Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RTN4_0006300

Sequence Length

2400 nt

GC Content

0.3867

AAAAUAUGGACUUGAAGGAGCAGCCAGGUAACACUAUUUCGGCUGGUCAAGAGGAUUUCCCAUCUGUCCUGCUUGAAACUGCUGCUUCUCUUCCUUCUCUGUCUCCUCUCUCAGCCGCUUCUUUCAAAGAACAUGAAUACCUUGGUAAUUUGUCAACAGUAUUACCCACUGAAGGAACACUUCAAGAAAAUGUCAGUGAAGCUUCUAAAGAGGUCUCAGAGAAGGCAAAAACUCUACUCAUAGAUAGAGAUUUAACAGAGUUUUCAGAAUUAGAAUACUCAGAAAUGGGAUCAUCGUUCAGUGUCUCUCCAAAAGCAGAAUCUGCCGUAAUAGUAGCAAAUCCUAGGGAAGAAAUAAUCGUGAAAAAUAAAGAUGAAGAAGAGAAGUUAGUUAGUAAUAACAUCCUUCAUAAUCAACAAGAGUUACCUACAGCUCUUACUAAAUUGGUUAAAGAGGAUGAAGUUGUGUCUUCAGAAAAAGCAAAAGACAGUUUUAAUGAAAAGAGAGUUGCAGUGGAAGCUCCUAUGAGGGAGGAAUAUGCAGACUUCAAACCAUUUGAGCGAGUAUGGGAAGUGAAAGAUAGUAAGGAAGAUAGUGAUAUGUUGGCUGCUGGAGGUAAAAUCGAGAGCAACUUGGAAAGUAAAGUGGAUAAAAAAUGUUUUGCAGAUAGCCUUGAGCAAACUAAUCACGAAAAAGAUAGUGAGAGUAGUAAUGAUGAUACUUCUUUCCCCAGUACGCCAGAAGGUAUAAAGGAUCGUUCAGGAGCAUAUAUCACAUGUGCUCCCUUUAACCCAGCAGCAACUGAGAGCAUUGCAACAAACAUUUUUCCUUUGUUAGGAGAUCCUACUUCAGAAAAUAAGACCGAUGAAAAAAAAAUAGAAGAAAAGAAGGCCCAAAUAGUAACAGAGAAGAAUACUAGCACCAAAACAUCAAACCCUUUUCUUGUAGCAGCACAGGAUUCUGAGACAGAUUAUGUCACAACAGAUAAUUUAACAAAGGUGACUGAGGAAGUCGUGGCAAACAUGCCUGAAGGCCUGACUCCAGAUUUAGUACAGGAAGCAUGUGAAAGUGAAUUGAAUGAAGUUACUGGUACAAAGAUUGCUUAUGAAACAAAAAUGGACUUGGUUCAAACAUCAGAAGUUAUGCAAGAGUCACUCUAUCCUGCAGCACAGCUUUGCCCAUCAUUUGAAGAGUCAGAAGCUACUCCUUCACCAGUUUUGCCUGACAUUGUUAUGGAAGCACCAUUGAAUUCUGCAGUUCCUAGUGCUGGUGCUUCCGUGAUACAGCCCAGCUCAUCACCAUUAGAAGCUUCUUCAGUUAAUUAUGAAAGCAUAAAACAUGAGCCUGAAAACCCCCCACCAUAUGAAGAGGCCAUGAGUGUAUCACUAAAAAAAGUAUCAGGAAUAAAGGAAGAAAUUAAAGAGCCUGAAAAUAUUAAUGCAGCUCUUCAAGAAACAGAAGCUCCUUAUAUAUCUAUUGCAUGUGAUUUAAUUAAAGAAACAAAGCUUUCUGCUGAACCAGCUCCGGAUUUCUCUGAUUAUUCAGAAAUGGCAAAAGUUGAACAGCCAGUGCCUGAUCAUUCUGAGCUAGUUGAAGAUUCCUCACCUGAUUCUGAACCAGUUGACUUAUUUAGUGAUGAUUCAAUACCUGACGUUCCACAAAAACAAGAUGAAACUGUGAUGCUUGUGAAAGAAAGUCUCACUGAGACUUCAUUUGAGUCAAUGAUAGAAUAUGAAAAUAAGGAAAAACUCAGUGCUUUGCCACCUGAGGGAGGAAAGCCAUAUUUGGAAUCUUUUAAGCUCAGUUUAGAUAACACAAAAGAUACCCUGUUACCUGAUGAAGUUUCAACAUUGAGCAAAAAGGAGAAAAUUCCUUUGCAGAUGGAGGAGCUCAGUACUGCAGUUUAUUCAAAUGAUGACUUAUUUAUUUCUAAGGAAGCACAGAUAAGAGAAACUGAAACGUUUUCAGAUUCAUCUCCAAUUGAAAUUAUAGAUGAGUUCCCUACAUUGAUCAGUUCUAAAACUGAUUCAUUUUCUAAAUUAGCCAGGGAAUAUACUGACCUAGAAGUAUCCCACAAAAGUGAAAUUGCUAAUGCCCCGGAUGGAGCUGGGUCAUUGCCUUGCACAGAAUUGCCCCAUGACCUUUCUUUGAAGAACAUACAACCCAAAGUUGAAGAGAAAAUCAGUUUCUCAGAUGACUUUUCUAAAAAUGGGUCUGCUACAUCAAAGGUGCUCUUAUUGCCUCCAGAUGUUUCUGCUUUGGCCACUCAAGCAGAGAUAGAGAGCAUAGUUAAACCCAAAGUUCUUGUGAAAGAAGCUGAGAAAAAACUUCCUUCCGAUACAGAAAAAGAGGACAGAUCACCAUCUGCUAUAUUUUCAGCAGAGCUGAGUAAAACUUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-582.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -628.48

