Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SATB2_0013300
Sequence Length
2758 nt
GC Content
0.3542
GAAACUGCUUUCCUUUUCCCUGAAAAAGUGAUAGUGGUGGAGUACUCCCCAUACACCCUCCCAAAAAAUGCAGCUCCUUUUCUCCACCCAUCAUUUGCAUUUGCCCUCCAGCCUUUCUCUAUUUCCCUCCAGGGCACACACCCUAGUCUUGUAUUUCCCUGGGUCAGCCUGCUUGGCUGGAGGGUGCUUAUUUAAGUGCAGAUUCCUGGGCUCAUAUAAACCUAGUGAAUUGGGUCCCCUGGUGGUAGAUCCCAGAAUCUUCAUUUUUCUCAAGUUCUUUAUGGGGGAGUCUCAUGUCCCCAAGUUUUGAGAACCACCACUUAAGUCCAUUUGUCAUUGGCUUCUAUUAUGUCUGAUGAAACCAAUAUUAUGCAGAGCUCUUUCUGAAGUGCUUUGUUGUUGAACAGGCUGCUGGUGGGCCAGAACAGAUUGUCACCAUGUAAAUGAGGAGUCAAGGGACAUAAUUUUAUGGGCUCACACCUAUCUCUUAGCCAAAGACAUUUCAGGUUAGUUGUUUGCCUGUACUGGUAAAGGAAUAUAGUCUCAUUUGAACUGGGACAACCCUAGUUCUGGGUACAUUCUGUGGUAUUAUAUUUGCCAACUCACAUUCAGCCCAUGCAUUUAUAAUUACUCAACUGUUUCCAUGCAUUGAGUCAUUGCAGAAAAGCCUCUUCUUUGUAGAACCUCAUUAAGAUUUCAGCUGCUAACAGAUUUUAUUUUACAGUUCCAGCUUUCAUGAUAUUAAGAUAUGGAGAUUUGCGCUUCUGGGAGGGGUUAUUUACAAGUUUAAAGCUCUUAGAAGCAUCACAGUGUUUUUAAGGGCAUAACCAGAAAGGAAAAUAAAAAGGGUAGUCUGGUAUUCUGAUCAAUGUGAUAUAAUACUUUGGAGGCAAAAAUUUAAAAUGUUGAAUUGCUUUUAAAAAAUUGUUACUUAUUUGUGAUCUGUGUGAUUUUUUUCUUUUUUUAACAGCCUUUGGUUUAAAACAAUGUUUUUAUAAACGUUGUUUAUUUUUGGCUUCUAAAAAGACACAUAACAUUAAAGCAAUACUCAUAGGGUUCAUACUUUUUAAAUGAAUAUACUUUCCUUAUGCUAAGAAUAUAUGGUAAAUGAAUAAUCUCUGAUUUAAAUGAUGCUUUUUUUUGCAUGGUUGCACUCAGAAUUAUACUGUGCCAUUUUAUAUCUUGUAUUGUUCUUCCCCGUGGUAUGUUAAAACUUUUAAAUAAUGUGCACUAUUUUAAUUACAGUAAGUAAUCAUUAACUGAGAGUUAUUGGUUAUAUCAAUUAGAGGUGCCACUUAUGUUUUUUCUUCUAUCUGUUAACAUAAUAAUCAUUCAUUAGGCACUCUACAGAGAGAACUUAAGCUAAAUGAGAGCGAGUAGGUCCACAUCGGGAGUCAGGAGUGCUGGCCGCCAUGAUGGCUGCUUUCAUGUGAAAGGCCUUGCCUCUUUUCUUGACGUGAUGUUACCACUGCUUUCACUGAGGAGACAUUGGCUACAUGUCCCCUUUGGCAGUCAUCUUGGGUAUCUGAGAGUCUUCCUCAUCCAGUGAAGUUCCUCCGUACAGCGUUUAGAGGCCUUUCCUCUUGCUUUGCCCUUCUUUGGCAUCUGCAUGUGGAUUAUUUACUUGCUCAUUUGUUCCUGGUGUCUUUGCAUUACCUACUCUUUCUCCAGCCAGGAAUAAUAAACACCUUAUUGACAGAUUGACUUCUGAUUCUCUGUGUCCUCCUUGUCAGGUUGAUAUCCUGCCAUCCCAGAAGGCACUGUGUAGAUGUUUGCUAAAUAGAUGGUUGAAUAGAAGAGGACUUAAUUUUUGCUAACCGACCAGAUUGAUUUAAUUUGUUGGUGUUCCAAUCCAGCCACUUUGAAUAUCAAGGCUUUCUUGCUUAAUAUCCUUUUAGGCAACAUUAUAACUGUUCAUGUUUCUAUAUAAAGAUUUCUAAAUUGGAGGGUUUCUCAUCCGAAAAUAGUCAAGAAUUUAUUUAAAAAACUGAGAUUUCUGAAUGCAAAUAGCUUCCUUUUUGCAUGUAGGUUGCUUUGCUUUAUUUGCAAGGAAAGAGCAGCGAUUUAAAAGUAAUAAACACACCCAUUGUAGGAAAUAUAAAAAAUACAAAAUGAUGUGAAGGAUAAAAUAAAAUUCCCCCUUGGUGUUACCUGUGACCCAAGAUAUUUCUUACCUUGAAAAUUUUGCUGAUAAAGUUAAAAUCUGCUUUAUGCCCCUCAUAGUCUCUUUUCUUUCUUUCCUUAUAGGCAAUUGGCUAUCUAUAUAUCUUAGUUUUUCACUUAAUAUUACAAUAUUAUACAAUAUUAUACAACAAUAUACAAUAUUAUACAAUACAAUAAGUUUUUCACUUAAUAUUACAAUAUUAAUCAUUUUGUCAUGGCAUUAAUUUUUAAUCCUUUUGUAAUGGCUGAUUGUGUGAGUAUAACAUAAUUUACAGAACCAUUCUGUUGGUUUUACACAGGUUGUUUAGAAUUUUAAAAAUAUUAUCAAUAACUCUUUAAUAAACAUUUGUGGGUGUCAUUCUAUGUUUUUGAUUCAUUAACUAGGAUAAUAGACAAUAAUUUUAAAAGUCUGCAUUCUAUGCCUGGUUGACAAAUUCAUGAUUGAUCUUCACUGACAUUUAAGGUGUUAACACUGUCAAAUUUCAGAUUUUAAGUUUAACUUAGUUUUCUUGUUAUUACAGUUAACCUGGACUUAGAAUAUACCUGUUUCAUUAGAAUUUGAGCUGGUGAAGAGCUUCAUUGUCCUGAUUGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-693.