Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_RAPGEF6_0006200
Sequence Length
2572 nt
GC Content
0.3764
UGAAAUGUCAUUCAUGAGACAGAAGACACUCCAGUUAUUUGAUCCGAAGUUAAUGUGAAGAUUGUUACCAAAGUAUAAAGUUAAUUAAACUAUUUACCGGAAAGGGUAAAGGAAGCACUAAGAUAUCACAGAGGUAAGAAAACUGCAAACUGGAUUCAGUUCUUGGCACGUAAAAGAAAUGUCACUACCAGGGUGAAGAAGAAGUGUUGCUGACCUGAACCCCCUUUCUAGCCUCUUGUUCUGUCAUUCUCUCCCCACUAUUACUUCAACCCUCCUUCCUGAGUAUGGAAUGAACUUUCAGAAUGCCCUUUCUUUGCCCAUGUUUGCCACCCAUGGCCCUCUCCUUGCAUGUCCAGUAAGCUUUUUUAUUUGUCAGUGCUGAACUCCAGUGUUACCUCAUCUGGGAAACCCACCUCCCUCUGCCACAGAGUCAGUCUCUCCUAUUGUUUGCUAUGUGGCAGGAUGGGAAUUUAUUUCUUUGUCUCUGUGUGUGUGUUUUACAGCAGUGCUUUUCACACUACGUAGAACAUUCAAAAAUAAAGUGUCUUCACACUUCCAAAGCACAAAUUAAAUAUAUGCUUUCAUGAGACAAGUAUUAGGGAUCUUAUGAUUUGUAGUUUUAAUAAUUUAUAUGGCUGUAUGUUUGCCAUAGGUAUAUGUAGGAUGUGGGGCUGAGGGAAUAAGGGAUAGGGUUGUAGGAGGAGGCAAGAGAGAAGUAAGUUGGAGAUUUAGCUGGAGGAACAAAGAGAAGAGGUUGAAAUUAUUAAGUUUUAGAAACUAAGUCCCCAUGGAGCUGAAAUUCAGACCUAUAAAGAAAAGGUGUGUUACUUAACUUGAUUUCAAGUUGAUUACAUAAUUCUCUCCUUGAGAACAUGUUUAAAGGACUAAAGAUAAAGAUGCCUUUUUAAAAUCUGUUCAGAGAACAUCUGAUAUGUCUCAGUCUGCAACAUGUGCUUAUACCAGUAAUGUGAACACAUAUAUGAUAGGUAUUUAACUUAUAUUUUUAAACCCCCAAAUGUGUAAUUUUGUGAAAGGCUUUUUAUCUAGUGAUGGAUAUUAUUUAUAUUUGGAUUGAAAAAAACAUCAAUUCCCAGUUAAUUCCAAAUUCAGCUUCUUAUGUAAUUUAUACAACACAAAAAUUUAAAUGAGCCAUGUACAUCACAUAUGUAUAUUAUAGGACAUGUGUAACAGCCAAGUUUGAUUAAUGUUUAUUGGUCUUGAGCUUACCUAUAUUUAUCCUUCAUUUUCAAAGUUAUUACUAGAUCAAAAUGAAAGUGGGGGCAAAGCUACAGAACUGUAAGUUUGUUUUUGAUUGCUUACUUUGAUUUUGCUUUAUUUUUGCUGCAUACAGCUGUUGGUUUUUAUUAUAUCCCUGAUCAAGUUAUAAGAGUUUUCAAAGUGGAUCAGCAAAGUUGCUACAUUAUCAUCAGUAAAGACACCACAGCUAAAGAAGUAGUUUUUCAUGCUGUUCAUGAAUUUGGUUUGACCGGUGCAUCCGACACAUAUUCUCUCUGUGAAGUUUCUGUUACUCCUGAGGGUGUCAUAAAACAGAGAAGACUUCCAGAUCAGUUCUCCAAAUUAGCUGAUAGAAUUCAACUCAAUGGAAGGUAUUACUUAAAAAAUAACAUGGAAACAGAAACCUUAUGUUCAGAUGAAGAUGCUCAAGAACUAGUUAAGGAAAGCCAGCUAUCCAUGCUGCAGCUCAGUACCAUUGAGGUGGCCACCCAGCUGUCAAUGAGGGACUUUGAUUUGUUUCGUAAUAUUGAACCGACUGAGUACAUCGAUGACCUUUUUAAGUUAAAUUCCAAAACAGGAAAUACUCAUUUGAAGAGGUUUGAGGACAUUGUAAACCAAGAGACAUUCUGGGUUGCCUCAGAAAUUUUAACUGAAGCAAAUCAGCUCAAACGAAUGAAGAUUAUUAAGCAUUUUAUUAAAAUUGCACUUCAUUGUCGAGAAUGUAAGAACUUCAAUUCCAUGUUUGCAAUAAUAAGUGGCUUGAACCUGGCAUCUGUAGCAAGACUCAGAGGAACUUGGGAAAAGUUACCAAGCAAAUACGAGAAACAUCUUCAAGAUCUACAAGACAUUUUUGAUCCAUCUAGAAACAUGGCAAAGUAUAGAAAUAUUCUUAGUAGUCAAAGUAUGCAGCCUCCAAUUAUUCCACUCUUCCCUGUUGUCAAGAAAGAUAUGACAUUUCUACAUGAAGGAAAUGACUCCAAAGUAGAUGGUUUAGUAAACUUUGAGAAGUUAAGAAUGAUUUCCAAGGAAAUCCGCCAAGUUGUUCGAAUGACUUCUGCUAACAUGGACCCAGCUAUGAUGUUUCGACAGAGGAAGAAGAGGUGGCGGAGUCUGGGGUCACUGAGUCAAGGAAGCACAAAUUCAAACAUGCUGGAUGUUCAGGGAGGUGCUCACAAAAAAAGGGCACGCCGCAGCUCUCUGCUUAAUGCCAAGAAGCUAUAUGAGGAUGCCCAAAUGGCAAGGAAGGUGAAGCAGUAUCUUUCCAGUCUCGAUGUAGAGACAGAUGAGGAGAAGUUCCAGAUGAUGUCAUUACAGUGGGAGCCUGCAUAUGGUACCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-631.