Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_RAPGEF6_0021400
Sequence Length
2114 nt
GC Content
0.3240
GUGGGAGAGUAAACCCAGUCCCUGUUAUUCCAUCUUGCAUGAAAGCAAACUUUUACAGAUUUGCUUUUUUAAAUGUAUUAGGUGAUACAAGAAUUUGGGGGAAACAAAAGAUAAGGAUCUUCUGCUUAAGAAAAAACAAGUGAGGCCUGGUGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGUGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCAAGACCAGCAUAGUGAAAAUGACAAAACCCCUGUCUCUACAAAAAAUUUAAAAAAUUCGCCAGGCAUGGUAGUGCAUGCCUGUAGUCCCAGCUACUUGGGACUGAUAUGGGAAGAUCACCUGAGCCCAGGGAUGUCGAGGCUACAGUGAGCCGUGAUUGCACCACUGCACUGCAGCCUGGGUGAUCACAGAGUGAGAUGCUGUCUCGAAGAAAAAACAUAAGUGAUUUUUUGGUUAUGUUCAAAAGUUAUUUUGUUUGGAUUUUGAUUAGAAUUUUGUUAUUAACUGUUAUUUGUAUAGAACCUUAUACUUUGGGAAAUUGACAUUUUUAAAUAUUUAACCUUCCCAUAAAAGUAUAGCUAUGUUACUUUAAGCUUUGUUUCUAGCCCAUCAAUGAAGUUGUAUAAUUUUCUUUAUAAAUGACUUAUUUAUUUAUUAGAUGUUUUUUGGUAUUUUGUUUUGUUUGAAUGAUUAAUGUUUUUUUUCCAUUUGGUUAUUUUGGAGUAAUAUUUAUAUGUUUUAUUUACUAACUGACACUGGCACUAAAUUUUCAUAUAUGAUAAUACUUUUGGUUGCUUUAUCAUUAUUUUGAGUGAGCUCUGUAUAUUUCAUAUGUAAGUCAUUUGUGUCUUAGUAUAGUUGACAGGGCUUUUUUUUAUUCUUCAUUAAAAAAAAUUCAGGUUAUCUUUUAAAAUGGAAACCUAUCUUUUUCUCUGUGGUUGCUUUCUUUUUGAUAUGCUGAGAAAUCUUUCUGAGACCAAGAAUAUAAAAAUACUGUCUUUUAGUACUGGUCCAGCUUUAGUUUUUUCCAAAGAGCUGUGACUCCAACACUUUCUUUUAAGAAGUCAUCUUUAUAUCUAACUACAUUUCUUUAUAUAUAGUUGGCACUUCAUAUCCGUGGGUUUCACAUCCAUUAAUUCAAGCAACUGCUGAUCCUGGAAAAAAAAAUGGAUGGUUGCAUCUCUACUAAGCAUAUAUAGACUUGUUUUACUUGUCAUUAUUCCCUAAGCAAUAAAGCAUAACAACUAUUUAUGUAGCAUUUCCCGUGUAUUAGGUAUUAUUAAAAAUCUCAAGUUGAUUUAAAGCAUAUGGAAGGAUGCACAUAGGUUAUAUGCAAAUGCUACAUCAUUUUAUGUUAGGCGCUUGAGCACUGGUAGAUUUUUGUAUCCUUGGGGAUUCUGGAACCAAUCCCAGUUGGAUACCAAGAGACUACUCAAGUGUGAAUAUUUUUUAAGUUUUUUUAUUUUUAGUAUCUGUUGUCUUAACACUGCUCCCAAAAGAUUAUAAUAAUUUACUUUUAUUAAAUUGCCUAAUCAGGUUAUCACUUUUAUUAGAUUUUUACUAAGUGUAUUUUUUUCUUUGUGCAACGUAUAUUGACAGAUGUUAGAAAUUUGAGAUUAGACAGUUAUCUUUUAUAAUUAAUUUUAGGGACUAGUUAAAGGCAGAAGUUUAAAAAGAAUUUUCAUAUAGUAUUGAGAUCAGUUAUAUCUGGACAAUUAAGAGAAAGGUUUUUUUUUUUCUUUCUUUUUUAGAAAAUCUUAACAUAAAUAUUGUGACAGGAUCAGAAUUUCUUGGAUAAUAUCUCAGGGCUUUUUUGUUGUUUGUUUGUUUUCUUUUCCUAUAUUGAUAUAUUUUAUUAAUAACCUUUGCUAAAGAAAUUGUUUUUCUGUUUUUAUAGUUUUGGUAAGCAGUUUGGAGGAAAAAGAGGAUGUGAUUGUCUUGUAUUAGAGCCUUCAGAAAUGAUUGUGGUAGAGAAUGCCAAAGAUAAUGAAGAUAGUAUUCUACAAAGAGAAAUUCCUGCCAGACAAUCCCGAAGAAGAUUUCGGAAAAUUAACUAUAAAGGAGAGCGCCAAACCAUUACUGAUGAUGUGGAGGUUAACAGCUAUCUUUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-497.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -541.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 646.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((........)))..(((((...(((((((((((((((((((((((((.....)).)))))))))....)))))..)))))......))))...))))).....(((((....))))).(((..(((((((((.((((((.((((((((((((((((((.....(((((((...((((((((....))))))))...))))))).))))))..(((((..((((((((.(((.(((((((((((.......)))).....((((((((((((((((((((((((((((......))))))))(((((((((....)))))))))....(((((........(((((((.(((((((.(((((.(((((((..(((....)))..)).))))).))))).)((((((((((((.(((((.(((..((((((...(((((.(((((((((((.((......))))))))))))))))))...)))))).)))................((((((((((.((((..((((((..((((((........................))))))..((((((.........)))))).(((((((((...........)))))))))))))))..)))).)))))))))).........(((((((.....)))))))....(((((((.(((((((...((((..((.(((((...........))))).)).....))))...))))))).((((((((...(((((.((((.((.((((((((..((((....((..((((..(((......)))..)))).))))))...)))))))).))..)))))))))...)).)))))))))))))(((((((((........)))))))))