Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RTN4_0008400

Sequence Length

390 nt

GC Content

0.4436

AGAGUUGUCAUCGAAAAUAACAAGACUAUUCUGGAUAUGAGUAACACUGAGGAAUAAGAUACUAAGCCAUUAAAGAAGGGUAUAAAAAUUAUGUCUGACACAGGAUAUGGAGAGAAAUAUGAUGAAGAUGAAAUAUGACAACAGAAUCAAGAGAUGGUAUUUUGCCAUGUUACCCAGGCUGGUCUCAAAAUCCUGGAAUCAAGCGAUCCACCUGCCUUGGCCUCCCAACGUGCUGGGAUUAUAGCUGUGAUCCACCGUGGCCAGCCCAAGAAGUCUUUAGCAUACUCUGCCACCAGACUAAAUCAGGUUCGCCAUGUUGCCCAAGCUGGUCCCGAACUCCUGACCUCAAGUGAUUUGCCCACCUUCGCCUCUCAAAGUGUGGAAUUACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-82.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -91.89

Frequency: 0.0000

Diversity: 87.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.................)))).))(((.......((((((((((((.............(((..........))).........((((((......))))))((((((...((((.(((((((......(((........))).((.((((((...)))))).)).....((((((((.....((..((((.(((((((((((....(((((((....)))).).))..)))))...))).)))))))..))))))))))......))))))).)))))))).))...........((((((((((((.(((.....))))))...))))..))))))))).))))..))))(((((((.........))).)))).....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((({({...........,,..}))}.))(((.....,.((({((((((((.......,..,..,({..........))),,.....,,{{((((,.....}}}}}|((((((...((((.(((((((......{{,........}},.((.((((({...)))))).)).....((((((((.....,,..((({,(((((((((((.,..(({((((....)))).).)}.,)))))...))).)))))))..},))))))))......})))))}.)))))))).)),.,}}}}....((((((((((((.(((.....)))))),..})))..))))))))),,)))..}))){{{({((.,.....,.})).)))).....)))