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -683.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 588.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...((((........))))...((((.((((((...((((((((.........((((((((.(((...........((((.....)))).((((((......)))))).((((((....((.((((.((((((((..(((..(((((((.....(((((((((((((((.......))))........((((..((....(((...)))...))..))))..((((.((((((((.((((....(((.((((...(((...(((((((..((.((((.......)))).))(((((.....((((((((((..((((((.(((....(((.(((((((.((((.(((((((((((.(((................)))..)))((((((......)).))))((((......(((((((((((((.(((((((.......))))...))).)))))))))..)))).....))))((((((((.(((((.(((((((((.(.((((.......)))).)))))))))).))......((((((....))))))..((((((.............))))))))))))))))).((((.(((((....))))).))))............((((((.........)))))))).))))))))))...))))))).)))....))).)).))))...)))))).)))).....)))))..)))))))...)))..)))))))...))))))))))))))))......(((((...)))))..(((((((((((((((((...((.((((.........)))).))....((((((((....))))))))..((((..(((((.....))))).)))).......(((..(((((((((.(((((((((((((..(((((((......((((......)))))))).)))(((((.(((((.......))))).))))).....((((((.....)))))).......................)))))).)))))))))))))))))))..((((.((((.....(((.(((((((........)))).))).)))))))))))..)))))))))...((((.....)))).....................((((((((.....))))))))...((((...(((((..(((((((.(((((........))))).)))).)))....)))))...))))(((((((...(((....))).....)))))))..))))))))...)))).)))))))..))))))).)))..)))))).)).))))))))))))......((((....))))..((((((..............))))))....))).))))))))...))))))))....(((..(((..........)))..)))...(((((....((((.....))))..)))))...((((((((((((((((((((.((((........(((.(((((...(((((.((((((......((((((((.......(((..((.(((...(((((((.........))))))).))).))..)))...((.((((..((((((......(((((((((...(((..(((((((((.(((((((.(.((((...((.((((..((...((((.((.....(((((.....)))))......)).))))...))))))))...)))).).))))(((((((((((...........(((.((....)))))..(((((((((((((....((((......))))......)))))))))))))(((((.((......(((.(((.....))).))))))))))...........)))))))))))..........(((((((........(((.(((....))).))).))))))))))..)))))))))...)))..)))))))))........))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))(((((.........))))).......((((....))))...((.((((((((.(((((((((((((........))))....)).)))))))..)))).))))))........(((.((((.......((((((((((((.(((((..((((.((....(((((((.......)))))))....((((((..((......))..))))))((((((((.(((((((((....((....))...)))))))))...)))))))).....(((((......))))))).))))))))))))..))))).)))).)))).)))))))))))).)))))....)).)))))))).....))))))))))...((..((((((.........)))))).))((((....)))).......))((..(((((((((((.((((.....)))).((((((...........))))))