Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SATB2_0009600

Sequence Length

496 nt

GC Content

0.4839

UUGGACGGCUCUCUUGAAUAUGACAACAGAGAAGAACACGCCGAGUUUGUCCUGGUGCGGAAAGAUGUGCUUUUUAGCCAGCUGGUGGAGACUGCGCUCCUGGCCCUGGGGUAUUCUCACAGCUCUGCGGCCCAGGCCCAAGGAAUAAUCAAGCUGGGAAGGUGGAACCCUCUCCCCCUCAGUUAUGUGACAGAUGCACCCGACGCGACAGUGGCCGACAUGCUACAAGAUGUCUAUCAUGUUGUGACGUUGAAAAUCCAAUUACAAAGUUGUUCAAAGUUGGAAGACUUGCCUGCGGAGCAGUGGAACCAUGCCACAGUCCGCAAUGCCUUAAAGGAACUGCUCAAAGAGAUGAACCAGAGCACAUUAGCCAAAGAAUGCCCUCUCUCCCAGAGUAUGAUUUCAUCCAUUGUAAAUAGCACAUAUUAUGCCAAUGUGUCAGCAACCAAGUGCCAGGAGUUUGGGAGAUGGUAUAAAAAGUACAAGAAGAUUAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-128.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -139.91

Frequency: 0.0000

Diversity: 140.28

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.(((.((((((.............))).))).).)))))).((((((((.((((((...((((((((((...(((((..((((.......)))).)))))..(((((((((.(((((.((.((.(((....))))).))........(((((((..((.(((......)))))))))))).)))))..))))).)))).(((((((.(((..(((((........)))))..))))))))))..((((......))))....(((((.((((....)))).)))))((.((((((.(.((((.......)))).)))))))..))......((.....(((...))).....))))))))))))..)).....(((((...(((((((((.(.((((((((.....)).)))).((((((.........))))))..(((......)))))..).))))))))).))))).....)))).))..)).)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.(({.((((((,...........,)))},)}.}.)))))).((((((({.((((((...{(((((((({.,.{((((,,((((.{..{|{||||{||||},{(((({({{{,,{{{.,,,,{|.{{|,},,)})},,))}.......(((((((..((.(((......)))))))))))).,))),,,},},)})}|{.(((((((,(((..(((((........)))))..)))))))))).}}{{{....,,||{|{.,.,||||}||||.,}})))}.}}}}}|,.((((({.{.((((.......)))).}))))))..,|{{...,|}...,,{((...},}......,}))))))))}..)).....(((((...(((((((((.{.{{,,,,{{....,||.,,,,.((((((,,,.....,))))))..{{{......))},,,,).))))))))).))))).....)))).}}..)),}))).