Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_RIMS2_0033400
Sequence Length
2891 nt
GC Content
0.3639
GCCAGGAAAGAAACAUGCAUCAGUGAAGUCGGACGGGAAUAAAACGAAAGGGAAAAGACAAGGACUCAAAGAGCUGGAGAAAGCUUAUCUAUCUAUAAAAGAAGGAUGAAUAGUCAGUUCUAGCUAAUUAAUGCCAGACUGAAUGUCAGCCCAAGGUUGGAAAAUUUACUCUUUUUUUUCUUUUCCUGAAGGAAAGCUAUAAAUCUGGUUGUUUACUUAAAACUUUUAUAUUUUAAAAUGUUGGCACAUGAAUAAAAACUUUCAAACAUUAUUUGGGCCAAACAAAACACACUUAUUGACCAAAUGUGGCCUGACAUUAAAGACCAAUAUUUUGCAACUUCUGCCAAGGAAAUGCUUCAUUCCCAACUUUUCUCAGUUCUCGUUUUUCUUUCCCAUUCUCGUUGUCACCUUGGUAGUUUGGGACACGUGAGCUCACCUUUGAAGUGAUCUGAUAACCCCCCAACCUGCUCUCUCUCUCUCCCUUCUGGACCAAUCCAACAUCACUGCUCCUGUAUCAGUUCUCUUAAACCCCAUCUUCAUCUUAACACUACCCUUCCUUCAAAAACUUCAGUAGAUUUACAUCUCCUACUAAGUAAAGCCUUUAGCCUGACAUUCAAGUUCUUUAACAAUAUGAGGUGUUUUCUUUUUUUAUGGUUUAGCAUCCCCACCUCCCAAGGCUAGUAAUUCUAUGAAACUAAGUCUUCUUGCUCUUUGUCUCCAAAGUUUUGUUCAUGCCUUUCUUUCUAUUCUUCCUUUACCACUGUAUAUAUAUCCUGUCUAAUUGUCCUUCAAAGCUGGGCUCAUAUUCCAUCUACUGUAUGAAGUAUUCAGAAGCUAUAGGAGCUUCUGUAGACAGAGGAAAAACUGUGUGGCUGAAUUGGAAAUACUGGCUCCACCUCUUCCUAGUUGUAUGGACUGUGAAGACAAUUUCUUUCAGCUUUAGUUUCCUCAUUUGUAUGUAAAGUGUACAUAACAAUACCUAUCUUGAUGAAUAUCGUGAACUAGUAUUAUGCUUACUAUUCCCUUAUACUCCCAUUUCAAAAUAUUUUUGCCUUUUUCUGAACCUCUAAAUAUGUGCUAUCUACUACAUGAGGUAUUAGCCACAUGUGACUGUUUAAAUUUAAAUAAAUUUUUAAAAAUUUAAAAUUUUAUUCUUCAGUCCCACUAGCCACCUUUCAGGUGUUCAGUAGCUACGUAUGACUAGUGAUUACCUUAUCAUGCAGUGCAGAAUUAUAGAACAUUUCUCUCAUUCACAGAAAGUUCUACUGGACAAUGCAGCUCUAGGAACUUACUACCACUCAUAAAGCACUUAGCGCAUAUUGCCUUGCAUUAUUAUUUGUGUACUAUCUUACCUACUAAAUUUAAAAAUCAUAUAGUUGGGAAUUAUGUGAUCAUGUAUUACAUAUUUGUUAUCUCCCACAGUACCUUACAUCCAAGAAGUACUUAACAAACAUGUAGUGAAUGAAUAAAUGAACAAGUACCUGGUCGGUUUCUAUGUUGUUAUUGUGGAAUGAAAAGAAGCUAUUAGAUCUGAAAGGGACCAUACUGAUUAGGUGAUUGUUUGCAUUCUUGCAGGUACAACAGUACUUGAAUGUUAUGCAUUCUUUGUGCUACACAUAGAAGUUGUGUAUACUUAGCUUAAUAUAAACUAGCAACAUAUUUUUCUAUCAUACAUUACAAAGAAACAUGCAUAUGCAACAUGUUUCCUUUCAGGUGCCCAGUUGCAAUCAACAGAAAUCAAUUCUGGCAAUUUAAGCAGAAAAGAAAGGUAUUUGCUAAGGGAUCCUGGAUAGGUCAUAGAAUCUCUAGGAAGGCUGGAGAUUCUGGGCUGUAGGUUAGGAGUGAUGCCCAAAACCAUACUGCAGGUUAAUCCUGCUAAACUAUCACUGCUACUUGGCACAGAUAUCACAGCUUGCACCAUUGUCAGGACUCAUGGCAAAUCACUACAUGCUGCUACAGGAUAACUUCGGGAAAGUAUAUUCUGGCCACUACCCUCAUUGGAAUGAAAGCCUAUGGUGUCUCUGCUUCUUUGCUUUAUUAGCUUCAGAUUCAAAGUUUGGAAAAGUAGUGCCUCAACCAUGUGCUUAUACCCUAAUUGCAAAGCAGGCUAGAAAAGUAGCACCUUCCUAUUUUAACUUCUAUAGUUGAAGGAUGGGAUAUGGGAUAUUUUUCAAAUGUAGAAGGAAGAUUUAAAUGCUGGUAAGCCAAAAACAUUAACAAAUAUCCACUUUGUAAUAUAAAAUAAUUACCAGUGGUAAGAAAAAAAAAACUAAGCUCAAUAUGAUUAGCUAUUUUUUAAUUCUUUUAAAUAAGAGUUUGUCAUAUUGUUAUUUUCCUCUUUGUUCAUUGAGCAUAAGCAGACAAGAACGGGGGGAAAUCUAUAGAAGAAAUCUAAGGUAAAGAAGAUGGCAUUCUCAAUUUUAACUUUUUCUGCAGAUUUGACCACCCAAUAUCCAUGCAUUCUCUUGUUUUUUCAUAUAGAGCAUAAUAAAUUCCUCCUCAGAAGGACAACCUUAAAACCUCAAAAUCUUAUCCGGCUGGUCGAAAUCUAGAAUCUUUGAGCAAUGUGUAGUCCUCUCAUAUCUCGAUGUGGCUUUUCAUGUUAUGGUGACCUGCAAGCUGAAAACAAGUUAUCUGCCUCCGUUAUCUGACUCUGUUAAAUCUAAUUUAAAUGUAUGGUAGCCACAGAAAAACUGAAAGAAAAAUUCCCAUUUAGAAAGGAGAGAAUAGGAAACACAAAACAAUCAGUCAUCUGUAGGAGUUAUCAAUCUCACUUGGUAGGAAUGGCAGAGAUUGACAGUAGAGUACGUUUCUUAGUUUACUCAUCUGGCAACCCUGGUUCUGUUUUCAGGAAGGUGUUUCUUCGUUGUUUAUUCUCUAUGGCCACGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-678.