Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0011800

Sequence Length

1958 nt

GC Content

0.4040

UUUUGGUAAGCAGUUUGGAGGAAAAAGAGGAUGUGAUUGUCUUGUAUUAGAGCCUUCAGAAAUGAUUGUGGUAGAGAAUGCCAAAGAUAAUGAAGAUAGUAUUCUACAAAGAGAAAUUCCUGCCAGACAAUCCCGAAGAAGAUUUCGGAAAAUUAACUAUAAAGGAGAGCGCCAAACCAUUACUGAUGAUGUGGAGGUUAACAGCUAUCUUUCUCUUCCAGCUGAUCUUACCAAGAUGCAUCUCACAGAAAACCCUCAUCCACAGGUGACUCAUGUGUCUUCUAGUCAGUCUGGUUGUAGCAUUGCCAGUGACUCUGGAAGCAGCAGUUUAUCUGAUAUCUAUCAGGCUACGGAGAGUGAGGUAGGAGAUGUAGAUUUGACACGUCUUCCAGAAGGACCUGUUGAUUCUGAGGAUGACGAAGAGGAAGAUGAAGAGAUUGAUCGAACAGAUCCAUUGCAGGGGCGAGAUCUUGUUCGAGAAUGUCUUGAAAAAGAACCUGCAGACAAAACUGAUGAUGACAUUGAACAAUUGCUGGAGUUUAUGCACCAGCUCCCUGCAUUUGCAAACAUGACCAUGUCUGUAAGGAGAGAACUCUGCUCAGUGAUGAUUUUUGAAGUGGUAGAGCAGGCUGGAGCUAUUAUUCUUGAAGAUGGGCAAGAGCUUGACUCAUGGUAUGUUAUUUUAAACGGCACUGUGGAAAUCAGUCAUCCAGAUGGAAAAGUUGAAAAUUUGUUUAUGGGAAAUAGUUUUGGAAUUACUCCCACUCUGGAUAAGCAGUACAUGCAUGGAAUUGUCAGGACUAAAGUAGAUGAUUGUCAGUUUGUCUGCAUAGCCCAGCAAGAUUAUUGGAGAAUUUUAAACCAUGUGGAAAAAAAUACCCAUAAAGUUGAGGAAGAGGGAGAAAUUGUUAUGGUACAUGAGCAUCGGGAACUAGACCGGAGUGGAACCAGGAAAGGACACAUUGUGAUCAAGGCAACACCUGAGCGUCUCAUAAUGCAUUUAAUAGAAGAACAUUCCAUCGUGGAUCCAACUUAUAUAGAAGAUUUUCUAUUAACUUACAGGACAUUUCUUGAAAGUCCUUUGGAUGUUGGGAUCAAACUAUUGGAAUGGUUUAAGAUCGACAGCUUAAGAGAUAAGGUGACACGGAUUGUAUUAUUAUGGGUAAAUAAUCAUUUUAAUGAUUUUGAAGGUGACCCUGCUAUGACUCGAUUUCUAGAGGAAUUUGAAAAAAAUCUGGAAGAUACAAAGAUGAAUGGUCAUCUCCGGUUAUUGAAUAUUGCCUGUGCUGCAAAGGCUAAGUGGAGACAGGUUGUGCUGCAAAAGGCUUCCCGCGAGUCCCCUCUACAAUUCAGCCUUAAUGGAGGGAGUGAGAAGGGAUUUGGUAUUUUUGUUGAAGGAGUAGAACCUGGUAGCAAAGCUGCUGAUUCAGGACUGAAACGUGGUGAUCAGAUUAUGGAAGUAAAUGGACAAAACUUUGAGAAUAUUACAUUUAUGAAAGCCGUUGAAAUUUUGAGGAAUAAUACUCAUCUUGCACUUACUGUGAAGACCAACAUUUUUGUGUUCAAAGAGUUACUUUUUAGGACUGAACAAGAGAAAUCUGGUGUUCCUCAUAUUCCCAAAAUUGCUGAAAAAAAAAGUAAUCGCCAUUCUAUCCAGCAUGUGCCAGGAGAUAUUGAACAGACAUCACAGGAGAAAGGAAGUAAGAAAGUUAAAGCAAAUACUGUUUCAGGUGGAAGAAACAAAAUCAGGAAGAUUUUGGAUAAAACACGAUUUAGUAUCUUGCCUCCAAAGCUAUUUAGUGAUGGAGGCCUAAGCCAAUCACAAGAUGACAGCAUUGUGGGAACAAGGCACUGUAGGCAUAGUCUGGCUAUAAUGCCCAUCCCUGGAACACUCUCAUCCAGCAGCCCUGAUCUCCUGCAGCCUACCACCAGUAUGUUGGAUUUUUCCAAUCCUUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-513.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -553.89

