Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0013700

Sequence Length

1454 nt

GC Content

0.3934

GCUACGGAGAGUGAGGUAGGAGAUGUAGAUUUGACACGUCUUCCAGAAGGACCUGUUGAUUCUGAGGAUGACGAAGAGGAAGAUGAAGAGAUUGAUCGAACAGAUCCAUUGCAGGGGCGAGAUCUUGUUCGAGAAUGUCUUGAAAAAGAACCUGCAGACAAAACUGAUGAUGACAUUGAACAAUUGCUGGAGUUUAUGCACCAGCUCCCUGCAUUUGCAAACAUGACCAUGUCUGUAAGGAGAGAACUCUGCUCAGUGAUGAUUUUUGAAGUGGUAGAGCAGGCUGGAGCUAUUAUUCUUGAAGAUGGGCAAGAGCUUGACUCAUGGUAUGUUAUUUUAAACGGCACUGUGGAAAUCAGUCAUCCAGAUGGAAAAGUUGAAAAUUUGUUUAUGGGAAAUAGUUUUGGAAUUACUCCCACUCUGGAUAAGCAGUACAUGCAUGGAAUUGUCAGGACUAAAGUAGAUGAUUGUCAGUUUGUCUGCAUAGCCCAGCAAGAUUAUUGGAGAAUUUUAAACCAUGUGGAAAAAAAUACCCAUAAAGUUGAGGAAGAGGGAGAAAUUGUUAUGGUACAUGAGCAUCGGGAACUAGACCGGAGUGGAACCAGGAAAGGACACAUUGUGAUCAAGGCAACACCUGAGCGUCUCAUAAUGCAUUUAAUAGAAGAACAUUCCAUCGUGGAUCCAACUUAUAUAGAAGAUUUUCUAUUAACUUACAGGACAUUUCUUGAAAGUCCUUUGGAUGUUGGGAUCAAACUAUUGGAAUGGUUUAAGAUCGACAGCUUAAGAGAUAAGGUGACACGGAUUGUAUUAUUAUGGGUAAAUAAUCAUUUUAAUGAUUUUGAAGGUGACCCUGCUAUGACUCGAUUUCUAGAGGAAUUUGAAAAAAAUCUGGAAGAUACAAAGAUGAAUGGUCAUCUCCGGUUAUUGAAUAUUGCCUGUGCUGCAAAGGCUAAGUGGAGACAGGUUGUGCUGCAAAAGGCUUCCCGCGAGUCCCCUCUACAAUUCAGCCUUAAUGGAGGGAGUGAGAAGGGAUUUGGUAUUUUUGUUGAAGGAGUAGAACCUGGUAGCAAAGCUGCUGAUUCAGGACUGAAACGUGGUGAUCAGAUUAUGGAAGUAAAUGGACAAAACUUUGAGAAUAUUACAUUUAUGAAAGCCGUUGAAAUUUUGAGGAAUAAUACUCAUCUUGCACUUACUGUGAAGACCAACAUUUUUGUGUUCAAAGAGUUACUUUUUAGGACUGAACAAGAGAAAUCUGGUGUUCCUCAUAUUCCCAAAAUUGCUGAAAAAAAAAGUAAUCGCCAUUCUAUCCAGCAUGUGCCAGGAGAUAUUGAACAGACAUCACAGGAGAAAGGAAGUAAGAAAGUUAAAGCAAAUACUGUUUCAGGUGGAAGAAACAAAAUCAGGAAGAUUUUGGAUAAAACACGAUUUAGUAUCUUGCCUCCAAAGCUAUUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-363.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -392.05

Frequency: 0.0000

Diversity: 352.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((..((((.((((((((.((((((((..((((((.(..(((((.......(((((.(((((((((((((.(((.((((((.((.(...((((..((...(((.(((...((((((......((((.(((((((...))))))).))))...((((((((((.((((((((..((((..((....(((((.((....)).)))))..((((.....((((.((((..(((((((((.((.(((....))).))....((((((((((..((((.(.(((((((((...(((.....(((...)))..)))...)))))).))).......(((......)))).))))..)))))))).))(((((((.(((..((((..(((.((((((.....)))))).)))..))))..)))...)))))))..)))).)))))))))...))))))))......)).))))))))))))))))))))))....((..(((((((((((((..((((((((((((.............((((.......(((((.....(((((((.(((.((............(((........)))(((((((.(((.((..(((..(((((((((((.((.....))))).....))))))))..................))).)).))).))).))))..((((((....)))))).......)).)))))))))).....))))).......))))..............))))))))))))((.((.((((.....)))).))...))((((((.(((((...)))))))))))..)))))))))))))..))...))))))..((((((...(((((((...............)))))))((((((((((((..(((((.((((((.(((.........((((.........))))))).))))))((((((.((((.(....(((......((((((((.(((.((.(((..((.....))..))).))))).))))))))........)))...).)))).))))))(((((...)))))((((.((..((......))..))))))....((((..(((((((.....................))))))).....))))........((((........)))).....(((.....)))..))))).))))))))))))....)))))).......)))))).....))..))))).)).))))))............(((((.........)))))))).)))))).(((.((....))..))).........)))).)))))))).....)))))...)...)))))).....))).)))))..(((.......(((((((.....))))))).......))).......))))))))))))..)))(.....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((..((((.(((((((({(((((((.,.,{{,,|,}}|||||{.......(((({{(((((((((((((.((,.{{((((.((.{.,,,{{{,,((...{{||||{,,.((((((.,,.|.((({.{((((({...))))))}.}))).,.(((((((((((((((((((..{{((,.,(,,,.(((((.((....)).))))).,({((((,,{{(,,,((({.{(((({(({{.,{,{({...||||,|||,,,{{{{((((((,.((((,{,({{((((((...{((,|{,|{,,...,)))})))...)))))).))),,,,,,||||......,}},.}})),.}}}}}}))})){((((((,(({..{{((.(((({(,{(((....,))}})))))).}),}}..)}),,.))))))}..)))).}})))))})})}}))})))}......,}.},)}))))))))))))))))))...,((..((((((((((((({.((((((((((((.,.{.........((((.......(((((.....((((((,{(((.((,,......,,..(((........)))(((((((.(((.((..(((..(((((((({{,{((.....)))}}.....))))))))..,,,....,.,......))).)).))).))),,)))..((((((....)))))).......)}.}))))))))).....)))))....,..)))).........},...))))))))))))|{.((.((((.....)))).))...,,((((((.((((,...})))))))))).,)))))))))))))..)).,.)))))).,||,{((...(((((((.....,,........))))))){(((((((((((..(((((.((((((.(((.........((((.,,...,,.))))))).))))))((((((.((((.(...,(({......((((((((.(((.((.(((..((.....))..))).))))).)))))))).......,})}...}.)))).))))))(((((...))))){{,{(((..,,,,,..,||{{||}|}|,.,,{(((..(((((((.....................))))))).....)))}........((((........))))..,,.(((.....))),.))))).)))))))))))},...}}}}},,|,,.,,)))))},,|,,||,.,,))).}),)))))),..,,,,....,{((((.........)))))))).)))))).{((.((....))..))}.........)))).)))))))).....}},}}.......}},,,,,,...,,}}|})}}..(((....,..(((((((.....)))))))..,....))).......))))))))))))..)))(.....)