Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RTN4_0005700

Sequence Length

773 nt

GC Content

0.3997

GUGGGAGGAUAGCUUGAGCCCAGGAGUUCGAGACCUGCCUGGGCAAUAUAGUGAGACUCCGUUCUCCACAAAAAAGGGAGAAAAAAAAGACAAAAAAAAAAAAAAGUGUAAAAGCAGGUAAGAGUUGCUUUAACAUGCUUCUAUCAGGCACUAUAUGAGAUUUUUUUUUGGCGGGGGGGGCAGGGAAAAAGAUGAAACUAAGACAAAGUUUUGCGCUUUAUGCAACUUACAGCCAGCUGGUACAGACACACUGUUGAGGACAUAGUUAAACAUUGUGAUCUAUGUUAUAGUGAGGAUAGGUACUUACCUGUGUAUCUUCGUGAAAGGGAGGUUCAAGUGUACUGAAGUCAAAUGUACCAAAAUACAGCAGUGGUCUGAUAAAACAUAAGGGAAGCUCUCUUCUCAGAUGACUUAAAAGUUUUAUGCCAUCUCUAAUUAUGAAAUAUUUAAGUGUGUUUUUAAAAAAAUUCUGGGUCUUAUUAAUGUAUAUGCAUUUAAACAUUUAAACUAUUAAAUAAUAAAAUACUAAUUUCCUCAGAUCAUUUAUUAUCUCAUAUGUUCUUCUUUUCUUUUUUCGAGACAGGUUCUUGCUGUGUCGCCCAGGCUGAAGUGCAGUGGUGAGAUUAUGGCUCACUGCAGCCUCAACCUCCCAGGGUCAGGUGGUCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACCAAAGGCUCGUGUCACUAUGCCUGGCUAAUUAUUUUUGUAGAGAGGAGGUCUUGCCUUGUUGCCUAGGCUGGUCUCAAACUCCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-231.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -246.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 146.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((.....)))...)))(((((((.((((((.((((((((((((..((((((((((..((((.(((((((.(((((..((((((((...............((((.(((((((.......))))))).))))((((.....))))..((((((((((......(((((..(((..(((..(((...(.(((((((.......))))))))..))).)))..)))...))))).((((((((((.((((((....((((((((((.......))).))))))))))))).(.((((((....)))))).)((((((.......))))))(((.......))).)))...))))))).........((((((((((.....(((..((((((....))))))..)))(((((((.((((((((...........)))))))).)))))))(((((((.............(((.(((..(((((.((......)).)))))))))))..........)))))))........))))))))))....)))))))))).........))))))))(((.((((.......)))).)))...((((((.((((.(((.(((....))).))))))).))))))....)))))..(((((((((((((.((((..(....)..)))))))))...(((....))).....)))))))).....))))))).))))))).)))))))..)))))))))))).)))))).)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.(({{(,....)))...)))(((((((.((((((.((((((((((((..((((((((((..((((.(((((((.(((((..((((((((.,,............((((.(((((((.,...,.))))))).)))}((((.....)))),.{(((((((((,,{{{,{(({(..,{{.}{||}||||},,{.{((((((.......})))}|||,.,,..})),.}},.,.|||,...}||.(((((.((((((((..(((((((,,...,...|}||.))))))),,,|||,{.((((({....)))))),,{(((((.......)))))).|,.{.({((,.....,....))))}......)))))))))))))......(((..((((((....))))))..}}}(((((((.((((((((...........)))))))).))))))),,||||,.....,,,.{(((((....{{{({(((.,..,,|||||...|{{{{,....}))))}..,,..}},,,,,}...)))))),,}}},...))))))))))....,.}},))))))))(((.((((.......)))).)))...((((((.((((.(((.(((....))).))))))).))))))....)))))..(((((((((((((.((((..(....)..)))))))))...(((....))).....)))))))).....))))))).)))))))}}))))))..)))))))))))).)))))).)))))))