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -737.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 604.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((..(((((.((....((((...((((.(((((.(((((((..((((((((....(((...(((.(((((((...(((((.(((.((...((((((((((...(((.(((((.((.((........)).))))))).)))(((((...)))))...............))))))))))...)).)))))))).....))))))).)))....................(((((((((((...((((........))))........((((((((.........((.....))........)))))))).......).))))))))))(((..((((....))))..))).....)))...)))))))).....)))))))...)))))..)).))...))))...(((((.(((((....((.((.((((.......)))).)).)).....))))).))))).....(((((((.(((((((...............(((....)))((((((..........((((((((..........((((((((((((....((((.(((((...........)))))))))........(((((((.(((((...............((((((.((..........((((((((.(((((......(((((((((((((..(((...)))))).))))))......(((((....)))))....((..((((((((((((............(((....)))........((((..((((((.......((((((((((((((..........)))))).((...((((((((.....))))))))...)).((((((..((((...(((((((..((((((...((.....))(((((.(((((.....))))).)))))..))))))))))))).)))))))))).(((((((((((((((((((((((........((.((((....)))).))..(((((.......)))))...................(((((...)))))..................(((((((((((......(((((.(((....))).)))))(((((..........((((((.((((((....)))))).))))))...)))))........(((((...)))))...(((.(((...(((((.((((((...(((.....((((((.(((.....((((((.(((((.........)))))))))))))).))..)))).....)))...))))))....))))).)))))))))))))))))....(((((...(((((..(((((....(((((..............((((((((((...))))))))))((((.((((((((.(((((((........((((((((......)))..)))))))))))).)))))))).))))......((((((.(((((((((((((((((((.......)))))))................(.(((.....))).)..)))))))))))).))))))(((....))))))))....)))))..)))))..)))))((((.((((...)))).))))))))))))))))).(((...........))).................)))).))))))((((((((.........)))))))).........))))))))........(((((.....)))))))))))...)))).))))))))))))..))...))))((((((...((((.((((((((((((.....)))))))))))))))).....))))))..)))))...))))))))..(((((.....))))).....((((..((((....))))..))))...((((.((.....((((((.......)))))).......)).))))...(((((((((((.....)))).)))))))......))))))))..))))).((((.((((((..(.((((((....(((.....)))((((((((...)))))))).)))))).).....)))))).)))).................)))))))((((((((...((.(((((((((((((.....))))))..)))))))...))..)))))))).......))))))))........((((((((.........((((.((((.......)))))))).........))))))))))))...................(((((((((.((((....(((((.....)))))....)))).))))))))).....((((.((((((((.(((.((....))...)))))))))))))))((((.((((.....))))))))...))))))))...................((((..(((((((((((.((.......((((..(((..((......))...)))))))..........((((....))))...........................)).))))).))))))))))...(((((..(((((.((....))))))))))))(((((((..((((((((.((((((..(((((((.......))))...)))....))))))))))....((((((...))))))....)))).)))))))....))))))..............))))))).)))))))..(((((((((.......((((((.(((((.....(((((((......))))))).....)))))))))))(((..((((((........))..))))..))).....(((((........)))))...))))))))).))))))).))))...))))(.....)