...(((((.(((........)))))))))))))...))))))))))))....((((((.....((.((((....)))).))..))))))........(((((.....)))))..(((((((((((............))))))).)))).................(((((...........(((((((.((........)).))))))).))))))))))).)))))))..((((((((...(((.((....))))).............))))))))..(((...........)))......(((..((...))..)))....)))))...........((.(((((.......(((((((((((((.(((((((..((((......(((((.......))))).....)))).....)))))))...))........))))))))))).......))))).))(((((((...((((...((((.((((((...((((((........))))))....)))))).)))).)))))))))))))))..)))))))))))))))).))))))).))))))..)))))......)))))..........((((((.......)))))).)))))...)))))))..))))))....((.((((.....)))).)).)))))))))...)))..((..(((..(((((.......))))).)))...)).(((.(((((((((.(((((((((((..(((((..(((((((((((((.....)))))))((.(((..((((....))))..))).))(((((.(((.(((((((((((........(((((.....)))))............(((((((..(((((........))))).)))))))...))))))))))).))).))))).(((((((((((((.((((((((.....))))))))(((...((((.((((((.(.....).)))))).))))...)))...........))).)))))))))).....))))))..)))))..)))........(((((((((((.((((............(((.......)))...........)))))))))..))))))(((((......))))))))))))).))))))))).)))....((((.((((.......)))).)))).))((........))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((........)))|.(((((...(((((((((((((((((((((((((.....)).)))))))))....)))))..)))))......))))...)))))..,,.{((((,,,,|||||{({{,,{|{{{,,,,,{{(((((((((((((({{,((({{|.||,.(((((((...((((((((....))))))))...))))))).|||||}..{{{|||,||{{{((({(((.{(((((,((({....{{.||||......,,,,{{{{,,,,{{|,,..((((((((......)))))))){((((((({....})))))))),,,.|||,,.,,,.||{({{{{||,||||{|{.(((((.(((((((..(((....)))..)).))))).))))),|((((((((((((.(((((.((({{((((((...(((((.((((((((((((((......))))))))))))))))))...)))))).,}},,....,.....,,..((((((((((.((((..((((((..((((((.{{{{.,,........,,}}}}..))))))..((((((,,....,,.)))))).(((((((((...........)))))))))))))))..)))).))))))))))..,,,,,..{{{||||,....}}}}}}}....{{{,,{,,,((((((,,,(((,.....,{{{{...,,,,,,,.}}}||,||.,,..,,}},,.})))))|,{{(((({|,..(((((.{{{,.{{.((((((((.,((((....({..((((..(((......)))..)))).}})}}),,.)))))))),}}..}}},))))),,})).)))),)))))||,(((((((((........))))))))).,,(((((.(((........)))))))))))))...))))))))))))},..{||||{.,,,,{{,((({....}))).}|,,}}}}}}........{{(({.....))))}.,{((((((((((.,..........))))))).))))......,,{{{{....})}}||.,.,|,||,,,(((((((.{{........)).)))))))......}}}}}}.)))))))},{{(((({,...(({{((....))))}...}}},......,}}|||||,,{{||}}|,,,....|||,,,,.,||{.,||,,,}},}))}.,}.}}},,}}|||,.....(({((..{,,,,,,(((((.(((((({(,((((.(({{{{....,,...,,,,.......}))))}}.}})),,)),..}))))))))))))}.)))))..,}}||{{{{{{{{..{||||.{((((((,.((((((((((.(((((((((((...((((((........))))))....)))))).))))}.))))}},))))),,,..,},|||||||||||,.|||||||{|||{||{{|,,,|.,,..{||,,,..{{{((..,,(((({..,,,,,,,,,}|{|||||{{,||,|||}..,}}))}..,,||},}}}.,,..)))))}}}},},.))))}|.))}..,}....}))))))})}}))))))..)}})}}}},..,,..(((((((((.(((((((({((..{({((..{((((({{{{{{{.....}}}}|||((..,,..,,|||||.||||..|,||||(({{{.,(({(((((((,,,..,,}||}}|||||,.,.,)))},,,,,,..{{,,.,,,||||,.{{|||........}||||,||}}}))},,})})}}}}}}},}}}.))}}},(((((((((((((.((((((((.....)))))))),((.,,((((.,(((((,(,....,.,},,,,,)))),,,}}).,}}},...,,)))))))))))))),.,,,))))))..)))))..))),.,.....{((({((((((.((((,,,........|{,{||.....}))}......,,..))))))))),.})))))(((((,....,))))))))))))).))))))))),}))}}}.||||,|,{,.}}}}},)))).)))}..,,}}},})}},,}
Back