Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RIMS2_0032100

Sequence Length

972 nt

GC Content

0.3837

GCACAGUGGUGCACACCUGUGGUCUGCUACUUGGGAGGCUGAGAUGGGAGGAUCCCUUUGGCUAGUGAGGCAAAGGCUGCAGUGAGCUGAGAUCACACCACUGCACUCCAGCCUGGUUGACAGAGUGAGACCCUGUCUCAAGAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAACAUGUUUUUGAAAUGUAAGAUUUUAUGUAGAUGCUAUUCUAUUAGUUGAAAUAUUAUAUGACACAGCAUUGGAGUGAAUAGAGUGUAAUGGAAGAGAAGAUAAAUAUGAAGAUAACUGGAUUUAUGUAAGUUUGGGAUAAUUGGGCGGUUGGUUAGGUUUUUGUAACGGCUAUUUAAAUCCUUUAGGAUUGUGGUAAAAUUGAGAAUUGAAGAAAAGUCUAAGCCAGCUCUCAAGGACUUCAGUAAAUGAAGGAGUGACCAUUAGAUACCAGAAAGGGAAUAAAAGGGGUUGGGUGUCGGGAGGGGCAGAGGUAUAAGUUAGCAUAGCCAGUUGUCAUAAACUGCAAAGAAAUUUAAACUUCUAAAUAAAAGUGGAAGGUAAAUAUUCAAGAAAAAGUAUCAACUAGCCAGAAAUAUUACAACCUAGGAAGAAGGAUAAGUAUUUGUUACUAGAAAGAACCUCAGGGGAAACAGCAUGUUCAAGAAAGUACCAGGUUUUAGUUAAGACAAGAUAAAGGUUGGUAUUGCAUUGUGCAUAGUGAAAAGGGUUCCACUUGCUAUUGGUGUCACCACACUUUCAGGGUGAUCAUUUCUACUAACUGAUAUUAUUUCUAAUUCAAUACCAUAUCUCUCUUCAUUGAUAUGAAAUUGGACAUCAGUGUUAAUUAAAAAAAAAAGUUUUAGGACAGAGUCUCAUUUUGUCAUCCAGGCUAAAGUGUAAUGGUGCUAUCAUAGCUCACUUCAACCUUGACCUUCUGGGCUCAAGCAAUCCUCCUACCUCAGUCUCCCAAGUAACUGGUACUAUACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-294.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -311.50

Frequency: 0.0000

Diversity: 229.29

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((....)))).....(((((((((.((((((((((((((((.(((((((((..(((.((((...((((..((((.((.(((((((((.(((..(((((.((((((..(((((((.((((((((((((((.((((((.((((..........(((((.(.....).)))))...((((((.((((((.(((((......)))))....)))))).)))))).....((((((((.((.......((((....(((((((.((((.(((((((..........))))))).((((((.(((((((((...((((((((..(((((((..............(((((((..((((.(((....((((((.(((.(((....)))....))).))))))..))).))))...)))))))....((....((((((......................)))))).....)))))))))..))).)))))....))))))))).)))))).....((((((((..((((((........)))))).))))).))).(((((.(((((((..(((..(((((((((((..(((.(((((.......((((.....))))........((....))....((..((((.(((...((((((((.(((((............))))).))))))))...))).))))..)).....(((..((((.......))))..)))...))))))))))))).)))))).)))..))))))).)))))............)))))))))))....))))........)).))))))))...............)))).)))))).)))))))))))))).)))))))..)))))).)))))..))).))))))))).)).))))..))))...)))).)))..))))))))).)))))))))))))))).).)).))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((....)))}....{(((({{{((.((((((((((((((((.(((((((((..(((.(((({(.((((..((((.((.(((((((((.(((..(((((.((((((..(((((((.((((((((((((((.((((((.{{({..........,{{{(.{.....}.))))}{..((((((.((((((.(((((......)))))....}))))).))))))..,..((((((((.((.{{{...((((,{,.((((((,,((((.,{{(({{......,,,.}||}|||.{((({({((((((,,,.{(((((((,({{((((((({{({(,(((({,.,((((((({{,((({(((,...{{{(((.{({.,,,....}))..,,|}},||||}}...(((((.....))))),..,,.{{.,..{(({((......,..........,.}}.)))))),,,.},}))|||||{.|||{||,,}...{}|||||,,,..,))))))...,,||||||.,|||||,........|||,,|{|,,||{||,.,,,,,.|||||,,}}|,,}}|,,,,||||||}}|||,{,,,{,}}}}}}||||.}}}}))),...,,}}}||}{{{{{{{,.{,,,((((.(((...((((((((.(((((.,,.........))))).))))))))...))).)))).,)}.....|,}))|,||}}.....||||{{|||.,.,,,,,,))))))},)))}}},)))}})),}))),))))}.,}},.......))))))))))),,}.))))...}}}..)).))))))))...............)))).)))))).)))))))))))))).)))))))..)))))).)))))..))).))))))))).)).))))..))))))})})).)))..))))))))).)))))))))))))))).,.)).)}},))}})