..(((((.(((((.((((.((..(((.....)))..))..)))).))))).))))).))).))))))))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,...((((.(((......,.))))))}.{{(((({.,{{{,,,,..,||{..((({{...{({((,((...,,....{{{{.....}))).{(((((......)))))}}}.,}},......,.}}}}}..}||,,.,,..,}}}.})))))).,}},{((((((((,.,..........{((((.....))))|{{.{(,,(.(((((...(((((((..(({(((.((((((((.((((....(((.((((...(((...(((((((..((.((((.......)))).)}{(((({....((((((((((..((((,(,(((....(((.((((((({((({{(((((((({((,(({....,,,,.......,|}},.,}|((((((......)}.}))){.........(((((((((((((.((,(((.,........,).,}))).)))))))))..)))).........{(((((((.({{((.(((((((((.(.((((.......)))).)))))))))).))......((((((....))))))..((((((.............)))))))),)))))))}.((((.(((((....))))).))))............((((((.........)))))))).)))))))))).}.))))))).)))....,}),)),))))...)))))).))))...}})}}}}..)))))))...)))..)))))))...)))})))))))))))}......((((({.,...{{..(((((((((((((((((...((.((((.........)))).))....((((((((....))))))))..{(({..(((((.....))))).}))}.......(((..(((((((((.((((((({(((({.{({(((((,,,,,|||||.,,|,.}}},,,,}.}}||{{(({(,{{...}}},|||||.,,||||||.||||||||,,...|,,|||,,.,,,........},)})))).)))))}.)))))))))))))))))))..{(((.{{{{.....{{{.(((((((........)))))})}.}}})))}))))..)))))))))...((({.....}}}}...............,.....((((((((.....))))))))...{(((.,.((({{..(((((((.,{(((,,,.....))))),)))).)))....)))))...)))|(((((((...(((....))).....))))))),.))))))))..}}.,.,})))))(((.(((((..((((..(((((.(((((((((.{..........(((((((((((((((.((((((((((..{{{{(({{..,{.{{....}}.,,.,,..}}.}))).((((....))))...........))))))))).).))))))...((((..((((((({(((({((({,({{,,((((,.,,,||{.....}}),},},..,||.,((((.((((((((((((((,(,...}))}}|,....})))))|..}))))))))|{{((({...,.....||}||},.,,..}}}.}},..}))},|||.,((((((......(((((((((...{{{..(((((((((.(((((((.{,({{{.,.,,,((({..((...((((,({.....{|||{,..,,||||,.,||,})).)))}...)})))))},..))}},|.,,{((((((((((((,...,{{,,..,,{.{{.,..,,))}..{((((((((((((....((((......))))......))))))))))))|(((((.{{.....,(((.(((,...,))).))))))))))}.....,,.,.})))))))))))},||.....{{{{{{,........{{{.{{{....}}}.})),))))))}}}}..)))))))))...}}}..)))))))))........))))))|||}},}},,}))}|(({.{{...,.)))))}||,,((({{...,,,,,.))))).......)))))))..))))..((.((((((((.((((((({{((((........))))....}}.)))))))..)))).))))))...)))))))))((((({({...((((((((((((,(((((..{{{{.{{..,.(((((((.......)))))))....((((((..((......))..))))))((((((((.(((((((((....((....))...)))))))))...)))))))).....(((((......)))))}).)))))))))})),,))}}}}))))...))).)))))...,.))))))))))))))))))..))))).))).))..))))))){.,((((((.........))))))..,))))).)))).)},..})))))))}(((((((((((.(,(({{,{{||||.(((((({{......}}})))))).{((((..,,,,|}|||,.{{..(((,...,)))..}}..))))})),,,.))))}.))).))))))))...,
Back