Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0009900

Sequence Length

522 nt

GC Content

0.4215

CUUCCAGCUGAUCUUACCAAGAUGCAUCUCACAGAAAACCCUCAUCCACAGGUGACUCAUGUGUCUUCUAGUCAGUCUGGUUGUAGCAUUGCCAGUGACUCUGGAAGCAGCAGUUUAUCUGAUAUCUAUCAGGCUACGGAGAGUGAGGUAGGAGAUGUAGAUUUGACACGUCUUCCAGAAGGACCUGUUGAUUCUGAGGAUGACGAAGAGGAAGAUGAAGAGAUUGAUCGAACAGAUCCAUUGCAGGGGCGAGAUCUUGUUCGAGAAUGUCUUGAAAAAGAACCUGCAGACAAAACUGAUGAUGACAUUGUGGCUUGAACCUGGCAUCUGUAGCAAGACUCAGAGGAACUUGGGAAAAGUUACCAAGCAAAUACGAGAAACAUCUUCAAGAUCUACAAGACAUUUUUGAUCCAUCUAGAAACAUGGCAAAGUAUAGAAAUAUUCUUAGUAGUCAAAGUAUGCAGCCUCCAAUUAUUCCACUCUUCCCUGUUGUCAAGAAAGAUAUGACAUUUCUACAUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-125.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -134.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 151.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..((((((((.((....(((((((((.((((...................))))...)))))))))..)))))).))))..)(..(((..((((.....))))..(((((((....((((((....))))))....((((((((.((((((((.((((..((((((.((((.(((...((((.(....).))))..))).)))).....(((((((((((.(((..(((((((((((..((((....)))))))).))))))).))).))))..........((((((((((..((((((....))))).)..))).........))))))).....(((.......(((((.........))))).......)))...)))))))......(((((((.(((((((((((((........))))....)).)))))))..)))).)))))))))...))))..))))...)))).)))))))).)))))))..(((((.........)))))..)))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,,((((((((.{{....(((((((((.((((...................))))...)))))))))..}))))).||||,.}(..{{{.|||||.....)))),,|({{(((....,(((((....}})))|..,.((((((((.((((((((.((((..((((((.(((({(((,,,({{{.,....,.)))),.))).)))}....,({{{{({{{{(.(({..(((((((((((..((((....))))))))}})))))).|}},||||,.........{{{(((......||{{{(,,,.},||{{{{(({{...{,||,.||||,||..,,,|||,},,...((({{...,,,,,.)))))....,.,}},...))))))),.,.,||,|||||,|||||||,||{{|,,......}}}}|.{{|.,{{,,,.},},))).}}.))))))...))))..))))...)))).)))))))),))))})),.{||{|,,,.,....}}}}}.,}))..)