Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RIMS2_0003100

Sequence Length

1460 nt

GC Content

0.4404

AAAACUGCAUCAGCAGUUUGAAAUGUAUAAAGAGCAGGUAAAGAAGAUGGGAGAAGAAUCACAGCAACAGCAAGAACAGAAGGGUGAUGCGCCAACCUGUGGUAUCUGCCACAAAACAAAGUUUGCUGAUGGAUGUGGCCAUAACUGUUCAUAUUGCCAAACAAAGUUCUGUGCUCGUUGUGGAGGUCGAGUGUCAUUACGCUCAAACAAGGAGGACAAAGUGGUUAUGUGGGUAUGUAAUUUGUGCCGAAAACAACAAGAAAUCCUCACUAAAUCAGGAGCAUGGUUUUAUAAUAGUGGAUCUAAUACACCACAGCAACCUGAUCAAAAGGUUCUUCGAGGGCUAAGAAAUGAGGAGGCACCUCAGGAGAAGAAACCAAAACUACAUGAGCAGACCCAGUUCCAAGGACCCUCAGGUGACUUAUCUGUACCUGCAGUGGAGAAAAGUCGAUCUCAUGGGCUCACAAGACAGCAUUCUAUUAAAAAUGGGUCAGGCGUGAAGCAUCACAUUGCCAGUGACAUAGCUUCAGACAGGAAAAGAAGCCCAUCUGUGUCCAGAGAUCAGAAUAGAAGAUACGACCAAAGGGAAGAAAGAGAGGAAUAUUCACAGUAUGCUACUUCGGAUACCGCAAUGCCUAGAUCUCCAUCAGAUUAUGCUGAUAGGCGAUCUCAACAUGAACCUCAGUUUUAUGAAGACUCUGAUCAUUUAAGUUAUAGGGACUCCAACAGGAGAAGUCAUAGGCAUUCCAAAGAAUAUAUUGUAGAUGAUGAGGAUGUGGAAAGCAGAGAUGAAUACGAAAGGCAAAGGAGAGAGGAAGAGUACCAGUCACGCUACCGAAGUGAUCCGAAUUUGGCCCGUUAUCCAGUAAAGCCACAACCCUAUGAAGAACAAAUGCGGAUCCAUGCUGAAGUGUCCCGAGCACGGCAUGAGAGAAGGCAUAGUGAUGUUUCUUUGGCAAAUGCUGAUCUGGAAGAUUCCAGGAUUUCUAUGCUAAGGAUGGAUCGACCAUCAAGGCAAAGAUCUAUAUCAGAACGUAGAGCUGCCAUGGAAAAUCAGCGAUCUUAUUCAAUGGAAAGAACUCGAGAGGCUCAGGGACCAAGUUCUUAUGCACAAAGGACCACAAACCAUAGUCCUCCUACCCCCAGGAGGAGUCCACUACCCAUAGAUAGACCAGACUUGAGGCGUACUGACUCACUACGGAAACAGCACCACUUAGAUCCUAGCUCUGCUGUAAGAAAAACAAAACGGGAAAAAAUGGAAACAAUGUUAAGGAAUGAUUCUCUCAGUUCAGACCAGUCAGAGUCAGUGAGACCUCCACCACCAAAGCCUCAUAAAUCAAAGAAAGGCGGUAAAAUGCGCCAGAUUUCGUUGAGCAGUUCAGAGGAGGAAUUGGCUUCCACGCCUGAAUAUACAAGUUGUGAUGAUGUUGAGAUUGAAAGUGAGAGUGUAAGUGAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-368.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -395.79

Frequency: 0.0000

Diversity: 364.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((....)))))))............((((.(((.......(((((((..((..(((((.(((.((((.....(((.(((.(((.((((.((((((((....))))))((((...))))......))...))))))).))).)))...))))........))))))))(((.((.(((.(((.((((((....)))))).....((((((((...((((((.(((((........(((((((................((((.........))))...(((((((......((((..........))))....((((.......))))((((((((((((............))).)))).))))).)))))))......((((.((((..((........)).((((..((((((((.(((.(((.....))).))).)))))((((((.(((((.((..(((......))).......(((((((..(..((((((.((((.......))))....))))))..)..).......)))))).)).)))))))))))...............)))..)))).......((((((((((.(((..(((((..((((((((.(((((......(((((.(((((((......))))).)).)))))....((((...((((..((.....))..)))))))).....((((((((.((((....))))...((((..((.(((((.......((((......))))......))))).))....))))........(((...(((((..((..((((.(..(((((.........)))))..).))))..))..)).)))......)))....))))))))........)))))))))(((((...((((.....)))))))))....))))))))))))))))))))))(((....)))...(((((....)))))....(((.((((...(((((.....)))))..)))).)))(((((........))))).)))))))).......(((..((((.(((........)))...)))).))).((((((...))))))..)))))))...))))))))))).))))))))))).))).)).)))))..)).)))))......))).).)))(((((.(((((((((.........((((((...((........))...)))))).......................((....)).......((..(((..........)))..)).....))))))))).).))))...(((....(((((((...((((.((((((((........))))...)))).))))..........(((((......)))))....((.(((((.((........))))))).)).......))))).))....)))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((....)))))))......,.....{{{(,(((.......((((({{.....{{(((,((,({(((({,,{.,.,.((({.,,,|||,.,,{(((((....)))))}.......,}})}}}}.}},.}})}}}}|}..}},))).,.}}}},...,...}}}})|}|||{.|||(((,(((,((((((....)))))).....((((((((...((((((.(((((........(((((((............{,..{{{{{......,.{(({((.((((({,......((((..........))))....,(((,......}|||((((((((((((............))).)))).}}})),,,.,}}.......{{{(.(({{.,{,.||||,..,,.((((..((((((((.(((.(((.....))).))).)))))((((((.(((((.{{,.,((......|||......,||||(((,{({{(((,,,.||||...}}}.}))),...|||||}..,..,....},,))},,),)),)))))))))))...............)))..)))).......{{((((((({|{{(,.(((((,.,(((((((.(((((.{{...(((((.(((((((......))))).)).)))))...||{({...{{((,{{{....,}},,}}}}}},,.....((((((((.((((....))))...((((..((.(((((.....,.((((......}))}......))))).))....)))}........(((...(((,{..((..((((.{..(((((.........)))))..}.))))..)),.},.)))......)))....))))))))........)))))))))(((((,..((((.....))})))))),.||}|,)))))}})))))))))))}(((....}}}{,{(((((....)))))},,,(((.((((...(((((.....)))))..)))).))){((((........))))).))))))))},...,}|||,,||||.{||...,},.,)},}}}),},,))))}}))))},.)))))}..)))))))..,))))))))))).))))))))}||,}||{|}.},|||..||.}}}}),,...,)))...))}|{||{.(((((((((.,,..,,..((((((...{(,,,...}}))...))))))..............,........,{....|,.,,,,..{{..{{{,,,,.,,..,)},..)),}}..))))))))).),)))),,,(((....(((((((...((({.{{{{((((........))))...}))}.|}}},,.{((({{.,{,(({,....})))).}..}}}|||,{.{{...,,,,.},}}}}}.,,.}},...))))).))....)))......