Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_RAPGEF6_0005300
Sequence Length
1457 nt
GC Content
0.4207
GGGUAUAUGCAGAACAUAUAAAAGAACAAAACAAGAGCUUUUAACUUAGACAGAGGUAAGAUAGGGCUUCAGAAGAAGGCUUUUUGGAAAUAACAUCUAAGCAGCCUAAAAGAUUGGUGACGAAGAAGAUAAUUAGGCAAAAGUUCCAGAGAAGUUGCUUCAGGCUGAGGAAACAGCUUGGUAUGUGCAAGAAACUACAAGCACUUUGCUGACGCUGAGUGGAAAUUGCAUGCAGUGUUGACAGACAAUAAUAAUUAAAGCUGACACUUGGAGAGCACUUACUGGUGCCAGGCAUGGUUCAAAUUGUGCUUUACUAAUUUUAUAUAUCAGUCUUCAUAGUAAUGCCACAAGAUAAGUGGUAUUUUACCCUCAUUCUACAAAGGAAGCAUAGAGGCUAAAGGAAGGCUGACUGGCUUUAAAUCUUUGCCUUUAACCACUGUACUAAACAGCUUCCAAGAUGCAGAGAAUGAAGACAGGUAUGCUGAAAUUACAAUGUGCCAUGCCAAAGGAAAAAGUUAACAUUGAGAAGCCAUUGAAGAGAUUUGAACAAGAGAAGGUUACGGUUCAAAUUAUGUUUGAGAAGGACUGUAGUGAGGAUCACAGCAGGACUGGAGAUAGAGAGCUCAGAUGGAAAGCUGGUCUAACAGUUAACUGGAAGUUGCCCAGGGCCUGGACUAGUUUGGUGGCUAUGGAAAUGAAGAGAGAAUUGGGUGCAGAAUUGGUGAAGUUGAUAAAUUUGUUGGUAGGAGUGAGAGAGGGACAAAGUUAGCUCUGGUUUUUUUACUUGAAUAUCACCACUUGAGAGGAAGCAUUACUUAUACUAUGUAGCUUCCUUUCUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAGUCUCCCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCGAUCUUGGCUCACUGAAACCUCCGUUUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUUAUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGUGCAUGCCACCACACCUGGCUAGUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGGUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACUUCAGGUGAUCCACCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCAUACCUGGCCACUUACUUUAUGUUUUAAGAACAGUGUCUAUAGCUCUCUGACAUUUCUUAGAGAAGAUGAAUGUAAAAACGUCAAUAUAUUGAAAGCAUUGCUAAGUUUGAGGUACACUAAACAGACCAGACAUUGGACAAGGGUAAUGAUAGGACUGUAAGGAAUCGUUCCACUGUGCUGCAUACUAUUUUUCUAUACAUUCAUGAUUUUUUCUGUUGUUUACUUCUCUCCUGUAGUGUGAAUUUAGUGCUCUUGAAAAGGGCUGGACUGGCAGCCCUGCAGCCUCUUCCCGUAUACCCACAGCACAGAUGCACCACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-418.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -443.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 359.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.(((..................(((((((....((.(((.(((.(((........((((((......(((((.((((((.......)))))).)))))......(((....)))...........((((((...(((....))).))))))(((((((......)))))))....((((((....((((.(((...........)))..))))...)))))).((((((((((...............(((......))).....(((((....)))))..((((((((....((((((........((((((((((((.((((((((...((((((((.......)))))))).....(((..(((.....((((((.(((((((.(((((((((((....))))))...)))))))))))).....(((.....))))))))).)))....))).)))))))).)))))).))))))))))))..))))))))..........)))))))))).)))))).....(((((..(((((((.(((((..........((((((((..((...((..((((.((((...)))).))))..))((((((((..(((.(((.(((((......(((.((((((..(((...(((((((...(((((((((((((((((.(((((((...............((((((((((..((((((.(((.(..........((((((((....((((.(((...)))..))))....))))))))).))).))))))...((((((((((..(((.........)))))))))))))............................(((((...)))))..)))).))))))(((((((.((((....)))).)).)))))...(((((((.(((((((..........(((.......)))(((((....)))))..(((((((.((((((.((..((((.......))))..)).)))))).))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))..((.(.((((....)))).).)).......((((((((.....)).))))))....)))))(((.((((.......)))))))(((((((((.(((((((((..(((((...........)))))))))))..))).))))).)))).....((((....)))).....((((((((((((.(..............)))))).)))).))))))))))..))))))))).))).....)))))))).))).....)))))))).....))..))))))))))))).)))))))..)))))))).).)).))).))....)))))))...(((((((......)))))))......)))...)))))))))...(((....))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((.{((..................(((((((.,{.{{.(((.(((.(((........((((((......(((((.((((((.......)))))).))))}......{({....},,.........,,,{(({,...{{(,,,.}|},|}||||(((((((......))))))),...((((,,....,,,|.,||}|,{,{,,{{{|||{.|||....,},))).|||||||{,|,,.............,,|,,,...,}},,,|,(((((....)))))}.((((((((.,,.{((((,.......{((((((((((((.((((((((.{{((((((((.......))))))),.,}}.,{{..(((.,,..((((((.(((((((.(((((((((((....))))))...)))))))))))).....(((.....)))))))))..,,}}.}))}.)))))))).)))))).)))))))))))),.))))))))..........))}}}}}})}.)))))).....(((((..(((((((.((((({,,,...,{{((((,,,|}}||},.((..((((.((((...)))).))))..)){(((((((.{(((.(((.(((((.,....(((.((((((..(((...(((((((..{({(((((((((((((((.(((((((,,,,(((({((({,.{({{.,|{{{{,(({(((,{((,,..........((({(({(,,{.((((,((,...},,.,||||,...}}}}}}}},,))}.}))}}}...((((((((((..(((.........))))))))))))).,}}},,,,,,.,,,.............|||||||||},,}}))))}))||||,,|||({({{{(({{{{.|{,.,..,.)))))}||{{{{|,|||{{{{.}||.|},,.{||,,,,...}))|||||,|,,}},,,..(((((((.((((((.((..((((.......))))..)).)))))).))))))).}}}}}))))))))}))))))).)))))))))))),.{,.{.((((....)}||,|.,,....,,,{{((((((,,,,.}}.}}))))....)))))(((.((({.......))))))){((((((((.((((((((,.,(((((...........)))))))))))}}}}}.))))).)))}.....((({....}))}.,||.,,|||,,{{|||.|||.,.,,,,,},}.||}},}.}))).}..)))))))..))))))))).)))...,.)))))))).))).}...)))))))),....,,..),))))))))))).)))))))..)))))))).).)).))).}}.}}.)))))))...(((((((......)))))))......))),..)))))))))...(({....})).......
Back