Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RTN4_0001100

Sequence Length

384 nt

GC Content

0.4323

UUGUUGACCUCCUGUACUGGAGAGACAUUAAGAAGACUGGAGUGGUGUUUGGUGCCAGCCUAUUCCUGCUGCUUUCAUUGACAGUAUUCAGCAUUGUGAGCGUAACAGCCUACAUUGCCUUGGCCCUGCUCUCUGUGACCAUCAGCUUUAGGAUAUACAAGGGUGUGAUCCAAGCUAUCCAGAAAUCAGAUGAAGGCCACCCAUUCAGUUUGCAGUGUUGAUGUGGGUAUUUACCUAUGUUGGUGCCUUGUUUAAUGGUCUGACACUACUGAUUUUGGCUCUCAUUUCACUCUUCAGUGUUCCUGUUAUUUAUGAACGGCAUCAGGCACAGAUAGAUCAUUAUCUAGGACUUGCAAAUAAGAAUGUUAAAGAUGCUAUGGCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-96.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -102.04

Frequency: 0.0001

Diversity: 62.01

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.(.(((..((((((((((((.......((...(((((.....((((((..(((.(((..((((((((...((((.((.((((.((((((.((((.((......)).)))).)))..)))...)))).)).))))....))))...))))......))).)).)..))))))..)))))...))((((((.(((((.....(((((.(((((.(((((...(((((((.((....)).)))))))...)))))...))).))..)))))...))))).))))))..)))))))))((((.((.....)).)))).)))..)))))))).(((.(((((((((..(((...(......)...)))..)))))..))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({,(.(((..((((((((((((.......{,...(((((.,,,.((((((..(((.(((,,((((((((...((((.((.((((.((((((.((((.((......)).)))).)))..)))...)))).)).))))....))))...)))).,,...))).)).)..)))))),.)))))...}}{(((((.(((((.....(((((.{{{(({(((((,,.(((({{,.{|,...)).})))))}...}}}}},,,))),)),,)))))...))))).))))))..)))))))))((((.((.....}}.)))),)))..)))))))).(((.(((((((((..(((...{......}...)))..)))))..))))))).