Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0003100

Sequence Length

1289 nt

GC Content

0.4119

GUAUUACUUAAAAAAUAACAUGGAAACAGAAACCUUAUGUUCAGAUGAAGAUGCUCAAGAACUAGUUAAGGAAAGCCAGCUAUCCAUGCUGCAGCUCAGUACCAUUGAGGUGGCCACCCAGCUGUCAAUGAGGGACUUUGAUUUGUUUCGUAAUAUUGAACCGACUGAGUACAUCGAUGACCUUUUUAAGUUAAAUUCCAAAACAGGAAAUACUCAUUUGAAGAGGUUUGAGGACAUUGUAAACCAAGAGACAUUCUGGGUUGCCUCAGAAAUUUUAACUGAAGCAAAUCAGCUCAAACGAAUGAAGAUUAUUAAGCAUUUUAUUAAAAUUGCACUUCAUUGUCGAGAAUGUAAGAACUUCAAUUCCAUGUUUGCAAUAAUAAGUGGCUUGAACCUGGCAUCUGUAGCAAGACUCAGAGGAACUUGGGAAAAGUUACCAAGCAAAUACGAGAAACAUCUUCAAGAUCUACAAGACAUUUUUGAUCCAUCUAGAAACAUGGCAAAGUAUAGAAAUAUUCUUAGUAGUCAAAGUAUGCAGCCUCCAAUUAUUCCACUCUUCCCUGUUGUCAAGAAAGAUAUGACAUUUCUACAUGAAGGAAAUGACUCCAAAGUAGAUGGUUUAGUAAACUUUGAGAAGUUAAGAAUGAUUUCCAAGGAAAUCCGCCAAGUUGUUCGAAUGACUUCUGCUAACAUGGACCCAGCUAUGAUGUUUCGACAGAGGAAGAAGAGGUGGCGGAGUCUGGGGUCACUGAGUCAAGGAAGCACAAAUUCAAACAUGCUGGAUGUUCAGGGAGGUGCUCACAAAAAAAGGGCACGCCGCAGCUCUCUGCUUAAUGCCAAGAAGCUAUAUGAGGAUGCCCAAAUGGCAAGGAAGGUGAAGCAGUAUCUUUCCAGUCUCGAUGUAGAGACAGAUGAGGAGAAGUUCCAGAUGAUGUCAUUACAGUGGGAGCCUGCAUAUGGUACCUUGACCAAGAAUUUAAGUGAGAAAAGAUCAGCCAAAUCAUCUGAAAUGUCUCCAGUGCCUAUGAGGUCAGCUGGCCAAACAACUAAAGCCCACUUGCAUCAACCCCACAGAGUAAGCCAGGUGCUUCAGGUGCCAGCUGUUAAUUUGCACCCCAUCAGGAAGAAGGGACAAACAAAAGACCCUGCACUGAAUACAAGUUUACCUCAGAAAGUUUUAGGAACAACUGAAGAAAUAAGUGGUAAGAAGCAUACAGAAGACACUAUUUCUGUGGCGUCAUCUUUACAUUCUAGUCCUCCUGCAUCUCCUCAAGGCUCCCCUCACAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-319.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -345.01

Frequency: 0.0000

Diversity: 255.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......(((.......(((((((((...(((..(((((((((.(((((((.(.((((...((.((((..((...((((.((.....(((((.....)))))......)).))))...))))))))...)))).).))))(((((((((((...........(((.((....)))))..(((((((((((((....((((......))))......)))))))))))))(((((.((......(((.(((.....))).))))))))))...........)))))))))))..........(((((((........(((.(((....))).))).))))))))))..)))))))))...)))..)))))))))...........(((((.....((((((((((..((((.(((((((.....(((((.........))))).......((((....))))...((.((((((((.(((((((((((((........))))....)).)))))))..)))).))))))...(..(.(((.((((.......((((((((((((.(((((..((((.((....(((((((.......)))))))....((((((..((......))..))))))((((((((.(((((((((....((....))...)))))))))...)))))))).....(((((......))))))).))))))))))))..))))).)))).)))).))).)..).)))))))...(((.......))).....))))))))).)))))...((((((.........)))))))))))((((((..((.....))..)).))))...((((((((((.....)))).((((((...........)))))).(((((......))))).(((((((((((.....((((((((((......(((((.((((.((((.((((((((((........))))).((((.....((((.........))))....))))..)))))))))))))((((((((...((..((.((((((.(((((.((.........)))))))...)).)))).))))))))))))...........)))))(((.....((((.(........).))))...)))........((((((........((((((......))))))........))))))......((((((........)))))))))))))))).....)))......)))).))))))))))(((....)))....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{,..,,{{{.......(((((((((...(({..(((((((((.(((((((.{,({{{....,,((({..((...((((,({.....{{|{(,..,,||||}.,||,,)).)))}...)}))))}}}..))}}.|.,,{((((((((((((,...,{{,,..,,{.{{.,..,,))}..{((((((((((((....((((......))))......))))))))))))|(((((.{{.....,(((.(((,...,))).))))))))))}.....,,.,.})))))))))))},||.....{{{{{,{........{{{.{{{....}}}.})),))))))}}}}..)))))))))...})}..)))))))))...........(((((.....((((((((((..((((.(((((((.{{{,((({{...,,,,,.))}}|.......{(({....})}}...((.((((((((.((((((({{((((........))))....}}.)))))))..)))).))))))...},,},|.({((((,{{{...((((((((((((,(((((..{{{{.{{..,.(((((((.......)))))))....((((((..((......))..))))))((((((((.(((((((((....((....))...)))))))))...)))))))).....(((((......)))))}).))})))))),)),,))}}}})))).,,))}.)))))}}.)))))))...(({.......))).....)))))))))}}))))...((((((.........)))))))))))((({{{..||.....)),.}},||||...(((((,((((.....)))).(((((({{......}}})))))).(((((......))))),((((((((({(,,...((((((((((......{((((.((((.((((.((((({{{((,..,,..,||}}},(({{.....||{{.....,..,)))}...,))}}..)))))))))))))((((((((...,,..((.((((((.(((((.((.........)))))))...)).)))).}))}))))))))...........)))}|(((.....((((.{........).))))...))),.......{(((((.,......((((((......))))))......,.))))),......((((((,......}))))))))))))))))..,,.}}}...,.))))).)))))))))),||},..}}}.....})