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -746.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 550.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((....))))(((((..........(((...((((.(((....))))))).)))..........((((.(((((...(((.(((.(((..(((((((((((((((((((((..............(((((((...(((.........)))....)))))))...........)))))))))))........))))))))))...)))(((((.......((((((((.(((((....(((((((((((......)))).......(((((((..(((....(((((........)))))))).)))))))))))))).(((((((((......(((((.(((.((((....))))))).))))).....(((((((.(((....))).)))))))..((((((((.(((.((..((((((..(((((.(((..(((...((((((((.(((....)))........(((((......)))))...((((((............))))))((.((((((......)))))).))......))))))))((((((((.....)))))))))))..))).)))))((((.......)))).((((((((((((((((((((.(((((((.((((((.(((......)))))))))....(((((((((((((((((......(((((((((.((....((.((((..((((..............(((((.(((..........)))...)))))...(((.(((((((((((((((((.............((((((((((((((....))))))))))))))))))))...(((((..(((...((((.((((.(((..((((.(((((.(((((((((..((((((((((...((((((....)))))))))))))))).....((((((((((.(((((.((((((.........((((((((..((((...(((...(((((((((((....))))))))))))))...))))..)))))))))))))).......((((((((.((((((((((((.........)))))........)))))))..(((((((.((((((.....(((((.(((((....(((.((((........)))).)))....))))))))))....))))))..))).)))))))))))).......(((.(((((((...........)))))))))).......)))))))))))))))((.(((((...))))).)))))))))))....((((((....(((((((................)))))))...(((((..(((((..((((....))))..)))))....)))))((((((((((((((((((((((.(((((.....)))))).(((.((((((((((.(((.(.(((((((...)))).))).).))).((((.((.......))..)))).((((.(((((.(....)))))).)))).)))))))))).)))((((..(((...((((((.....)).))))...))).))))((((...(((((.....))))))))).((((.......)))).))).))))))))...))))))))))..(((((((((((...........................)))))))))))....)))))))))))))))...)))...)))))))).)))..)))))..((((.......)))))).)))))))))))))))))))).))....)).))).)).))))....)))))))).))...)))))))..((((((.((((((...))))))))))))..........((((...((((...))))))))...((((((((.......)))))))).))))))).))..))))..(((......)))........((((((((...))).)))))....(((.(((((((((((..((((((((((((......(((((((.((....)).)))))))((((((.(((((((((.((..(.((((((((((.((.((((...................((..(((((((((((......((((......))))..(((...........)))..(((((.((((....))))))))))))))))))))..))........((..(((((((........))))))))).......)))).)).)))))))))).)..))))))))..))).))))))..))))))))))))....((((((....))))))...((((((.((........)).)))))).........))))))))))).)))....(((((((.(((((..(((.(((....)))..)))..)))))....)))))))))))))..))))))))............((((((...))))))))))))..))))).))))))))....................((((.((((((....((...(((((.((((.((.(((..((((.....((((((((((((.(((((.............))))).....))).)))))))))))))..))))).)))).)))))))....)))))).))))..(((((..(((..((((..((((((...))))))...)).))