGGAGUGCCAUCUUCAAUUCAAAUAGCCAAGGCAACAGUAACACUUUAAACUGCUUCUAUACGCGAUUCAAGUCUAAAAGGAGGAAGACACUCUGAUGAAGUUCCUUAUUUAAUUUUAGUGUUAAGUUUGUUUUCAGUUAUUAAUGUAUACAUGGCUUAAAUUAAACCAUUUGUCAAAGCUUAGGCAGACAACUUAGUAAAAUACUAUUUAUAAACACUUGAAAAUGCCUCAUUUGUACAUAAGUUAUUUUACUGAUGUAUUGAGUUAGUAAAUUUUAUACUCUUGUUUUCUGUAGUUGACUUUAUUUCCUACUGUUAGCUGGAUCUGUGAGUGAAAUAUGUAGAGGAGGCUUUUUUAUCUUCUACUUUUUACGUAUCUUUGAUUGGGGGAGAAGGGACUAGUCUAACAUAGCAAUAUCAGAAUCAUCUGGGAAACUUGUUAAAAAAUGCAAUUACUGUGUCCCACCCCAGACUUCAUAAACUUGAAUUGCCAGAAAUGGGAUCUGGAAUGUUUAUUUUAAUUGGCUUGCCAGGUGGUUCUUAGUAUUAUUAUAUUUGAGAAAUACUGAUCAAAUAGACAUAAGAAUGAAAUUAUUUUUUAAACAAUGAAGCAAGAUUAUUGUGUAGAGCAAUGACUUUUUCUUUUCAAGAAGAAGGUUUUUAUUUAUUUUUAAUUUACUUAUUACAUCCACUUUCUUGGUCCUCUUAAAAAUUGACUAAUCAGCUCAUGGACAUUGACAAAUAGCAGUGAUCCCAAGUUCAGAGAUGUAUGAUAGACGUCAGAAGACUGGCUUGUCUUGGCUUACCCUGUUCCUGUCCACGUAGGCCAAAUAUAAAUCACACAUUUUCUAGGCCUUUUUCUCUUUGAAAUAGUUAACGAAACGACUUAAUAAGAUUACUGUGCAACAAAUUAUUCCUUAAAUGACUUGAGUUAUAUGUGAAUAACUCCAAGAUCCAUAAACAGAGAAAGACUUGGAACUAAGGAUGUUGUCAUCCUCUUUCUGCAUGAAGAUGAGGCCCUGAGAAUUCCAGUAACAUACCCAAAGCCUGUAAUUCUUCCUAAUGACAUUUCUAGGUAUUGGUCCAAAGGUCACAUAUCUACUAAACCCUACUUUCCUCUGUGAGCAAGAAGAUAUUUUUUACUUCUUUGAGACCCGUCCCUUGUUGGGAUUACUAGGGCAUUUUCUUUUUCUUUUAUUUCUAAACAAAAAUUUGGUUUCUUCCAGUUAUCAAAAUAGAUUAUUAUGUACAUUAGCCAUUCUGUUGCAGAUUUGUUUUUGGGUCCUUCACCUCAGUGCGUCCCUAGAAUACAGAAGAACAUCUCUCUAGUUGUCUGCUGUGCAGUAAGUCACAGAACAACAUAGAACAUGUAGAUGCUGUUUUUUUCUAUAACACAUUAUUAAACAUGUAUCCACUCAGCUGUUUAAUAUUCUGCAAGGUUGGUGAAGAAAAAGGAAACUAAGUAUGACACUAAGUUUAAACCUAAAACAAUUUAAAAAACUGAAACAGGCUGGGCAUGGUGGCUCAUACCUGUAAUCCCAGCAAUUUGGUAGGCUGAGGCGGGAGGAUCGCUUGAGGCCAGGAGUUGAAGACCAGCCUCGGCAACAUAAUGAGACCUCAUUUCUGCAAAAAGUUUAAAAAUAACUGGGUGUGGUGGUGCAGACCGUAGUCCCAGCUACUUGGGGCUGAGGCAAGAGGACCACUUGAGCCCAGGAGUUCGAAGCUGCAGUGAGCUAUGAUCGUGCCAUUGCACUAUAGCCUGGCAACAGAGCAGGACCCUGUGUCUAAAAAAUAAAAAUAAUCUAAAACAGUGACUCUCAACUCAAGACAAGACUUCUUAGGUGGGAUAUGCAGAAUAUAUGGGGUAAGUAUAUAUAGUUUGAUAAAGCAAAAAUGUAGUUCUUUCCCUUGAGUCCUGGACUCCCACCCCUACCCUUACUUCAAGAUGGUAUUUGGGAUUCAGAUCAGGUCAAGAAAUAUUCAUAUUAAUCAAAGGAAGGAGCGUUGGGUUAAAAAGAAGUUGAGAAACCCUAAAGACAUGUACUUAUUAAUAUUUGUAAUCUUCUUAUUUUAUUAAAUGAUUAUAGCUGUGGGAGAGCCUGAGAAAGAUAUACCUUUAAACUAGUUUUCUGAGUAACACUGGACUUUGACUGUCUUUUUCUUGAAUGUGUAGUUGUAUUGGUGUGGUGUGGAUAGUAGGCAAAUGGUUAUGUAGGGGAAUGUGUGGAGAAAAUUGGCACCAUUAUAUCUACAUAGAUGGAAACUAAAAUUGCUUCUACUUUGUCUUCUGUUAUUUUUGUGGGGUUUUUUUUUUUCAUCCUUUCCCCUACUACCCCCACCAUAUGUUCCCUUUUUUUGUAGUUUGAUCAGUGCUCUUUUCUUGUUCAGGUUACACACUUAUUCCAUCAGCUAAAUCUGACAACUUGUCUGACUCCAGCCAUAGUGAGAUUUCUUCACGGUCCAGCAUCGUGAGCAAUUGUUCUGUUGACUCCAUGUCUGCAGCUCUACAGGAUGAACGGUGUUCCUCUCAGGCCCUGGCAGUCCCUGAAUCCACUGGGGCAUUGGAAAAGACAGAGCACGCUUCAGGGAUAGGAGAUCAUAGUCAACAUGGCCCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-747.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -807.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 817.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((.((((((....))))....)).))..))((((.(((((.(((((....((((((((((.((((....(((.......