Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RTN4_0006400

Sequence Length

2457 nt

GC Content

0.3899

AUGAGACCCUUUUUGCUCUUCCUGCUGCAUCUGAGCCUGUGAUACGCUCCUCUGCAGAAAAUAUGGACUUGAAGGAGCAGCCAGGUAACACUAUUUCGGCUGGUCAAGAGGAUUUCCCAUCUGUCCUGCUUGAAACUGCUGCUUCUCUUCCUUCUCUGUCUCCUCUCUCAGCCGCUUCUUUCAAAGAACAUGAAUACCUUGGUAAUUUGUCAACAGUAUUACCCACUGAAGGAACACUUCAAGAAAAUGUCAGUGAAGCUUCUAAAGAGGUCUCAGAGAAGGCAAAAACUCUACUCAUAGAUAGAGAUUUAACAGAGUUUUCAGAAUUAGAAUACUCAGAAAUGGGAUCAUCGUUCAGUGUCUCUCCAAAAGCAGAAUCUGCCGUAAUAGUAGCAAAUCCUAGGGAAGAAAUAAUCGUGAAAAAUAAAGAUGAAGAAGAGAAGUUAGUUAGUAAUAACAUCCUUCAUAAUCAACAAGAGUUACCUACAGCUCUUACUAAAUUGGUUAAAGAGGAUGAAGUUGUGUCUUCAGAAAAAGCAAAAGACAGUUUUAAUGAAAAGAGAGUUGCAGUGGAAGCUCCUAUGAGGGAGGAAUAUGCAGACUUCAAACCAUUUGAGCGAGUAUGGGAAGUGAAAGAUAGUAAGGAAGAUAGUGAUAUGUUGGCUGCUGGAGGUAAAAUCGAGAGCAACUUGGAAAGUAAAGUGGAUAAAAAAUGUUUUGCAGAUAGCCUUGAGCAAACUAAUCACGAAAAAGAUAGUGAGAGUAGUAAUGAUGAUACUUCUUUCCCCAGUACGCCAGAAGGUAUAAAGGAUCGUUCAGGAGCAUAUAUCACAUGUGCUCCCUUUAACCCAGCAGCAACUGAGAGCAUUGCAACAAACAUUUUUCCUUUGUUAGGAGAUCCUACUUCAGAAAAUAAGACCGAUGAAAAAAAAAUAGAAGAAAAGAAGGCCCAAAUAGUAACAGAGAAGAAUACUAGCACCAAAACAUCAAACCCUUUUCUUGUAGCAGCACAGGAUUCUGAGACAGAUUAUGUCACAACAGAUAAUUUAACAAAGGUGACUGAGGAAGUCGUGGCAAACAUGCCUGAAGGCCUGACUCCAGAUUUAGUACAGGAAGCAUGUGAAAGUGAAUUGAAUGAAGUUACUGGUACAAAGAUUGCUUAUGAAACAAAAAUGGACUUGGUUCAAACAUCAGAAGUUAUGCAAGAGUCACUCUAUCCUGCAGCACAGCUUUGCCCAUCAUUUGAAGAGUCAGAAGCUACUCCUUCACCAGUUUUGCCUGACAUUGUUAUGGAAGCACCAUUGAAUUCUGCAGUUCCUAGUGCUGGUGCUUCCGUGAUACAGCCCAGCUCAUCACCAUUAGAAGCUUCUUCAGUUAAUUAUGAAAGCAUAAAACAUGAGCCUGAAAACCCCCCACCAUAUGAAGAGGCCAUGAGUGUAUCACUAAAAAAAGUAUCAGGAAUAAAGGAAGAAAUUAAAGAGCCUGAAAAUAUUAAUGCAGCUCUUCAAGAAACAGAAGCUCCUUAUAUAUCUAUUGCAUGUGAUUUAAUUAAAGAAACAAAGCUUUCUGCUGAACCAGCUCCGGAUUUCUCUGAUUAUUCAGAAAUGGCAAAAGUUGAACAGCCAGUGCCUGAUCAUUCUGAGCUAGUUGAAGAUUCCUCACCUGAUUCUGAACCAGUUGACUUAUUUAGUGAUGAUUCAAUACCUGACGUUCCACAAAAACAAGAUGAAACUGUGAUGCUUGUGAAAGAAAGUCUCACUGAGACUUCAUUUGAGUCAAUGAUAGAAUAUGAAAAUAAGGAAAAACUCAGUGCUUUGCCACCUGAGGGAGGAAAGCCAUAUUUGGAAUCUUUUAAGCUCAGUUUAGAUAACACAAAAGAUACCCUGUUACCUGAUGAAGUUUCAACAUUGAGCAAAAAGGAGAAAAUUCCUUUGCAGAUGGAGGAGCUCAGUACUGCAGUUUAUUCAAAUGAUGACUUAUUUAUUUCUAAGGAAGCACAGAUAAGAGAAACUGAAACGUUUUCAGAUUCAUCUCCAAUUGAAAUUAUAGAUGAGUUCCCUACAUUGAUCAGUUCUAAAACUGAUUCAUUUUCUAAAUUAGCCAGGGAAUAUACUGACCUAGAAGUAUCCCACAAAAGUGAAAUUGCUAAUGCCCCGGAUGGAGCUGGGUCAUUGCCUUGCACAGAAUUGCCCCAUGACCUUUCUUUGAAGAACAUACAACCCAAAGUUGAAGAGAAAAUCAGUUUCUCAGAUGACUUUUCUAAAAAUGGGUCUGCUACAUCAAAGGUGCUCUUAUUGCCUCCAGAUGUUUCUGCUUUGGCCACUCAAGCAGAGAUAGAGAGCAUAGUUAAACCCAAAGUUCUUGUGAAAGAAGCUGAGAAAAAACUUCCUUCCGAUACAGAAAAAGAGGACAGAUCACCAUCUGCUAUAUUUUCAGCAGAGCUGAGUAAAACUUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-603.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -649.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 670.49