Frequency: 0.0000

Diversity: 671.70

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......((((((....((.((((((((((....))))).))))).))...)))...))).(((((((((.(((...((((((((((((((((((((((((...(((((...((..(((((.((((.......))))......(((((((((....))).))))))...(((((.....))))).............)))))..))..)))))...)))))))).......(((((........)))))........((((.(((.......))).))))......((((.(((......))))))).......((((...))))...............(((...)))........((((...........)))).))))))))).))).)))).....(((((((..(((((((.(((((((......)))))))......)))))))..)))))))...(((((((((((...(((((........)))))..)))).......(((((.......(((((....))))).....)))))(((((...((((..........)))))))))............(((((..(((....(.((((((.((((((((((....(((((((((((........)))).....(((((((((((((((...(((((((((..((((.((........))))))(((((.((((.......)))).))))).((..((.(((....))).))..))...)))))(((((((((.....)))))))))........(((......))))).)).)))))..))))))))))((((((.(((.((((((...((((..............))))...........((((((((((((.......((.(((((((((.........................)))))).))).))....(((....))).((((.....))))................(((((.((.(((((((..(((.((((....)))))))...(((((((........))).))))..(((((......(((.((((((.(((((..((...(((((....))).))...))......))))).))))))...))).....))))).((((...)))).)))).)))..)).)))))..(((((((((((((.((((..(((.((((((((.....((((((((....((((((((((((((((.........(((.(....).))))))))))))))))))))))....(((((.........((((((((.((((....(((((....)))))..((((.((((......................))))))))((((...)))).......(((.((((....(((((.(...((.((((((.((............)))))))).))..........))))))...(((((.(((..(((.((((((....(((((......)))))((((...))))..........(((((....)))))...((((...(((....)))...))))........(((((((....((((((((((((..((((((.(((((((((((.(((((....))))).))))...)))..))))(((((...((..((......))..)).)))))(((..(((((((...)))))))..))))))))).)))..(((((((......((......))....(((((.(..((...))..).)))))))))))))))))))))..))))))).)))))).)))))).))))).)))).))))))).)))))))).....)))))..((((((......)))))))))))))))))))...))).))).).))..))))))))))).(((((((.((((....))))...))))))).....((((((...))))))..((((((..(((....)))..))))))(((((((....(((((((((....)))))).)))...............)))))))....((((((((...((((((((....))).....((....))...)))))...))))))))..)))))(((......)))...(((..((((....))))..))).((((.....))))..((((((.....))))))......)))))))......)))))).)))...))))))))))))).)))))))))).(((((((((((.((...)).)))))))))))((((((...............))))))........)))))).)....)))..))))))))))))...)))))))))))).....((((((........)))))).