Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RP11-192P3.5_0000300

Sequence Length

966 nt

GC Content

0.3137

GGUAGGAGGGUGGUGGGGGGAGUUGAUCAAGGGGUAUGAAGUUUCAGGUAGAGAGGAAGAAUAAGUUUGAGAUCUAUUCCGUAGCAAGUUGACGAGAGUCAAUAAUAACGUUUUAAGUAUUUCAAAAUAAUAAAAGCAAAUUUCAAAUGUCUCAAUAUGAAAUAUUAUAGGUGAGGUGACAGAUAUGUUAAUUAGCAUAAGCACAUCACACUGUAUACAUAUAUCAAAACAUCACAUUGUACCCCAUAAAUGUAUGCAAUUAUGAUUGGUCAAUCAAAAAUAUUAAUUCUACAAGAAAAAUAAACAGGAGAUUAAAAAAAGAAAUAGUUGAAACACUUUAGAUUUAGUUGUAAAGAUAUGUCCUCCACUAACUCAAUUUAGAUUCCACUGUCUGUUCAAAGUCAGAACUUACAAGAUGUUUCUAGCAAAGCACAACAUGCUUGUUAGUUCAACUGGUUUCAAAAGUCAGAGCACUUAUUAGGCAACACCUAAAAUCAUUCAUCAAAAUUAUUUUGGACAGGCAGUGAUGGUAAACAAAUUACUUCCACCAUACCACCACCACAGCCACCACUUUCACUCCCUACUCCACUUCCCAUAGUCUAUGAACUAAAAGGGAACAAAAUAUUCUUAUCAUUUAUUAUUAAAAAGAUAAAAUAUUUUAGCAUAUAAAACCAAAUUUAUCUUAUGCUACUAAAACAGAAAAUAAAUGCUUAACGAGUUUUACUUGAAUUACAUUAAAUCACAAAGUAACAUCUCAAUACACACACACAUAAUAUUCAGGAAAAAAAUUUAAAAAACAACAAAACAAUAAAAAAUAAUACAAAUAAAAAUCAAUAUAAUAGCUAUUUACACAGCAUUUGUAUUGUAUUAGGUAUUAUAAGUAAGCUAGAGAUGAUUUAACGUAUACAAGAGGAUGGGUGGGUGCAGUGGCUUAUGCCUGUAAUCCCAACACUUUGAGAGGUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-193.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -210.66

Frequency: 0.0000

Diversity: 204.34

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((..(((((((((.(((((.((((..(((.(((....((((.......))))....)))..)))..)))).))))).).....((((((....))))))......(((((((.((((((................((((((.((......)).)))))).......((((.(((.(...((((((....)))))).)))).))))..(((((((((.(((....(((......))).....))).))))))))).......((((((..((.....((((..((((...)))).)))).....)))))))).....)))))).)))))))..((((((((.((((((..((.......))..)).)))).))))))))...(((((((((((((((((..(((((.((((((((((....((...))..))))).))))).)))))..(((((((...)))))))........(((((.....))))).................)))))))))))))))))(((((...............))))).))))))))((((.(((((((..(((((((((.(((..(((((.((((......))))...)))))..(((((((.(((((.((((....))))..))))))))))))(((((((.................))))))).((((((....................))))))((((...(((.((((((((..........((((..........................................................(((((((.((((.....((((((((..(((........)))..))))))))))))..))))))).((....)).)))))))))))).)))..)))).))))))).))))).)))))....)).))))....)).)).)(((((....)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,((,{((((((((,{({,((,(,,,..((((((((...((((.....}}}}{{{{{,{|..{|||{.}}}},}}}}},,.....((((((....))))))......(((((((.((((((................{(((((.((......)).)))))).,,...,((((.(((.{...((((((....)))))).}))).)))).,{((((((((.(((....(((......))).....))).))))))))}....{{{((....})))}....,.{{,,((((...,},,.........,}}}}}}},.....)))))).)))))))..((((((((.((((({..{(.......))..)),)))).))))))))...(((((((((((((((((..(((((.((((((((((.,,.{{..,)}..))))).))))).)))))..{{({{{{...,}}},})....,,..(((((.....))))).................))))))))))))))))),|{{|,,.,..,}},))}}}.,)))})),))}},,|||}|||||||.}||||||({|,{((..(((((.((((......))))...))))}.,(((((((.(((((.((({....}})),.))))))))))))|((((((,,{,......,}}},..))))))}.,................,,,,...|||}}||}((((...{((.(((((({,.........,((((.......................,........,,,.......................(((((((.{{((.....((((((((..(((........)))..))))))))}}))..)))))))..,,...,..)))))))))))).)))..}})).}}}|||}.|||||,|},||{...,)})))),..))),,).){((((....)))))