Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0010000

Sequence Length

2528 nt

GC Content

0.3952

GUAGAGAAUGCCAAAGAUAAUGAAGAUAGUAUUCUACAAAGAGAAAUUCCUGCCAGACAAUCCCGAAGAAGAUUUCGGAAAAUUAACUAUAAAGGAGAGCGCCAAACCAUUACUGAUGAUGUGGAGGUUAACAGCUAUCUUUCUCUUCCAGCUGAUCUUACCAAGAUGCAUCUCACAGAAAACCCUCAUCCACAGGUGACUCAUGUGUCUUCUAGUCAGUCUGGUUGUAGCAUUGCCAGUGACUCUGGAAGCAGCAGUUUAUCUGAUAUCUAUCAGGCUACGGAGAGUGAGGUAGGAGAUGUAGAUUUGACACGUCUUCCAGAAGGACCUGUUGAUUCUGAGGAUGACGAAGAGGAAGAUGAAGAGAUUGAUCGAACAGAUCCAUUGCAGGGGCGAGAUCUUGUUCGAGAAUGUCUUGAAAAAGAACCUGCAGACAAAACUGAUGAUGACAUUGAACAAUUGCUGGAGUUUAUGCACCAGCUCCCUGCAUUUGCAAACAUGACCAUGUCUGUAAGGAGAGAACUCUGCUCAGUGAUGAUUUUUGAAGUGGUAGAGCAGGCUGGAGCUAUUAUUCUUGAAGAUGGGCAAGAGCUUGACUCAUGGUAUGUUAUUUUAAACGGCACUGUGGAAAUCAGUCAUCCAGAUGGAAAAGUUGAAAAUUUGUUUAUGGGAAAUAGUUUUGGAAUUACUCCCACUCUGGAUAAGCAGUACAUGCAUGGAAUUGUCAGGACUAAAGUAGAUGAUUGUCAGUUUGUCUGCAUAGCCCAGCAAGAUUAUUGGAGAAUUUUAAACCAUGUGGAAAAAAAUACCCAUAAAGUUGAGGAAGAGGGAGAAAUUGUUAUGGUACAUGAGCAUCGGGAACUAGACCGGAGUGGAACCAGGAAAGGACACAUUGUGAUCAAGGCAACACCUGAGCGUCUCAUAAUGCAUUUAAUAGAAGAACAUUCCAUCGUGGAUCCAACUUAUAUAGAAGAUUUUCUAUUAACUUACAGGACAUUUCUUGAAAGUCCUUUGGAUGUUGGGAUCAAACUAUUGGAAUGGUUUAAGAUCGACAGCUUAAGAGAUAAGGUGACACGGAUUGUAUUAUUAUGGGUAAAUAAUCAUUUUAAUGAUUUUGAAGGUGACCCUGCUAUGACUCGAUUUCUAGAGGAAUUUGAAAAAAAUCUGGAAGAUACAAAGAUGAAUGGUCAUCUCCGGUUAUUGAAUAUUGCCUGUGCUGCAAAGGCUAAGUGGAGACAGGUUGUGCUGCAAAAGGCUUCCCGCGAGUCCCCUCUACAAUUCAGCCUUAAUGGAGGGAGUGAGAAGGGAUUUGGUAUUUUUGUUGAAGGAGUAGAACCUGGUAGCAAAGCUGCUGAUUCAGGACUGAAACGUGGUGAUCAGAUUAUGGAAGUAAAUGGACAAAACUUUGAGAAUAUUACAUUUAUGAAAGCCGUUGAAAUUUUGAGGAAUAAUACUCAUCUUGCACUUACUGUGAAGACCAACAUUUUUGUGUUCAAAGAGUUACUUUUUAGGACUGAACAAGAGAAAUCUGGUGUUCCUCAUAUUCCCAAAAUUGCUGAAAAAAAAAGUAAUCGCCAUUCUAUCCAGCAUGUGCCAGGAGAUAUUGAACAGACAUCACAGGAGAAAGGAAGUAAGAAAGUUAAAGCAAAUACUGUUUCAGGUGGAAGAAACAAAAUCAGGAAGAUUUUGGAUAAAACACGAUUUAGUAUCUUGCCUCCAAAGCUAUUUAGUGAUGGAGGCCUAAGCCAAUCACAAGAUGACAGCAUUGUGGGAACAAGGCACUGUAGGCAUAGUCUGGCUAUAAUGCCCAUCCCUGGAACACUCUCAUCCAGCAGCCCUGAUCUCCUGCAGCCUACCACCAGUAUGUUGGAUUUUUCCAAUCCUUCAGCUGUUGGUUUUUAUUAUAUCCCUGAUCAAGUUAUAAGAGUUUUCAAAGUGGAUCAGCAAAGUUGCUACAUUAUCAUCAGUAAAGACACCACAGCUAAAGAAGUAGUUUUUCAUGCUGUUCAUGAAUUUGGUUUGACCGGUGCAUCCGACACAUAUUCUCUCUGUGAAGUUUCUGUUACUCCUGAGGGUGUCAUAAAACAGAGAAGACUUCCAGAUCAGUUCUCCAAAUUAGCUGAUAGAAUUCAACUCAAUGGAAGGUAUUACUUAAAAAAUAACAUGGAAACAGAAACCUUAUGUUCAGAUGAAGAUGCUCAAGAACUAGUUAAGGAAAGCCAGCUAUCCAUGCUGCAGCUCAGUACCAUUGAGGUGGCCACCCAGCUGUCAAUGAGGGACUUUGAUUUGUUUCGUAAUAUUGAACCGACUGAGUACAUCGAUGACCUUUUUAAGUUAAAUUCCAAAACAGGAAAUACUCAUUUGAAGAGGUUUGAGGACAUUGUAAACCAAGAGACAUUCUGGGUUGCCUCAGAAAUUUUAACUGAAGCAAAUCAGCUCAAACGAAUGAAGAUUAUUAAGCAUUUUAUUAAAAUUGCACUUCAUUGUCGAGAAUGUAAGAACUUCAAUUCCAUGUUUGCAAUAAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-642.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -698.33

