Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RIMS2_0033500

Sequence Length

698 nt

GC Content

0.3510

GUGGGAAUAAAGUGAAUAUACAUGAAUAGACCUAACAUCUACCAUAAUCAUGACCCCUGCUUGAAGCUCACCAUGCUGUAGCUACUAGAUAUGUAACUUUUAUAAUAUUAAAUAGUUGUGACAAAGCUUUUGGAAUGAAUGGAUUCAUGUUAAAGUCCGAAACAAUUUUGUGUGUCAAUUGUUAAUUUUUAAUCUCAAUUUUUGUUUUAAUUGUAAAUGCAGAGCCUGGAUUAGCCCAGACGAAAUUGUUGGCUAUUUGUCUUUAUUUUGUUUAGACUUUUAGAGAUUUGAAUUAUAUUUGUGAUAGUAGCAAGACCUGAGAAGCAUAAGUGUAUGAGCUUUUACAUGCAGUCAGAGUAAUCCAUGACAGUGUCCCCAUAUUGAGGUCUUGCAGGACCAAAUAAAUAAAUAAAUAAACAUCUUUCAUAUCUUGAUAUAAAAUCUGCUGAUGGGAGGGAAGUUAUAAAAUCUGCCGAUGGGCACUAUUUACAAUAGCAAAUACUUGGAACUAACCCAAAUGCCCGUCAAUGAUAGACUGGAUAAAGAAAAUGUGGCACAUAUACACCAUGGAAUACUAUGCAGCCAUAAAAAACAAUGAGUUCAUGUCCUUUGCAGGGACAUGGAUGAAGCUGGAAGCCAUUAUUCUCAGCAAACUAACACAGAACAGAAAACCAAACACCGCAUGUUCUCACUCAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-144.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -158.57

Frequency: 0.0000

Diversity: 188.50

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((..(((......(((((.((................)).)))))....((((..((((((((..(((((...(((.((((...(((.(((.((((((......(((((((..((((((.((((((((((((....))))).......)))))))...))))))....)))))))((((((..((((((...........(((..((....((((((...(((((((((..((((....)))))))))...))))...))))))....))..))))))))).))))))...)))))).))).)))....)).)).)))...))))).)))))))).....)))).((.((((.((((((...((((..(((((((..(((((....))))).................(((.((((((.((((..(((.....)))....)))).)))))).)))......(((((.(((((((((((((...))))).......((((.......)))).))))))))...).))))((......))..))))))).))))......)))))).)))).))....(((........))).((((((((((((...))))))))))))...(((((((.......))).)))).............................))).)))))))))(....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((..(((......(((((.(({,.......,,,,.,.|..}})))....{(((.{((((((((..{((((.,.(((.(({(.,.(((.({{.((({{{,|,,.{{((((((..((((({.(((((((|||{{||..,,})),},....))))))}...})))))....)))))))|{{{{{..{(((((,..{{{{{{,{{{,..,|,}|.||||||.,,{{|||{{{|,}|(({,,,,}))}}||}}...}}||..|}}}}}},.,.}}..,},)))}}}.})}},,,},})}))).))).))},,,.|},}}.))).,.}))}}.)))))))}..,}.)))),{{.((((.((((((...((((..{{(({{{..(((({....})))).................(((.((((((.((((..(((.....)))....)))).)))))).)))......{{{{,.((((((({(((({...})))).......((((.......)))).))))))))...}.)})}|,......,,..})))))).,,}}......)))))).)))).}}....|||........,},.((((((((((({...})))))))))))...(((((((.......))).)))).............................))).)))))))))(....)