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((({,,(((((.{{..{,((((.{,,{(({((({({.....{{,.((((((((({.((((({..{((((,(((.((({(,((((((.(((.....))).))))))....{((({{((.((........)).))))))}{{{{((({({{.|||||(,,{{........,,,||{{{{((,,,.}}}))))|{{({......}||||{{{,.....}}}},||||.....}||||(((((((.{.((((,,......}}}}....,,,,||||||||,,},............,,.}},,.,,)))}))))}}},...,.,,,,,,}}}}{({..{{{|....}))},.})),...}))))}.))))).,,)))))).)))))},}))))),)))))))),}},}...(((((.(((((....((.((.((((.......)))).)).)).....))))).))))).....(((((((.(((((({....}))........|{{....))}{(((((.{,,......((((((((.{{{{,....,,,,((((((((....((((.(((((...........)))))))))...(((...(((((((((.,(({(({...........,||{{{{,...,,.....((((((((.(((((,,,...(((((((((((((..{{{...}},))),})))))......(((((....)))))....({..((((((((((((.,..........{{{....}}}........((((.,{(((((.......((((((((((((((.........,||||||.((...((((((((.....))))))))...)).(((((,.,((((...(((((((..((((((...({.....}}(((((.(((((.....))))).)))))..))))))))))))).)))))))))).{(((((((({(((((((((((((...........,,{{{,..|}}|.({{.(((((.......)))))}}}....,.........,,(({{{....,,,,........,}}.......(((((((((((......(((((.(((....))).)))))(((((...,,,..,.{(((((.(({{{,..,,)))))}.))})},...)))))..,{{.,.(((((...))))).,.|||.(((...(((((.((((((.,.(((.....((((((.(((.....((((((.(((((.........)))))))))))))).))..)))).....))).,.))))))....))))).))),,,)))))))))))....{((({.{.{((((|.(((((.,..(((({.............,((((((((({...))))))))))|(((.((((((((.(((((((........(((((,((......,,),.)))))))))))).)))))))).)))}......((((((.{(((((((((((((((.,,...,,..,||||},|....,,}..}}}}..,.|{{...,}})},}..}}}))))))))}.))))))(((....))))))))....))))).}))))).,)))))((((.((((...)))).)))}))))))))))))).({(...........))}............,.,..)))).,)))}}((((((((,....,,..}))))))),,....,,.)))))))),,,,....{((({.....})))))}}},,.,.)))),))))))))))))..))...)))){(((({...((((.((((((((((((.....))))))))))))))))..,,,)}}))}}.)))))...))))))))..(((((.....))))).....((((..((((....))))..))))....})}}}),,,,..))))))).))...)))...........{{(((((.{{{{{{{((({.....}))).}}|||||{{{......,..{{{{{..{{.((((.(((((({.,.((((({....(((.....)))((((((({...}))))))).)))))).}.....)))))).)))).,,..}}}}},|,...}}}))))}}||.|})))},((.(((((((((((((.....))))))},)))))))...}}|{||||},})..}}}}.))))))))........((((((((.........{((,{((((.......)))))))}.........)))))))))}}},,.................(((((((((.((((.{,.(((((.....))))).,}.)))).)))))))))....{(((((((((((((.(((.((....))...)))))))))))))))|{((.{(({.....})))))))...))))))))...................((((..(((((((((((.((.......{{((..,{{..((,.....,}.,.))))))}.......,,,({,....,}))}...........................)).)))))))))))))))}...(((((..(((((.((....)))))))))))){((((((..((((((((.((((((..(((((((.......))))...)))....))))))))))....((((({...}))))}..,.)))).))))))),,..}))))}..|,.....,,...,,,)))).))))))).,{((((((((.......((((((.(((((.....(((((((......))))))).....)))))))))))(((..(((((,.,......},.}))))..))).....(((((........)))))...))))))))}.},})))).})})},.))))(.....)
Back