Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RP11-192P3.5_0000900

Sequence Length

547 nt

GC Content

0.4022

GUUAGGCAAAAUCAGAUUCUUACAUAAACCCAGGAUAUUUCUAGACAUGAAAAUGUGUGACAUUCACAGCUUUCAAAUGACAGUAAAUUGUCUCCCUCAUCCCAACUCCACCAUCACCACCAACUCCAAUACCUUCCUUCUUAGAGUGAGGAAGAAAAAUAUAUACCGAAAGCUAUAUUUGAGACCUUUCAGGUGACUGUUUUGGGGGAGGGGCAAUAUUUUCAAAUUCUGAAAUUUCUUAUUUAGAAAUAAUUAUUGGAUCUCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACUUACCUGUGGUUCUUGUUCUCUGAAGGAAAUGCAGUAAUUGAAAACAUCCCCACACUCUUGGGUACAUUCUCCUAAGUGUGAAUGGAUUUGGAAUGCACCAUAGCUUAACUUUGGAACGCUAACUUAUGCCACCCUGCACUGGCAGUUGGCAUCCACCUGCCUACAUAAAUAAUAAUGUAAGCCUGUCAUCUUGAGUCAUGCACCUUGUGAAGGAAAAGUAUUCUCUGGAGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-122.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -130.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 69.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((((...(((((.....(((..((((((((...((((.......)))).(((((((.(((((..(((.((....)).)))..(((((..(((((.((((((....((..(((((..............(((((((........))))))).............(((((.............))))).)))))..)).))))))))))))))))...((((.....))))((((((.....))))))......))))).)))))))..............................................)))).))))..)))..)))))(((..(((..(((.((.((...((((...(((.((((((........)))))).)))...)))))).)).)))..)))..))).....((((..(((((((...((((........))))))))))).))))..))))(((((........))))))))((.((.(((.(((..((((.((((...))))....)))).))).))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({((((...(((((.....(((..((((((((...((((.......)))).(((((((.(((((..{{{.{{....||,|}}..{{{|||.(((((.((((((...,(,..(((((..............(((((((,.......)))))))...,,,{((,..,....|.))))},|{{{....})),))))).,),.))))))))))))}}}}...{(((.....)))}{(((((.....)))))}......))))).)))))))..............................................)))).))))..)))..))))){((..(((..(((.((.((,..{(((.,,(((.{(((((........)))))),)))...)))))).)).)))..)))..))}.....((((..((((((,..{((((........))))))))))).))))..))))|((((........)))),}))((.((.(((.(((..((((.((((...})))....)))).))).))))).))