..)))))))).....))))))))).....))))).))))))))....)))))))).)))))))).)))).........)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({....})))(((((..........({(...((((.(((....))))))).)))..........((((.(((((...(((.(((,(((..(((((((((((((((((((((..............,((((((.,.(((.........)))....)))))))...........)))))))))))........))))))))))...)))(((((.......((((((((.{((((....(((((((((((......)))).......(((((((..(((....(((((........)))))))).)))))))))))))).{(((((((,..((((.((((((...(((((((((..(((..{(,,,.....(((((((.(((....))).))))))),|,{({{(({.(((((((....))))..}))..))|}},({,...,}}}.})..)))..))))))))}...(((((......))))).....}))))).)))}....{((((({((,((((((......)))))},||,,...{{((((...((((((((.....)))))))))))).))},))},(((((.......))))}((((((((((((((..((((.....{({.((((((.(((......))))))))).}}}(((((((((((((((((..,,..(((((((((.((....((.((((..((((..............{((((..,,{,........,,)}..))))}...(((.((((((((({((({{{{,.,..........((((((((((((((....)))))))))))))).,|{{({({.{(((,...{,,{((,({({,.{((({{((((((,,,..(((((((((..((((((((((,..{(((({....}))))))))))))))).....{((((((({{{(((({.((((((.......{{((((({{{..((((...(({...(((((((((((....))))))))))))}}...))))..}))))))))))))).......((((((((.(((((((,,,,{...,,,...,,)))........)))))))..(((({((,((((((...,.(((((.(((((....(((.((((........)))).)))....)))))))))).,..))))))..))),)))))))))))).......{{|{(((((((...........))))))))}}.......))))))))))))))}((.(((({...))))).)))))))))}))))))}||)))}}.||||,||}}},.,}},.||||,,}},,,,,...(((((..(((((..((((....))))..)))))....)))))((((((((((((((((((((((.((((((((.,|.{{{..(((.((((((((((.(((.(,(((((((...)))).,}}.}.}}).||||.{{.......}}..}))}.((((.((((,,(....)))))).)))).)))))))))).)))((({..(((,{.((((((.....)).)))).,,))).)))){(((...(((((.....))))))))).,|||,,,},.,))).)))).)))))))),..})))))))))..(((((((((((...........................)))))))))))....,,,,,,.,}}}||||..,,,.,}}),,,,,,.||||{..|||,.,||})..}}}},}},,)).)))))))))))))))))))).))....)).))).)).))))..},)))))))).))}..}))))))..((((({,((((((...})))))))))))...,,,....((((...((((...))))))))...{(((((((.......)))))))}.,,...,,.,.,..,,}|.,{{......}}}........{||||{((...}}}.))))}....{((.(((((((((({..((((((((((((......{{(((((.((....)).)))))}|((((((.((((((((({((..(.((((((((((.((.((({.....{,............((..(((((((((((......{(((......)))}..(((...........)))..(((((.((((....))))))))))))))))))))..))......,}||},(((((((........))))))),,.......}))).)).)))))))))).)..))))))))..))).))))))}.))))))))))))....{(((({....|||||}...|{{{{{,{,......||},.,}}}}}.........})))))))))).))}{{{{{{.,,,}}}}})}.,,.,,,},...{|.{{{{|...,))))}}...))))..))))))..)))))))).,,,.,......,,(((({{{.,,,,.)))))),.|||||{|||{{{{,.,...........,......||,,.,,,,,,}}}}}},}}|||((.((((.((.(((..((((.....(((((((((,{{,(((((.............))})}...,,))).)))))))))))))..))))).)))).}})}|{{{,{{{|..||||}},.,|||{{.,|||.,|||{..{(((((...)))))}...,},}),.)},))))))))))))))))))).....))))}.))))))))..,.)))))))).)))))))).))))....,,...)))))
Back