((((.....)))).......))).))))....((((((........(((((((.(((((((((..(((((((.(((....((((((....))))))................((((.((((...))))...))))....((((.((((((((((((((.((((((.(((((..((((((((.....((((..(((((((......)))).)))....))))..(((((((....)))))))......((((((((((((.((.(((((...(((((..((....))..((((..........))))........(((((((((.(.((((.((.(((((((((((..(((.((((.....)))).)))..))))))..(((((.(((.((((((..........)))))).))).))))).....((((..(((..((.((((((.(((((((((((..((((((..(((..(((.......)))..)))..))))))))))))))))).((((.(((((....))))).))))..)))))).))..))))))).....))))).)).))))))))))).))).((((((...((((((((..........)))))))).)))))).....))))).....))))).)).))).(((((.............((((((((((((.((.((.(((((((...(((.((.(((.((((((........((((......))))..........)))))).))))))))...))))))).)).)).))))))))))))(((((((.(((....)))..)))))))......))))).((((((((((.((((((((((.(((((((.......))))))).))))).)))))(((((((((...))))))))).......))))))))))...............)).))))))).))))))))......(((....)))(((...((((((((........))))).)))..)))(((........)))...((.((((((((((((......(((((((((..((........)).))))))))).............((((((..((((((((((((((......((((........))))....)))).....(((((.....((((((..((.(((((....))))).)).)))))).((((((.((..............))))))))....((((((....)))))).....)))))))))..))))))..)))))).............((((.(((((.(((((........)).)))..))))).))))...((((((...((((((...........(((((((((((((.(((((((((.(((((.((((((((..((((((.((.(((((((((((((.(((...(((((((((((((.....((((.........((((......)))).........))))..........((((((((......(((((((..((((((.(((.(...(((....))).).))).)))))).((((((((((((((((((((((...((((((.....).))))).))))).))))....).))))).....))))))).........(((((((((.((.........))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).....((((((((((.(((((..(((....((.(((...))).))....))).))))).)))))..)))))))))))))))))))))...))...((((((((((......(.((((....)))).).......)).))))))))...........((((((((((((((...(((((...(((..((((((..((((((.(...((.(((((((((....))))))))).)).....).))))))...))))))..)))..)))))((((((.((.........))))))))......(((((....))).)).((((.....)))).............................(((((.((.((((.......)))).)))))))..)))))))...)))))))...(((((...((((....))))....)))))(((((((((.(((((.((((((.(((((....(((((((.....)))..))))..))))).))....)))).)..(((...))).......)))).)))))))))..))))))..)))))))).))))).........(((.(((........))).))).)))))))............)).))))))....)))))))........))))))))))))...)))))))))))))).....))).)))))))))))))))))))))).))))..........((((((((.((.............(((...(((((((((.(.((((((((((..(((.((((.......(((.((((((((.(.......).)))).....))))..))).......)))).)))..)))))))))).).))))))))).)))))))))))))....))).)))))))..)))..)))))).)))))))))))))........))))))))))..)))))((((((.((....((.(((....))).))..)).)))))).((((((((.....)))))))).........((((((((..((((((.(.......((((.(((..((....))..)))...))))...(((((((((......(.(((.(((.......))).)).).)))))))))).).))).))))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((.((((((....))))....)).))