Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0019000

Sequence Length

761 nt

GC Content

0.4231

CUGAUCUUACCAAGAUGCAUCUCACAGAAAACCCUCAUCCACAGGUGACUCAUGUGUCUUCUAGUCAGUCUGGUUGUAGCAUUGCCAGUGACUCUGGAAGCAGCAGUUUAUCUGAUAUCUAUCAGAUGACUCAAGCUACGGAGAGUGAGGUAGGAGAUGUAGAUUUGACACGUCUUCCAGAAGGACCUGUUGAUUCUGAGGAUGACGAAGAGGAAGAUGAAGAGAUUGAUCGAACAGAUCCAUUGCAGGGGCGAGAUCUUGUUCGAGAAUGUCUUGAAAAAGAACCUGCAGACAAAACUGAUGAUGACAUUGAACAAUUGCUGGAGUUUAUGCACCAGCUCCCUGCAUUUGCAAACAUGACCAUGUCUGUAAGGAGAGAACUCUGCUCAGUGAUGAUUUUUGAAGUGGUAGAGCAGGCUGGAGCUAUUAUUCUUGAAGAUGGGCAAGAGCUUGACUCAUGGUAUGUUAUUUUAAACGGCACUGUGGAAAUCAGUCAUCCAGAUGGAAAAGUUGAAAAUUUGUUUAUGGGAAAUAGUUUUGGAAUUACUCCCACUCUGGAUAAGCAGUACAUGCAUGGAAUUGUCAGGACUAAAGUAGAUGAUUGUCAGUUUGUCUGCAUAGCCCAGCAAGAUUAUUGGAGAAUUUUAAACCAUGUGGAAAAAAAUACCCAUAAAGUUGAGGAAGAGGGAGAAAUUGUUAUGGUACAUGAGCAUCGGGAACUAGACCGGAGUGGAACCAGGAAAGGACACAUUGUGAUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-195.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -214.93

Frequency: 0.0000

Diversity: 268.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((.(((...(((.........(((((.(((((((((...((((.(.((((((.((((..(((((.........)))))...(((.((((.((((((.(((((((((....)))))))))((((..((....))..))))...((((((((.(......))))))))).........)))))).)))))))..))))..))))))).)))).((((((..((((...((((..((((..((((....((((.(((((((...))))))).))))...((((((((((.((((((((..((((..((....(((((.((....)).)))))..((((.....((((.((((..(((((((((.((.(((....))).))....((((((((((..((((.(.(((((((((...(((.....(((...)))..)))...)))))).))).......(((......)))).))))..)))))))).))(((((((.(((..((((..(((.((((((.....)))))).)))..))))..)))...)))))))..)))).)))))))))...))))))))......)).))))))))))))))))))))))..)))).)))))))).))))..))))))..))).))))))........((((......)).))..))))))))....))).))))....))).)))))...((.((.((.((((...((......))...)))).)).)).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({,(((((,{{|,||||{.{{({,{,.....(((((.(((((((((..,{{{{.{{((((((,{(((.(((,.{,{{,{(.{{{(({{..,{{||||.{{{.,.(({{((((((((....)))))))))))|,.))),),,))),)})},)})}|}}}|||||.{{||||{((({({{...||||,,}}}}},})))}.)}},)}),.,}}}}},.}|,|{((,(({..(({({{{((((..((((..,,||},}}||||}|||||,|,,.)))),},.,}},.,.(((((((((((((((((((..{{((,.,(,,,.(((((.((....)).))))).,({((((,,{{(,,,((({.{(((({(({{.,{,{({...||||,|||,,,{{{{((((((,.((((,{,({{((((((...{((,|{,|{,,...,)))})))...)))))).))),,,,},||||......,}},.}})),.}}}}}}))})){((((((,(({..{{((.(((({(,{(((....,))}})))))).}),}}..)}),,.))))))}..)))).}})))))})})}}))})))}......,}.},)}))))))))))))))))))..}}||,|}},,.,,.}}}}...,,,,,..}|}.}}}))}........{|||,,...,)).)),.))))).,,...||||.||}},,}},}}|}|{((........))),,(((...((......)).,,),})}))},,..)