Frequency: 0.0000

Diversity: 746.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.....)))(........((.(((......))).))..(((.(((.(((.(((.......(((((......)))))........(((....(((((((..(((((((((((((((((((((..((((((...((((((((((((((.((.(((((((...))))).)).))............(((((((((.(((...))).)))((((((.(((.(((..(((((((....((((.....))))((((....))))..(((((....))))))))))))))).)))..))))))...((((.((((((.(((((.....))))).)))))).)))).)))))).))))))))))))..))...)))))).....(((((((((((((((((.(.((((.(((((((...))))))).)))).).)))..........((((....))))........(((((.((....)).))))).)))))).((((((.((((....)))).))))))..(((((((((.........(((((...((.(((((((((((((((...(((.....(((...)))..)))...))))))..(((((((.((((......))))..))))))).........(((((((.(((..((((..(((.((((((.....)))))).)))..))))..)))...)))))))..((((((((.(((...(((((((............)))))))((((.(((((((....(((.............((..((.(((((((((((.............((((.......(((((.....(((((((.(((.((............(((........)))(((((((.(((.((..(((..(((((((((((.((.....))))).....))))))))..................))).)).))).))).))))..((((((....)))))).......)).)))))))))).....))))).......))))..............)))))))))))))..)))))....))))))).))))...((((((.(((((...)))))))))))..(((((((((..((.((((((((..............((((((((...............))))))))..............)))))))).)))))))))))...))).))))))))..(((((....(((((((((....(((((..((((((......(((....)))........))))))..(((((((((((...((((((..((((((.........((((((...((((((((((....)))))..))))).((((.((...))..))))...((((..(((((((.....................))))))).....))))........(((((((((.......((((.(((.....)))))))(((...(((((.((((((....(((.((....))))))))))).)))))...))))))))))))))))))....((((((.........)))))).((((..((((((.(((.(((((..(((((((((((..(....(((..((((.((........................)).))))..))).......(((((((.....))))))).........)..)))))))))))(((((((..(((....)))..)))))))....((..(((....)))....)).((((....)))))))))))).)).))))..))))...)))))).))))))....))))))).))))))))))))).)))))...)))))((((.((((.((..(((((.....)))))..)))))).))))))))))))).))...))))).......)))))))))..))))))))((((....)))).)).)))))))))))).......(((((....((((.....))))..))))).........)))))))..(((.....)))............((((.((((((((((((((.((....)).)).....))))))...))))))))))...)))))))....))).(((......)))......))).))).))).))).......(((((((((...(((..(((((((((.(((((((.(.((((...((.((((..((...((((.((.....(((((.....)))))......)).))))...))))))))...)))).).))))(((((((((((...........(((.((....)))))..(((((((((((((....((((......))))......)))))))))))))(((((.((......(((.(((.....))).))))))))))...........)))))))))))..........(((((((........(((.(((....))).))).))))))))))..)))))))))...)))..)))))))))