Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SATB2_0002500

Sequence Length

780 nt

GC Content

0.5474

AUUGCCGUUAGCCGGCUCCUGGCUCACCAGCAUCCUCAAGCCAUCAACCAGCAGUUCCUGAACCAUCCACCCAUCCCCAGAGCAGUUAAGCCAGAGCCAACCAACUCUUCCGUGGAAGUCUCUCCAGAUAUCUACCAGCAAGUCAGAGAUGAGCUGAAGAGGGCCAGUGUGUCCCAAGCUGUCUUUGCAAGAGUGGCAUUCAACCGCACACAGGGAUUGUUGUCUGAGAUUCUGCGUAAGGAAGAAGACCCUCGGACAGCCUCUCAGUCUCUUCUAGUAAACCUGAGGGCCAUGCAGAAUUUCCUCAAUCUGCCAGAAGUGGAGCGAGAUCGCAUCUACCAGGAUGAGAGGGAGCGGAGCAUGAAUCCCAAUGUGAGCAUGGUCUCCUCGGCCUCCAGCAGUCCCAGCUCCUCCCGAACCCCUCAGGCCAAAACCUCGACACCGACAACAGACCUCCCUAUUAAGGUGGACGGCGCCAACAUCAACAUCACAGCUGCCAUUUAUGACGAGAUCCAACAGGAGAUGAAAAGGGCCAAGGUGUCUCAAGCCCUGUUUGCCAAAGUGGCUGCAAAUAAAAGUCAGGGCUGGCUGUGUGAACUGCUCCGCUGGAAGGAGAACCCAAGCCCAGAAAACCGCACCCUCUGGGAAAACCUCUGUACCAUCCGUCGCUUCCUGAACCUUCCCCAGCAUGAGAGGGAUGUCAUCUAUGAGGAGGAGUCAAGGCAUCACCACAGCGAACGCAUGCAACACGUGGUCCAGCUUCCCCCUGAGCCGGUGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-226.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -239.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 144.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((.....((((((((((((....))))((((((..............((((((((((.................((((((((((.....((((........))))...(((((.((((....)))).)))))((((..(((...)))..))))....(((.((...)).))).))))).))))).....((((.......))))...))))))))))((((((((..(((.(........).)))..))))))))(((.(((((...............))))))))...(((((..........))))).....((((((((....))).))))).))))))((((((.((((.((((........))))(.((.(((((((((((((....(((((((((((((...............(((......))).((((((............((((....((((((.((((..................))))))))))......(..(((....)))..)....))))....))))))...(((((((...((((...)))).............)))))))))))).).).))))))..))))..))))))..))).)).)......)))).))))))(((((.(((.((((..(((.(((((((.(((..(((((((.((..((((.(....).))))...)).))))).))..))).........)))).))).)))..))).).))).....)))))...))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

...{{.....((((((((((((....))))((((((.............,((((((((((.................((((((((((..,..((((........))))...(((((.((((....)))).)))))((((..(((...)))..))))..,.((({,.....)}))}.))))).)))))...}.{||(.......}}))...))))))))))|(((((((..(((.(........}.}))..))))))),(((.(((((.........,.....))))))))...(((({.,,.....,.))))).....((((((((....))).))))).))))))((((((.((((.{(((........)))}{.((.(((((((((((((....(((((((((((((......{,.,.,,|.,((,,....,}|,({{{{{..........{{({{{....{(((((.((((..................)))))))))}.,,..,|,.(((....)))..,....,})),,.,))}))}...(((((((,,,((({...})))..........,,.)))))))))))).).),})))))..)))),.})))))..))).)).},.....)))).))))))(((({.(((.((((..(((.(((((((.(((,,{((((((.((..((((.(....).))))...)).))))).)),.))).........)))),,)).)))..))).).))).....)))))...)))))))))),.