Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SATB2_0008200

Sequence Length

861 nt

GC Content

0.4797

AUAUGUGUUUAUUAUGUUUUUCUUCCCUGUGCAGGAAUAAUCAAGCUGGGAAGGUGGAACCCUCUCCCCCUCAGUUAUGUGACAGAUGCACCCGACGCGACAGUGGCCGACAUGCUACAAGAUGUCUAUCAUGUUGUGACGUUGAAAAUCCAAUUACAAAGUUGUUCAAAGUUGGAAGACUUGCCUGCGGAGCAGUGGAACCAUGCCACAGUCCGCAAUGCCUUAAAGGAACUGCUCAAAGAGAUGAACCAGAGCACAUUAGCCAAAGAAUGCCCUCUCUCCCAGAGUAUGAUUUCAUCCAUUGUAAAUAGCACAUAUUAUGCCAAUGUGUCAGCAACCAAGUGCCAGGAGUUUGGGAGAUGGUAUAAAAAGUACAAGAAGAUUAAAGUGGAAAGAGUGGAACGAGAAAACCUUUCAGACUAUUGUGUUCUGGGCCAGCGUCCAAUGCAUUUACCAAAUAUGAACCAGCUGGCAUCCCUGGGGAAAACCAACGAACAGUCUCCUCACAGCCAAAUUCACCACAGUACUCCAAUCCGAAACCAAGUGCCCGCAUUACAGCCCAUCAUGAGCCCUGGUCUUCUUUCUCCCCAGCUUAGUCCACAACUUGUAAGGCAACAAAUAGCCAUGGCCCAUCUGAUAAACCAACAGAUUGCCGUUAGCCGGCUCCUGGCUCACCAGCAUCCUCAAGCCAUCAACCAGCAGUUCCUGAACCAUCCACCCAUCCCCAGAGCAGUUAAGCCAGAGCCAACCAACUCUUCCGUGGAAGUCUCUCCAGAUAUCUACCAGCAAGUCAGAGAUGAGCUGAAGAGGGCCAGUGUGUCCCAAGCUGUCUUUGCAAGAGUGGCAUUCAACCGCACACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-214.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -229.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 243.21

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((.....(((((.(((((..(((((.((((.......((((((((.((.(((......))))).))..((((((...(((((((...((((((((((((((......)))))....))))........((((..((((......))))))))(((((.((((....)))).)))))...((((((.(.((((.......)))).)))))))...(((...))).....(((...))).((..((((((((((.(((.......(((((...(((((((((.(.((((((((.....)).)))).((((((.........))))))..(((......)))))..).))))))))).)))))........................(((((.((...........)))))))...))).))))))))))..)))))))...))))))).....)))))).))))))(((.((..(((......)))..))...))))))))))))..............(((((..............)))))..(((..(((((.........((.(((((((((((......(((((((.((....((((((..(((........)))(((((..(((((.........))))).))))).....(((((.(((((.....((........))........(((.((((.((.................)))))).))).)))))))))).............(((((.((((....)))).)))))..))))))....)))))))))))))))))))).)).......)))))...)))))))).)))))......)))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

...(((((.....(((((.(((({..{{(((,({{{.......(((((((,.((.(((......)))})}))}}||.{{{{...,,||||,.,({((({(({,(((,.(((((........)))))..})))}))))}.}}|||....,{{{{{{||,.,|{|}|{{,.,}})))).|||||{{.((((((.{.((((.......)))).}))))))..,{{{...|||{{{{{{({...},|,{{..{(((((((((.(((.,.....(((((...(((((((((.{.{{,,,,{{....,||.,..,.((((((,,,.....,))))))..{{{......))},,,,}.))))))))).)))))......,,,............,,,(((((.((...........})))))).|.))).)))))))))){{||||}},...}}|||,,.....,,}}}..,,,)))|||.,,..(((,,,...}}}..,,...}}.)))))},})..............(((((..............}))))..(({..{((((.......|,{{.(((((((((({......{(((({{.{{,...{(((({..(((........))){((((..(((((.........))))).))))}.....((((,{(((({.....((........))........|||.{{||||{.................}})))).))}.})))))))))......,......(((((.((((....)))).)))))..))))))....}})))))))))))))))))).)}.}}....)))))...)))})))).)))))......))))),,.