Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0016200

Sequence Length

1450 nt

GC Content

0.4090

UUUUGGUAAGCAGUUUGGAGGAAAAAGAGGAUGUGAUUGUCUUGUAUUAGAGCCUUCAGAAAUGAUUGUGGUAGAGAAUGCCAAAGAUAAUGAAGAUAGUAUUCUACAAAGAGAAAUUCCUGCCAGACAAUCCCGAAGAAGAUUUCGGAAAAUUAACUAUAAAGGAGAGCGCCAAACCAUUACUGAUGAUGUGGAGGUUAACAGCUAUCUUUCUCUUCCAGCUGAUCUUACCAAGAUGCAUCUCACAGAAAACCCUCAUCCACAGGUGACUCAUGUGUCUUCUAGUCAGUCUGGUUGUAGCAUUGCCAGUGACUCUGGAAGCAGCAGUUUAUCUGAUAUCUAUCAGGCUACGGAGAGUGAGGUAGGAGAUGUAGAUUUGACACGUCUUCCAGAAGGACCUGUUGAUUCUGAGGAUGACGAAGAGGAAGAUGAAGAGAUUGAUCGAACAGAUCCAUUGCAGGGGCGAGAUCUUGUUCGAGAAUGUCUUGAAAAAGAACCUGCAGACAAAACUGAUGAUGACAUUGAACAAUUGCUGGAGUUUAUGCACCAGCUCCCUGCAUUUGCAAACAUGACCAUGUCUGUAAGGAGAGAACUCUGCUCAGUGAUGAUUUUUGAAGUGGUAGAGCAGGCUGGAGCUAUUAUUCUUGAAGAUGGGCAAGAGCUUGACUCAUGGUAUGUUAUUUUAAACGGCACUGUGGAAAUCAGUCAUCCAGAUGGAAAAGUUGAAAAUUUGUUUAUGGGAAAUAGUUUUGGAAUUACUCCCACUCUGGAUAAGCAGUACAUGCAUGGAAUUGUCAGGACUAAAGUAGAUGAUUGUCAGUUUGUCUGCAUAGCCCAGCAAGAUUAUUGGAGAAUUUUAAACCAUGUGGAAAAAAAUACCCAUAAAGUUGAGGAAGAGGGAGAAAUUGUUAUGGUACAUGAGCAUCGGGAACUAGACCGGAGUGGAACCAGGAAAGGACACAUUGUGAUCAAGGCAACACCUGAGCGUCUCAUAAUGCAUUUAAUAGAAGAACAUUCCAUCGUGGAUCCAACUUAUAUAGAAGAUUUUCUAUUAACUUACAGGACAUUUCUUGAAAGUCCUUUGGAUGUUGGGAUCAAACUAUUGGAAUGGUUUAAGAUCGACAGCUUAAGAGAUAAGGUGACACGGAUUGUAUUAUUAUGGGUAAAUAAUCAUUUUAAUGAUUUUGAAGGUGACCCUGCUAUGACUCGAUUUCUAGAGGAAUUUGAAAAAAAUCUGGAAGAUACAAAGAUGAAUGGUCAUCUCCGGUUAUUGAAUAUUGCCUGUGCUGCAAAGGCUAAGUGGAGACAGGUUGUGCUGCAAAAGGCUUCCCGCGAGUCCCCUCUACAAUUCAGCCUUAAUGGAGGGAGUGAGAAGGGAUUUGGUAUUUUUGUUGAAGGAGUAGAACCUGGUAGCAAAGCUGCUGAUUCAGGACUGAAACGUGGUGAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-382.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -414.78

