Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RIMS2_0018600

Sequence Length

866 nt

GC Content

0.4261

AUAAAACUAUGGUUUGACAAGGUUGGUCACCAAUUAAUAGUUACAAUUUUGGGAGCAAAAGAUCUCCCUUCCAGGGAAGAUGGGAGGCCAAGGAAUCCUUAUGUUAAAAUUUACUUUCUUCCAGACAGAAGUGAUAAAAACAAGAGAAGAACUAAAACAGUAAAGAAAACAUUGGAACCCAAAUGGAACCAAACAUUCAUUUAUUCUCCAGUCCACCGAAGAGAAUUUCGGGAACGAAUGCUAGAGAUUACCCUUUGGGAUCAAGCUCGUGUUCGAGAGGAAGAAAGUGAAUUCUUAGGCGAGAUUUUAAUUGAAUUAGAAACAGCAUUAUUAGAUGAUGAGCCACAUUGGUACAAACUUCAGACGCAUGAUGUCUCUUCAUUGCCACUUCCCCACCCUUCUCCAUAUAUGCCACGAAGACAGCUCCAUGGAGAGAGCCCAACACGGAGGUUGCAAAGGUCAAAGAGAAUAAGUGAUAGUGAAGUCUCUGACUAUGACUGUGAUGAUGGAAUUGGUGUAGUAUCAGAUUAUCGACAUGAUGGUCGAGAUCUUCAAAGCUCAACAUUAUCAGUGCCAGAACAAGUAAUGUCAUCAAACCACUGUUCACCAUCAGGGUCUCCUCAUCGAGUAGAUGUUAUAGGAAGGACUAGAUCAUGGUCACCCAGUGUCCCUCCUCCACAAAGUCGGAAUGUGGAACAGGGGCUUCGAGGGACCCGCACUAUGACCGGACAUUAUAAUACAAUUAGCCGAAUGGACAGACAUCGUGUCAUGGAUGACCAUUAUUCUCCAGAUAGAGACAGUCAUUUUCUUACUCUACCUCGCUCCAGAUACAGUCAGACCAUUGACCAUCAUCACAGGGAUGGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-219.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -237.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 267.33

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........((((((((((....(((.((.((((...............)))))).)))...((((((((...)))).))))((((..(....)..)))).........((((((((((((((........((.......)).........(((.....))).........((((((....(((((((........)))))))....))))))...(((((......)))))(((((...(((...(((..(((...)))))).)))...)))))....))))))))))))))(((..((((((.(((((((...)))))))....((((((...)))))).((((...)))).............(((((((((((.((((((((.((((((.....(((((((((....((..........))...))))))).))........)))))).))...(((((.((.(((((.(((....(((((((((.((((((.(.(((((((((....((((((...)))))))))))).)))).)))))))))).))))).......(((((((..((......))..)))))))........)))))))).......(((((.(((((((.....)))......((...(((((.....)))))..))...((((((..((((((.........))))))..))))))...)))))))))...)).))))).......................)))))).)))))))))))..((((.((.......))))))..(((((..((.......))..))))).))))))..)))....))))))))))((.(((((........))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

........{(((((((((..,{((({,,.||||,,............,||}|||,|,,...{(((((((...})))}.}}}{(((,,(,.,{|..}))),.......,((((((((((((((...,....{|........,.........,{{.....,}}.........{(((((....{((((((........)))))))....))))))...(((((,....,)))))|.,{(,{{{({{({(,,..{{|,,,))}})}...||{|}}}}))}}.))))))))))))))|{|,.{{{{{{.{(((({{...})))))}.,..((((,,..,}})}}|.((({...}))).,...,,{{{...{((({{{{(((,((({((((.((((((.....{((((((((....((..........))...)))))))},)........)))))).))),.|{{{,.}|,}}....|||{,,,{|||||{|{|{|{{{{.{|{{((((((({{..{(((({..,|||||{|||}||{||,,.}}})))))))})),,,..,,,,.{|{||||.,((,,..,,||..||}}}}}......}},}}}})))....,},||||||{{{{{{{,.,,,||}|....||{|,,(((({.....}||||.{||.,.((((((..((((((.........))))))..))))))..,,,)))))),,}}}},}})}|({.,,.,..........,..}},}}))}},})})))})))),.|||{}||}}},...||||....,,|||,.||}}.,,,,))..))))).)))))),,,}}....)))))))))}((.(((((........))))))),