...........)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,.,,,|}}{........,{.({,..,,.,))}.},..{{{.{||||||||({,......(((((,....,)))))........{{,....(((((((..(((((((((((((((((((((..((((((,..{(((((((((((((..{,,,(((({...})))}||{{{{,..,,,......((((({,(({((({,.,.|,|||(((((({(((.,(({{(,{,,,,...}}}||,}}},|}))||||.,,,}}}}|||||{{..{{|||,,|||,},.,,)}),,}}))))}}}},||{{.{{{{{{.(((({.....})))).)))))).)))).)))))}.)))))))))))),.,|,.,||}}||.,,,,(((({{((((..((((,.|.{(({.|((((({...))))))}.}))).,.(((((((((((((((((((..{{((,.,(,,,.(((((.((....)).))))).,({((((,,{{(,,,((({.,(((({{({{.,{,{({,..||||,|||,,,{{{{((((((,.((((,{,({{((((((...(((,|{,|{,,...,))}})))...)))))).))),,,||,||||......,}},.}})),.}}}}}}))})){((((((,(({..{{((.(((({(,{(((....,))}})))))).}),}}..)}),,.))))))}..))}).}})))))})}}}}))})))}......,}.}})}))))))))))))))))))..)))).))}...,,.,{{({{{{((({.,,{,.(((((..........))))).,}||{,,||..{{{({,,..,{{{{,{({{,,,,,,((.{(((......,,}|||{{{(,,.((|.,,..||,..(((((((({{.{{(.....))))).....))))))))...,,.......,,.{,{|||{},,|}|{||||{||,..{(((((....}))))),,{{({.{((((,...}}}}).}})}|||,,|||.||}|||}||,,||,,,,}}})))}}}}{((((((((((((.(((.{,{.|((({{....{{{{{{.{{{{,..{{||||}||}}}..{{((({{{{|.,{.{(((((((...,..,....,.,{(((((((.....,.........)))))))).......,,,|...))))))))}}))))))))}}..})))))|||{|{...(((((..{.(((((((((....(((((..((((((......{((....}}),.......))))))..(((((((((((...((((((..((((((.,,,.,,..((((((,,.((((((((({..,,))))}..||||}.(({{,,,,{{{{,.|||,,,,{(((..(((((((.......,,,,..........))))))).....)))},.......(((({{{{,...,,,,{(((.(((.....))))))}{{(,,,(((((,{{{{{|,,,||||.||,,,,)),,))))))},||}},.},)))))))))))})))))),,,.((((((.........)))))).((((..((((((.(((.(((((..(((((((((((......,({(..{{{{.{{....,.............,.....)).))))..|||.......(((((((.....))))))).......,,}..)))))))))))(((((((..(((....)))..))))))).....,...{((({,,,|,....},))})),...,..)))))))).)).))))..))))...)))))).))))))....))))))).))))))))))))).)))))...)))))..,,.)}}}}}{,((((....)))))))))).))))))))))))}.......)))}),,}},}.}}...}}}}))))).,,})))))){(({....)))).)}.,))))))))))).......(((((...,(((,...}}))}|..))))).,.,,....)))))))..(((.....)))............((((.(((((((((((((({(,...})),)}.....)))))),..))))))))))...)))))))....}}}.|||}....,}|,.,},..})},|}},}}}.))).......(((((((((...(({..(((((((((.(((((((.{,({{{...,,,((({..((...((((,({.....{|||{,..,,|||}}.,||,})).)))}...)}))))}}}..))}},|.,,{((((((((((((,...,{{,,..,,,.{{.,..,,))}..{((((((((((((....((((......))))......))))))))))))|(((((.{{.....,(((.(((,...,))).))))))))))}.....,,.,.})))))))))))},||.....{{{{{,{........{{{.{{{....}}}.})),))))))}}})..)))))))))...})}..)))))))))...........)