Frequency: 0.0000

Diversity: 570.82

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((.((((((.(((((...(((((((((((.(((.......(((((......(((.(((((.....)))))..)))..)))))......((((......)))).....))).))))))))(((((......)))))...............((......)).((((.((((.......)))).)))).)))....))))).)))))))))))..))))))))))(..((((..((((...(((((.(((((((((...((((.(.((((((.((((..(((((.........)))))...(((.((((.(((((((((.((((....(((((..(((......)))..)))))(((((((.(......)))))))).)))).))).)))))).)))))))..))))..))))))).)))).((((((..((((...((((..((((..((((....((((.(((((((...))))))).))))...((((((((((.((((((((..((((..((....(((((.((....)).)))))..((((.....((((.((((..(((((((((.((.(((....))).))....((((((((((..((((.(.(((((((((...(((.....(((...)))..)))...)))))).))).......(((......)))).))))..)))))))).))(((((((.(((..((((..(((.((((((.....)))))).)))..))))..)))...)))))))..)))).)))))))))...))))))))......)).))))))))))))))))))))))..)))).)))))))).))))..))))))..))).))))))........((((......)).))..)))))((((((((((((((((.........(((........)))(((((((.(((.((..(((..(((((((((((.((.....))))).....))))))))..................))).)).))).))).))))..((((((....))))))..((((.(((((....))))).)))).((((....((((.(((((((((((....)))))))..))))..))))...))))....(((.((...((...(((((..((((........))))..)))))...))....)).))).)))))))))..)))))))..................))))..))))....((((((....))))))..(((.((.....)).))).((((((...(((((....(((((((((....(((((..((((((......(((....)))........))))))..(((((((((((...((((((..((((((.........((((((...((((((((((....)))))..))))).((((.((...))..))))...((((..(((((((.....................))))))).....))))........(((((((((.......((((.(((.....)))))))(((...(((((.((((((....(((.((....))))))))))).)))))...))))))))))))))))))....((((((.........)))))).((((..((((((.(((.(((((..(((((((((((..(....(((..((((.((........................)).))))..))).......(((((((.....))))))).........)..)))))))))))(((((((..(((....)))..)))))))....((..(((....)))....)).((((....)))))))))))).)).))))..))))...)))))).))))))....))))))).))))))))))))).)))))...))))).....))))))((((((....))))))......)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((((((({{(((((((.(((((,,.{{{((((((((.(({...,,..(((((......,{{.(((((.....)))))...,,..)))))......{{|{......}},,.,}}.))).))))))))(((((,....,)))))...............{{..,,,.,,.((((.((((.......)))).)))).}}},)}.))))).)))))))))))..))))))))))({,((((,.({{,...{({(({(((,((((({,,,{,{{{{{(((((({(((.{(({{(,{{,,{...}||||.,,|,|}}}|||{,|,|||}},|((({{..,,|||,}|||,},.,,)})},}}))))}}}|||{{{.{{{{{|,{(({{,|,,,,}}}},}}}})},)))}.}}}}}}}...,,}|.,,,|,{{{{.{{{.,(({{{{{|{||,.((((..{{||},},||{|,|||||{|,,.))))}),.,}},.,.(((((((((((((((((((..{{((,.,(,,,.(((((.((....)).))))).,({((((,,{{(,,,((({.{(((({(({{.,{,{({...||||,|||,,,{{{{((((((,.((((,{,({{((((((...{((,|{,|{,,...,)))})))...)))))).))),,,,},||||......,}},.}})),.}}}}}}))})){((((((,(({..{{((.(((({(,{(((....,))}})))))).}),}}..)}),,.))))))}..)))).}})))))})})}}))})))}......,}.},)}))))))))))))))))))..,|||.||||,,{{,||||,,.{{{{{,{{({,{|{||.........{|||,,...,}|,|||.}}}}|{{{{{{{(({,{({{,,,,,,||,.(((........)))(((((((.(((.((..(((..(((((((({{.{((.....)})}}.....))))))))...,,....,.,......))).)).))).)))},)))..((((((....))))))..,{{{.{{((|,.,,))))}.}}})||||{||,,{{||||,{{{{{{{{{....))))))),,}))|,.{{.|{{{.....}}}|,|},,.,,(({{{(,((({.,,,|}},,,}}})),},|}})))}}}}}}..|}},|}),}}},}}},}||||}|||||||,,,..,|........)))),,))}}.,..{(((({....))))))..|||,||.....,,.))),{(((((...(((((..{.(((((((((....(((((..((((((......{((....}}),.......))))))..(((((((((((...((((((..((((((.,,,.,,..((((((,,.((((((((({..,,))))}..||||}.(({{,,,,{({{..|||,,,,{(((..(((((((.......,,,,..........))))))).....)))},.......(((({{{{,...,,,,{(((.(((.....))))))}{{(,,,(((((,{{{{{|,,,||||.||,,,,)),,))))))},||}},.},))))))))))),)))))),,,.((((((.........)))))).((((..((((((.(((.(((((..(((((((((((......,({(..{{{{.{{....,.............,.....)).))))..|||.......(((((((.....))))))).......,,}..)))))))))))(((((((..(((....)))..))))))).....,...{((({,,,|,....},))})),...,..)))))))).)).))))..))))...)))))).))))))....))))))).))))))))))))).)))))...))))).....)))))){(((((....)))))),,..,.)