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...........((.......))..)))(((((...((..(((.(..((((((.((((((((((....((((.(((((((((...............))))((((((((((.........))))).)))))..))))).))))(((((.((.(((((.((...(((((((...((((((((((((((...........(((((((((....))).))))))...(((((.....)))))((((((.((((.....(((((....))))).((((((((((......(((((........)))))........((((.(((.......))).))))....(((((.....((((((((.(((((......((((...)))).......((.((...((((.(((((.((((((((((...........)))).((((.((.((((........)))).)))))).(((((((.(((((((......)))))))......)))))))....((.(((((((((((.((((...(((((........)))))..))))......((((((((((...(((((((((((((((((((((.(..(((...(((.((((.(((....((((....((((((.((((..(..((((......))))..)((((.(((((...((((((((((((((........))))..........)))))).).))).))))).)))).((((.((((..........))))...))))........))))))))))))))...))))))).)))...)))..))))...(((((((((.....)))))))))..........(((((........))..))).......)))))))))))).))))))...)))))(((..............)))........((.((((((((..((......(((((...........)))))................)))))))))).))))))).((((((((((.((((.....))))....))))............(((((((.......(((.((((....)))))))...(((((((........))).))))..(((((......(((.((((((.(((((..((...(((((....))).))...))......))))).))))))...))).....)))))...)))))))..))))))..)))))))))))))(((((((((((((.((((..(((.((((((((.....((((((((....((((((((((((((((.........(((.(....).))))))))))))))))))))))....(((((.........((((((((.((((....(((((....)))))..((((.((((......................))))))))((((...)))).......(((.((((....(((((.(...((.((((((.((............)))))))).))..........))))))...(((((.(((..(((.((((((....(((((......)))))((((...))))..........(((((....)))))...((((...(((....)))...))))........(((((((....((((((((((((..((((((.(((((((((((.(((((....))))).))))...)))..))))(((((...((..((......))..)).)))))(((..(((((((...)))))))..))))))))).)))..(((((((......((......))....(((((.(..((...))..).)))))))))))))))))))))..))))))).)))))).)))))).))))).)))).))))))).)))))))).....)))))..((((((......)))))))))))))))))))...))).))).).))..)))))))))))..)))))).))))).)))).)))).....))))).)))).))))......(((((((((..(((....)))..))))))))).........((((((((....))))))))..............((.(((.((.....((((((((...((((((((....))).....((....))...)))))...)))))))))).))).))..........)))))...))))))))))........((((.....))))..((((((.....))))))...)))))))))).....(((((..(((.........((((((((............(((((((((((.((...)).))))))))))))))))))))))...)))))..)))))).)))))))))))))))..............)).))))).)).)))))(((((....))))))))))))))).))))))..).)))..)