Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RAPGEF6_0021600

Sequence Length

426 nt

GC Content

0.3850

GACUUAAAUACUAUUUAUUCUUAUCUUCAUGGAAUGGAAAUAUUAUCAAAUCUCAGGGAACAUCAGCUUAGAUUAAUGUCUGCAAGAGCACGCUAUGAGAGAUACAGUGGCAAUCAGGUUCUCUUUUGUUCAGAAACGAUUGCCAGAUGUUGGUAUAUCCUACUUUCUGGAUCUGUGCUUGUGAAAGGCUCCAUGGUCUUGCCUCCUUGCAGUUUUGGUAAGCAGUUUGGAGGAAAAAGAGGAUGUGAUUGUCUUGUAUUAGAGCCUUCAGAAAUGAUUGUGGUAGAGAAUGCCAAAGAUAAUGAAGAUAGUAUUCUACAAAGAGAAAUUCCUGCCAGACAAUCCCGAAGAAGAUUUCGGAAAAUUAACUAUAAAGGAGAGCGCCAAACCAUUACUGAUGAUGUGGAGGUUAACAGCUAUCUUUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-102.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -110.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 100.72

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((........((((((((.........))))))))............(((((.((....((.((..((((....))))))..)).....)).)))))(((((((.((((((((.((((((((((...((((((.((((((((.....))))).)))....))))))((((((.((((.....))))..)).))))...(((((..((.((((....)))).))..))))).)))))))))).))))))))))))))).)))...))((((..(((((((((((.((((............(((.......)))...........)))))))))..))))))(((((......)))))...............(((.(((....((((.((((.......)))).))))....))).)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{,.,..{((({{{((({((((,{{,,,..,|}}}|}},..,,,,.,,...(((((,((....{,.{{,{((((....))))},..}),,...)}.)))))(((((((.((((((((.((((((((((.,((({(({,(({{{((({,..|}||}}.}}),...,})))))||,,,.{,||.,,.{||||{....))))}}.(((((..((.((((....)))).))..))))).)))))))))).)))))))))))))))...,...||({{..,||{{{((((({.{{{|,}}..,,,,,,.|}||},,}}}))},....,,,{,.}}||||}}},..}}}|}(((((,....,)))))..............||||.(((....((((.((((.......)))).))))....))).}))))))