..))((((.(((((.(((((,,,.((((({{({(|{{{{..{{(,,..,,|..,.{{||...,}},.,,,|||||,.,|||....{{{(((...,,.||{({{(({{{(((({{(,,,{,,(((,,{(({{{,((((({,,..}}}}}}................((((.((({...})))...))))....{(((.((((((((((((((.((((((.{{(({..((((((((.{,,.{{{{..||.((((......)))),}}|(((((((...(((((((....))))))).....,{,(({.,((({..,|.|}}}}..}}}.((((((.(((((((...(((((((..{,,.{((........}}|{,....}},,,{{,.((((({..,,,{{....},.,)))))).})},.,}..)))))))...})))))}..)))))}..,,.....||||,|{{...,}}.}}},{((((...((....)).))))}..,(((((((((..((((((..(((..(((.......)))..)))..)))))))))))))))|{((((.(((((.,{{,{{{{,,||,,(((((((({{(((.(((((((....(((((.((.{...((.((((.{{(.((((((...((((((((..........)))))))).)))))).}}}}...)))).)),.)).)))))..)))).)))}}}}.,{{{,.((((((((((((.((.((.(((((((...(({,((.(((.((((((.....,..((((......)))).,....,...)))))).})))))))...))))))).)).)).)))))))))))),,|||||.{{|,,{{|||..|,,,,},.}}}}}}},,.,,{||{|||,,,,}}}}}}},,.,|,,,}}})}}}}}{{{{{||.....)}))))}(((((((((...}))))))))..........,...,},}},.))))).))))))))))))))))))))))))......{{{,...|}}|{{,..((((((((.,.....,))))).)))..|||{{{{,,.,,,.|||...{(.((((((((((((.,{{|.(((((((((..{(........}}.))))))))).............,{{(((,,(((((({(((({{{,,..{,((((........},,},,,.,||,..,.|||.,......,{,,,......{{({((((((((((......))))))}}))).||,,,....||||||||,,}}|||,...,((({(,,.,||}|||{.,{{|....,,))).))))}}.,))}))),}},|,......,((({.(((((.(({((........)).}}}..})))).}))).,.{{{(({...{{{{{{..,........({{{{{{{|||{{.,((((((((.{(((({((((((((..((((({.,,.(((((((((((((.(((...,((((((((((((,....,,{{.........((((......))))..,,,....}}}}......,...{{{{{(((,.,,,.(((((((,{(((((({(((.,...(((....))).}.})),}))}.}}|||,,,,(({{{,(((((((((...((((({.....}.))))).))))).))))...,},}||||.|{||,,.,},,,.,,,,...(((((((((.({........,}}))))))))).))))))))),)))))))))))))))))|,,..{({{{{{{({{.((({{..(({....{{.,,,....,,.})....))).))))).)))))..)))))))))))))))))))))...||,..(((((((({({....,{{(((,....},}),)},,....)).)))))))).,}..,,,...((((((((((((((...{((((...{((..((((((..((((((.(...((.(((((((({....})))))))).)).....).))))))...))))))..)))..))))}((((((.((.........)))))))),.....(((((....))).)),||,{.{{|{}}},.....................,,,,.,..(((({.((.((((.......)))).)})))))..)))))))...)))))))...,,{{{,,.{(((,...}}}),,,.,)))}(((((((((,((((,.{(((((.(((((....((((,((.....,})..))))..))))),))}}.,)))).}..|,,....,,.......}}}}.)))))))))..})))))..)))))))).))))),........{{{.{((........})}.})).)))))))},,,,...,,,.,),))))))},.,))))))),,,,,},,}}}}}}}})))}...)))))))))))))}.....))).)))))))))))))))))))))).)))),,|||...,,({((((((.((,..(((({.....({{,,,(((((((((.(.((((((((((..(((.((((.......(((.((((((((.,.......}.}}}},....})))..))).......)))).)))..)))))))))).).))))))))),),)},)))))))),,}})}}.}}},}||,||||,,}||}}},}}},}}))))})),)}},,},)))))))})),.)))))|,{|||.||,,,,||,||{.,,,}}},)}..)),}}}}}}.|(((((((.....)))))))|....{{{{{((({{{{(,,{{{{({,{||,,,..{{{{,{{{.,{(,|,,|},.}|}}||}})),..||{{|||,,.,,.|||||||.|||,....,,}}),))},})))))))))).)}}}}},,.,))),,},)))))))))
Back