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,,.........{{.......}),.)))(((((...((..(((.(..((((((.((((((((((.,.,{,.,((,((((((((((.,,,|||||,}|||}.||..,.{,{{,{{|{(((({{{{({(((,,.((((((((((((((((((((((((...(((((.,.((..(((((.{(({.......}}},......(((((((((....))).))))))...(((((.....))))).,......,,...)))))..))..)))))...)))))))),..,{{.(((((,{...,}.))))).}}}....((((.(((.......))).)))).....,((((.{{{......}}}|}}},|,....((((...)))).......,..},...{{{,..))}........(({{...........))}}.)))))))))}}))},)))..,..(((((((..(((((((.(((((((......)))))))......)))))))..)))))))..,||,((((((,,,...,,,|..,}}}},||||,.,||,...,,{{((((((.,,....(((((....)))))...,,))))}})))|....||}}}}))),,}.})))}}}}}....,,,,||..{||||,||||,.,,}.||||||}((((((((({....((((((({(((.....,..}}||,,...,{(((((((((((({...(({{{{{{{..(((,,((........))))))(((((.((((.......)))).))))).({..((.{{{....})).)}..))...}}))}(((((((((.....)))))))))......,,(((,..,..}}),}.)),}))))|..}))))))}|((((((,(((|{{{{{|..,{{{{,,............|,.........,,.,{{{{{{(.,{(......{((({.,......,..})))}.................,))))}}||{|,,,...,|||},,||||.((((.....))))....,,}}....,,.,,}||||{{{(({,{{{||||{{((({,...{{||,,,,||({((((({{{,....,|}.}}}}{{(({(({(..{{(((.(({{{{.{|{||,,|..|}||.,,..}}))}.},...},......})})).))))}}.,.}},...,,}.|||,{{{|,,.||||,|||}||||||,,||}}}},.((((((((((({{,{(((..({{.(((({{{{.,,,.{{{{{|||....((((((((((((((((.........(((.{....}.))))))))))))))))))),,|....(((((.......,.((((((((.((((....(((((....))))}..((((.((((......................))))))))((((...)))).......(((.((((.,,.{((({.,...{{.((((({,((............)))))))).,,..........})))))...{{(({.{{{..{{{.{{{{{{....(((({.....,})))}((((...}))),...,.,,,,{((((....)))))...((({...{{{....,)),..}}))..|,,...(((((((....(((((((((....,..((((((...,,(((((((((,,,.{{(|,|,.|||.....))}.,}},|||{,..{(({(,{.....,,}.,}.})))),.,.,.{((((((...)))))))}.}}))))))))),.))))))..}......,{......}},.{.(((((.(,.((...)),.),)))))},,....)))))))))..))))))).,)}))).})})}}.})))}.)))).))))))).)))))))).....)))))..{(((((,....,))))))))})))))))))),,.})).))).}.}},.})))))))))).(((((((.((((....))))...))))))).,,,.(((((,...}))))),{((((((..{{{....)))..))))))))|||,,....,((((((((....))))))))}},,,.,.......|,.}||||,.,((((........)))))}}|,{...,)))....,)),,,)))...)))))}})))))))}}.,}}}}}|||.,...,))}..,}}}},}}}}}}},},}}......{{((.....}}}}..((((({.....)))))).,.},,))))))}.....,))))))}))),.,)})))}))))))).)))))))))}.(((((((((((,({...,,}))))))))))),{{{{{...,,..........||||||....}}}}))))}},.....}))}}))))}.,}}}.....,,}}}}}|||||....}))}})))))))))).))))))..).)))..)))))))