Frequency: 0.0000

Diversity: 496.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((.((((((.(((((...(((((((((((.(((.......(((((......(((.(((((.....)))))..)))..)))))......((((......)))).....))).))))))))(((((......)))))...............((......)).((((.((((.......)))).)))).)))....))))).)))))))))))..))))))))))(..(((((((......((..((((((.(((((.(((((((((((((((.(((.(((..(((((((....((((.....))))((((....))))..(((((....))))))))))))))).)))..)))))))).((((.((((((.(((((.....))))).)))))).))))...(((((((.........(.((((.(((..(((((((((((..((((....)))))))).))))))).))).)))).).........((((((((((.((((((((..((((..((....(((((.((....)).)))))..((((.....((((.((((..(((((((((.((.(((....))).))....((((((((((..((((.(.(((((((((...(((.....(((...)))..)))...)))))).))).......(((......)))).))))..)))))))).))(((((((.(((..((((..(((.((((((.....)))))).)))..))))..)))...)))))))..)))).)))))))))...))))))))......)).))))))))))))))))))))))...(((..(((..((((.((.(.(((((...((....))...))))).)))))))..))).......))).....)))))))...))))))))).(((........)))(((((((.(((.((..(((..(((((((((((.((.....))))).....))))))))..................))).)).))).))).))))..((((((....))))))..((((.(((((....))))).))))))).))))))..))(((((((((((....)))))))..))))..((.((((.....)))).)).....((((((.(((((...)))))))))))..(((((((((..((.((((((((..............((((((((...............))))))))..............)))))))).)))))))))))....((((.(((.(((..((((..((....)).)))).))).)))..))))......((((((((.(((.((.(((..((.....))..))).))))).)))))))).(((((((.....)))))))...((((((((((....)))))..)))))........)))).)))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((((((((((((((((.{((((,{.({{((((((((.{{{...,,.,{{(((.....,{{{,(((((,.,,,|}}}}...,,..}}}}}......{|||......}},..}}},))),))))))))(((((,....,)))))...............{{..{,{.,,.((((.((((.......)))).)))).,,,,)}.))))).)))))))))))..))))))))))(..(((((((......{{{((,((({{({(({,,,{,{{{{{(((((({(((.{(({{(,{{,,{...}||||.,,|,||||{||{,|,|||||.,((({{..,,|||}}|||}},.,})}),}}})))|||||,{,{|.{{,,|||{((|{{|,,,,|||,,}}}}},|})}}.},,,},}..,,,}}...,|.{{{{.{{{.,(({{{{{|{||,.((((..,,||},}}||||}|||||,|,,.)))),},.,,},.,.(((((((((((((((((((..{{((,.,(,,,.(((((.((....)).))))).,({((((,,{{(,,,((({.{(((({(({{.,{,{({...||||,|||,,,{{{{((((((,.((((,{,({{((((((...{((,|{,|{,,...,)))})))...)))))).))),,,,},||||......,}},.}})),.}}}}}}))})){((((((,(({..{{((.(((({(,{(((....,))}})))))).}),}}..)}),,.))))))}..)))).}})))))})})}}))})))}......,}.},)}))))))))))))))))))..,|{|.|||{{{{{{{|{{,,.{{{{{,{{({,{|{||.........{|||,,...,}|,|||.}},}|{{{,{,{(({,{{,,.,,},},},.(((,......,|||(((((((.(((.((..(((..(((((((({{,{((.....)))}}.....))))))))...,,....,,,......))).)).))).)))},))}..((((((....))))))..,{{{.|{{{|,,,,)))),.}},)||||{|||,{,||||.{{,,,{{{|....))))))}}}}}}|,.((.((((.....)))).)).,.,,(({{{(.((({,..,|}}},}}}})),}}})))))}})))}..|},,,})}}}},,}},}||}||{||||||}},.,||........})))}})),,....,{{{{,...,)))))}|||}||,.........((((.{{{.,||.}|}||.,,|},,,,|{|{||.|||{}|,..||||.,,,,.((((((((.(((.((.(((..((.....))..))).))))).))))))))...,,,||}}}...},)))).}})))}{{(((,..}})))},.,||}}},,}}}...)))).))),.)