(((((......)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.......,,,.{({{{{((.((((((((((....))))).))))).))..,,{{....}),{((((((((.(((...((((((((((((((((((((((((...(((((.,.((..(((((.{(({..,....}}},......(((((((((....))).))))))...(((((.....))))).,......,,...)))))..))..)))))...)))))))),..,{{.(((((,{...,}.))))).}}}....((((.(((.......))).)))).....,((((.{{{,.....}}}||}},|,....((((...)))).......,..|,...{{{,..))}........(({{...........))}}.}))))))))}}))},))}..,..(((((((..(((((((.(((((((......)))))))......)))))))..)))))))..,||{((((((,,,..,,,,|..,}}}},||||,,,||,...,,{{((((((.,,....(((((....)))))...,,))))}|}|||...,|||},},}}..|,||}|||||,{,,.....,,..{({{{.,({{....|.||{{||,((((((((({....((((((({(((........}}||,,...,{{{(((((((((({...({{{{{{{{..(((,,((........))))))(((((.((((.......)))).))))).{{..({,{{{....))).)}..))...}}}},(((((((((.....)))))))))......,,(((,..,..}}},}.}},})))}|..}}}))))}|((((((,(((|{{{{{|..,{{{{,,............|,.........,,.{{{{{{{(..{(......{((({.,......,..})))}.................,)))))}}|{|,,,...,|||},,||||.((((.....))))....,,}}....,,,,,}}|||{{{(({,{{{||||{{((({,...{{||,,,,||({((((({{,,....,|}.}}}}{,(({(({(..{{(((.(({{{{.{{{||,,|..|,||.,,..}}))}.},...},......))})).)))))}.,.}},...,,}.|||,{{{|,,.||||,|||}||||||,,||}}}},.((((((((((({{,{(((..({{.(((({{{{.,,,.{{{{{|||....((((((((((((((((.........(((.{....}.))))))))))))))))))),,|....(((((.......,.((((((((.((((....(((((....))))}..((((.((((......................))))))))((((...)))).......(((.((((.,,.{((({.,...{{.((((({,((............)))))))).,,..........})))))...{{(({.{{{..{{{.{{{{{,....(((({.....,})))}((((...}))),...,.,,,,{((((....)))))...((({...{{{....,)),..}}))..|,,...(((((((....(((((((((....,..((((((...,,(((((((((,,,.{{(|,|,.|||.....))}.,}},|||{,..{(({(,{.....,,}.,}.})))),.,.,.{((((((...)))))))}.}}))))))))),.))))))..}......,{......}},.{.(((((.(,.((...)),.),)))))},,....)))))))))..))))))).,)}))).})})}}.})))}.)))).))))))).)))))))).....)))))..{(((((,....,))))))))})))))))))),,.})).))).}.}},.})))))))))).(((((((.((((....))))...))))))).,,,.(((((,...}))))),{((((((..{{{....)))..))))))))|||,,....,((((((((....))))))))}},,,,,.......|,.}||||,.,((((........)))))}}|,{...,)))....,)),,,)))..,))))),})))))))}}.,}}}}}|||.,...,))},.,}}}},}}}}}}},},}}......{{((.....}}}}..((((({.....))))))...}}}))))))}.....,))))))}))),..),}))}))))))).)))))))))).(((((((((((,({...,,}))))))))))){{{{{{...,...........}}||||....,}},))))}}.,....})),,))))).}))).....}))))))))))}.,...((((((........)))))).{||{{.....})))))