Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_RIMS2_0018100
Sequence Length
1475 nt
GC Content
0.4447
AGCCAAAGCCUUAGUAGAAGAACAACGCCUUUUGUUCCUAGGGUUCAGAUAAAACUAUGGUUUGACAAGGUUGGUCACCAAUUAAUAGUUACAAUUUUGGGAGCAAAAGAUCUCCCUUCCAGGGAAGAUGGGAGGCCAAGGAAUCCUUAUGUUAAAAUUUACUUUCUUCCAGACAGAAGUGAUAAAAACAAGAGAAGAACUAAAACAGUAAAGAAAACAUUGGAACCCAAAUGGAACCAAACAUUCAUUUAUUCUCCAGUCCACCGAAGAGAAUUUCGGGAACGAAUGCUAGAGAUUACCCUUUGGGAUCAAGCUCGUGUUCGAGAGGAAGAAAGUGAAUUCUUAGGCGAGAUUUUAAUUGAAUUAGAAACAGCAUUAUUAGAUGAUGAGCCACAUUGGUACAAACUUCAGACGCAUGAUGUCUCUUCAUUGCCACUUCCCCACCCUUCUCCAUAUAUGCCACGAAGACAGCUCCAUGGAGAGAGCCCAACACGGAGGUUGCAAAGGUCAAAGAGAAUAAGUGAUAGUGAAGUCUCUGACUAUGACUGUGAUGAUGGAAUUGGUGUAGUAUCAGAUUAUCGACAUGAUGGUCGAGAUCUUCAAAGCUCAACAUUAUCAGUGCCAGAACAAGUAAUGUCAUCAAACCACUGUUCACCAUCAGGGUCUCCUCAUCGAGUAGAUGUUAUAGGAAGGACUAGAUCAUGGUCACCCAGUGUCCCUCCUCCACAAAGUCGGAAUGUGGAACAGGGGCUUCGAGGGACCCGCACUAUGACCGGACAUUAUAAUACAAUUAGCCGAAUGGACAGACAUCGUGUCAUGGAUGACCAUUAUUCUCCAGAUAGAGACAGGGAUUGUGAAGCAGCAGAUAGACAGCCAUAUCACAGAUCCAGAUCAACAGAACAACGGCCUCUCCUUGAGCGGACCACCACCCGCUCCAGAUCCACUGAACGUCCUGAUACAAACCUCAUGAGGUCGAUGCCUUCAUUAAUGACUGGAAGAUCUGCCCCUCCUUCACCUGCCUUAUCGAGGUCUCAUCCUCGUACUGGGUCUGUCCAGACAAGCCCAUCAAGUACUCCAGUCGCAGGACGAAGGGGCCGACAGCUUCCACAGCUUCCACCAAAGGGAACGUUGGAUAGAAACAAUGGAGUCAAGGAGAUAGAACCUUAUGAAGAACUGGACUCUACAAGGAGAAGAUAUGCAGGUACUAUGGAUAUAGAGGAGAGAAAUCGCCAAAUGAAAAUUAACAAAUACAAACAGGUAGCCGGAUCAGAUCCCAGACUGGAACAAGAUUACCAUUCGAAGUAUCGAUCAGGAUGGGAUCCUCAUAGAGGGGCAGAUAAUGUUUCUACUAAAUCUUCGGACAGUGAUGUAAGUGAUAUAUCUGCGGUUUCAAGGACUAGUAGUGCUUCUCGUUUCAGCAGCACAAGCUACAUGUCUGUCCAAUCAGAACGCCCAGGAGGAAACAAGAAAAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-391.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -421.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 362.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((.(((.....)))........(((((((((((((((((..(((.......((((..(((.......))))))).......)))..)))))))))))))))))((((((((...)))).))))((((..(....)..))))........(((((((((((((((........((.......)).........(((.....))).........((((((....(((((((........)))))))....))))))...(((((......)))))(((((...(((...(((..(((...)))))).)))...)))))....)))))))))))))))))).)))..((((((..(((............((((((...)))))).((((...)))).....((((....(((((((((((.....((((.((((((.....(((((((((....((..........))...))))))).))........)))))).)))).(((((.((.(((((.(((....(((((((((.((((((.(.(((((((((....((((((...)))))))))))).)))).)))))))))).))))).......(((((((..((......))..)))))))........)))))))).......(((((.(((((((.....)))......((...(((((.....)))))..))...((((((..((((((.........))))))..))))))...)))))))))...)).)))))))))))))).............((.(((((((((((..((((.((((.((.......))))))))))(((((.((((...((((((.(((((((....((.(((((((.(.(((((((...........((((((((((((((((((........))))))...(((((..(.....((((.........((((((((((....(((.......((((((((((.((.((((((...((.(((((......((((......))))(((((((((.(((....))).))))....))))).......)))))..)))))))).))...))))).....((((......)))).(((((........))))).)))))))).....).))))))))).........((((....))))........))))..)..)))))...)))))))).....(((.........................))).)))).....(((((((..((((..............((((....))))))))..)))))))....((((((((((.....))))))).))).))))..)))).)))))))..))....))))))).))))))((.(((...))).)))))))))))...(((....)))..))))))))))).)).....))....))))...))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(({...{|{(,.,,.......,.....(((((((((((((((((..{{{...,,,,((({.{(((.......))))))).....,,)))..)))))))))))))))))((((((((...)))),,))){(((..(....)..})))........{((((((((((((((...,....{|........,.........,{{.....,||.........{(((((....{((((((........)))))))....))))))...(((((,....,)))))|.,{(,{{{(({({(,,..{{|,,,)),})}...||{|}}}})),,.))))))))))))))}|||.|||,.{{((((,,{,{.,}},|||,{{((((({({{(|,|,{{.((({...}))).},..,{(((...,((({{{{(((,(((,((((.((((((.....{((((((((....((..........))...)))))))},)........)))))).)))}.||,,,.}}}}}....|||,,.,||||||{|{|{|{{||,{|||((((((({,..{(((({.,,,}|}|{||||||{||.,.}}})))))))})),,,..,,},.{||||||,,((,,..,,||..||}}|||......}},)}}})))...,,,,{||{({(((((((.....)))}....}||...({(((.....))))).{||.,.((((((..((((((.........))))))..))))))...},))))))},}})).}})}|{{.,,,,.,...........}}||.||||{||||||,||||{.{(({.{{,,,....||||,,,,,.||||,.{{{....((((((.(((((((..,,{{.(((((((.(.(((,(((.....,,....((((((((((((((((((........))))))..,(((({.,{...{,((((,,,.....,((((((((((..,.{(({,.....{(((((((((.((.((((((.,,{,.(((((......((((......))))(((((((((.(((....))).))))}...,)))).......)))))..)})))))).))...))))).....((((......}))),(((((........))))).)))))))).....),})))))))).}...,,..((((....))))....|||.))))..}..)))))...)))))))).....{||...,.............,,{.....,)),))))||,,.(((((((..((((.....{,..,,...,,{,.,,,))},))))..)))))))....((((((((((.....))))))).))).,}}}..)))).)))))))..}),...))))))).)))))),,.,||}}}}))|)},||,}}}}},|.|||....))).,}}}||||}}}}.,),}..}}}|,,,},)}...,...,,,,}}..
Back