Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0018300

Sequence Length

627 nt

GC Content

0.4195

GCUACGGAGAGUGAGGUAGGAGAUGUAGAUUUGACACGUCUUCCAGAAGGACCUGUUGAUUCUGAGGAUGACGAAGAGGAAGAUGAAGAGAUUGAUCGAACAGAUCCAUUGCAGGGGCGAGAUCUUGUUCGAGAAUGUCUUGAAAAAGAACCUGCAGACAAAACUGAUGAUGACAUUGAACAAUUGCUGGAGUUUAUGCACCAGCUCCCUGCAUUUGCAAACAUGACCAUGUCUGUAAGGAGAGAACUCUGCUCAGUGAUGAUUUUUGAAGUGGUAGAGCAGGCUGGAGCUAUUAUUCUUGAAGAUGGGCAAGAGCUUGACUCAUGGUAUGUUAUUUUAAACGGCACUGUGGAAAUCAGUCAUCCAGAUGGAAAAGUUGAAAAUUUGUUUAUGGGAAAUAGUUUUGGAAUUACUCCCACUCUGGAUAAGCAGUACAUGCAUGGAAUUGUCAGGACUAAAGUAGAUGAUUGUCAGUUUGUCUGCAUAGCCCAGCAAGAUUAUUGGAGAAUUUUAAACCAUGUGGAAAAAAAUACCCAUAAAGUUGAGGAAGAGGGAGAAAUUGUUAUGGUACAUGAGCAUCGGGAACUAGACCGGAGUGGAACCAGGAAAGGACACAUUGUGAUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-148.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -164.09

Frequency: 0.0000

Diversity: 199.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....(.((..((...(((....(((..(((((..(.(.((((((....(((.(((((..((((..(.....)..))))...(((.((....)).))).))))).))).((((..((((....((((.(((((((...))))))).))))...((((((((((.((((((((..((((..((....(((((.((....)).)))))..((((.....((((.((((..(((((((((.((.(((....))).))....((((((((((..((((.(.(((((((((...(((.....(((...)))..)))...)))))).))).......(((......)))).))))..)))))))).))(((((((.(((..((((..(((.((((((.....)))))).)))..))))..)))...)))))))..)))).)))))))))...))))))))......)).))))))))))))))))))))))..)))).))))..................(((..(((((..........)))))..)))..)))))).))..)))))..)))..)))....)).)).)...((.((.((.((((...((......))...)))).)).)).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((.....,...........))))).,((((((({((((((...,({{.({{{{,.||||..|,,.,,}....,},...,|.{{{{.{{|.,||{|||||{||,.((((..,,||},},||||,|||||{|,,.))))}),.,}},.,,(((((((((((((((((((..{{((,.,(,,,.(((((.((....)).))))).,({((((,,{{(,,,((({.{(((({(({{.,{,{({...||||,|||,,,{{{{((((((,.((((,{,({{((((((...{((,|{,|{,,...,)))})))...)))))).))),,,,},||||......,}},.}})),.}}}}}}))})){((((((,(({..{{((.(((({(,{(((....,))}})))))).}),}}..)}),,.))))))}..)))).}})))))})})}}))})))}......,}.},)})))))))))))))))))}..}|||.}|||..,,.,{{{.,.{{{({...({.,{,||...,,,,,.,)))))..})),.)),,,,,},......|,{{{((.,.}}},,||,{(((........)))},{((...((......)).,,),,}))).)))),