Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0009100

Sequence Length

837 nt

GC Content

0.3704

AUAUCCCUGAUCAAGUUAUAAGAGUUUUCAAAGUGGAUCAGCAAAGUUGCUACAUUAUCAUCAGUAAAGACACCACAGCUAAAGAAGUAGUUUUUCAUGCUGUUCAUGAAUUUGGUUUGACCGGUGCAUCCGACACAUAUUCUCUCUGUGAAGUUUCUGUUACUCCUGAGGGUGUCAUAAAACAGAGAAGACUUCCAGAUCAGUUCUCCAAAUUAGCUGAUAGAAUUCAACUCAAUGGAAGGUAUUACUUAAAAAAUAACAUGGAAACAGAAACCUUAUGUUCAGAUGAAGAUGCUCAAGAACUAGUUAAGGAAAGCCAGCUAUCCAUGCUGCAGCUCAGUACCAUUGAGGUGGCCACCCAGCUGUCAAUGAGGGACUUUGAUUUGUUUCGUAAUAUUGAACCGACUGAGUACAUCGAUGACCUUUUUAAGUUAAAUUCCAAAACAGGAAAUACUCAUUUGAAGAGGUUUGAGGACAUUGUAAACCAAGAGACAUUCUGGGUUGCCUCAGAAAUUUUAACUGAAGCAAAUCAGCUCAAACGAAUGAAGAUUAUUAAGCAUUUUAUUAAAAUUGCACUUCAUUGUCGAGAAUGUAAGAACUUCAAUUCCAUGUUUGCAAUAAUAAGUGGCUUGAACCUGGCAUCUGUAGCAAGACUCAGAGGAACUUGGGAAAAGUUACCAAGCAAAUACGAGAAACAUCUUCAAGAUCUACAAGACAUUUUUGAUCCAUCUAGAAACAUGGCAAAGUAUAGAAAUAUUCUUAGUAGUCAAAGUAUGCAGCCUCCAAUUAUUCCACUCUUCCCUGUUGUCAAGAAAGAUAUGACAUUUCUACAUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-167.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -186.50

Frequency: 0.0000

Diversity: 299.11

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..((((((((((((((((......((.(((((((((......(((((..((((((.((..((((.(((.....(((((....((((.....))))..)))))........((.((((((.(((.....)))............((((.((((((((((((((.((....)).)).....))))))...))))))))))..((((((.((...((((((.......(((.(((((((((((......)))...........((....))....(((((.((((...(((......))).))))....)))))..(((((((.......))))..))).....)))))))).))).....))))))....)).))))))(((((((((((((...........(((.((....)))))..(((((((((((((....((((......))))......)))))))))))))(((((.((......(((.(((.....))).))))))))))...........))))))))))))).)))))).)).............(((.(((....))).))).))).))))..)).))))))..)))))....))))).)))).))......)))))))))..((.((.......)).))..)))).))).(((((.........))))).......(((...((((((...((.((((((((.(((((((((((((........))))....)).)))))))..)))).)))))).))).)))....)))............)((((..((((((((.........))))).....))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((,{(,{(({{{{{,,,,.,,{{{|{{{(,,.(((((,,{{,,.,,{{||{(({,..,,..,{{{.,,{,,,..(((((...,(((,...,}))),..))))).,,,|,,,,{{({,,{|.{((.....)}).,.,...,,,..((((.(((((((((((((({{,...}))})},....})))))|..}})))))))|,{((((,,.,,...,|||||},.,...||,.|||,,||||{{,,..,,|||,......{((((((({...{,,..(((((((((.{{((({{.,.{|||.,,,|.{{{{..{{...(((({({.....,||||,.,,,||}},,}}}}})).))),...})))))),,..))})|},},{((((((((((((,...,{{,,..,,,.{{.,..,,)))..{((((((((((((....((((......))))......))))))))))))|(((((.{{.....,(((.(((,...,))).))))))))))}.....,,.,.})))))))))))}.||,..,.{{{{{,,........(((.{{{....})}.))).)))))))},,,.)))))))))...))}..})))))))),,......,,,}}|||}||,.,,|||,.|{|||||}.,|||||||,{{{,((({(....,,,,.))}})....,..{{{,....|}||,..((,{{{{{{{{.,{|{||||||{||.,.,,...}}}|,...||,||}}}}}..}))}.)}))))...}})))}.)}}.,.,.,,...,,}})}))}.,}}}|||||.,...,,},),,},,,||,,,.,))))