Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SATB2_0014600
Sequence Length
1658 nt
GC Content
0.3673
UCUUUCUUAUAGCAUACCAAGUAUGAGAUGGUCCUACCUGGAACCUAUUUGAGUACCUACUCUGAACUUUUUCUAAUAGUGUCAUUGGCUCCAUUCUGAUUGUCUCCCUUCUGAGUGUAUUUCUGGAGUCAUGCGGCUCAUACUGAGGCCUAUCCUCAGAUACUGGGAUCGUUCUCUUCCUAUGUGAGUAUGUUGGUAGUCCCAAGAUAGAGAGGAGUAUUUGUUUUCAGUAAGUAUUUGCCUGGGUUUUCAUAAUAGAUAUAAUUGGCUAGCAUUUAUAGAACUCAAAUUAUCUAUUAAAAUAUAUUCAUGUAACCAAAAAUAUCAAUUUAUGUGAAAGAAAUAUUAGUUAUGAAACCAAUGUUUCAUAAUUAAAUAAGUAUACAAUAAGUAUACAAAUGAGAUAUCGAUUUAACAUAUUACAUUAUAAUUUGCUAUGUUCCUUUUUUACAUGUGACCCCCACUAGAUAUUAAAAUGCACCCAUUUGCACUUCAAACUAAUGCAAUUAAGAUCAUCAGUUGCUUUUCCAUCUUAUUAAGGAGGAAUUUCCUGUUGUGGCUAAUGACAAGAUUAUGAAUUUGUCUGAGUCUCUUGGCAGAUAUUAAUUUAACCAUGUAAAUUAAAAGGAAUAGGCCCAACCCUGCUGUAAAUCAGGGGAUUAAAACAUUUGGGGUGGCACAUUCUACCAGGAGACUGAGGUGUCACUUAGUACUCAAUAAGGGAUGCUGGCCACAUUGUCUUGGAGUUCCCUAAAAUAACCAAUUUUUCAUCCAAACAAGCACCCACCAGUAGGAUGUUUUUUUCUCAUCUCCUAUUGGAAUGCCUUAAGACAUAGUCUCACUAGAUUCUUAUGUCCAUUUAGUCCUAAAAACAAGAAAAAAGGAGUGGUAUGGGUAUUGUUGCUAAUGAUAAUGCUAGGAAACAUAGAGCUUACUAUGUGUGAGGCACUGUUCUAAGUGUGUUACACAUCUUAAAUCAUUUAAUGUUCGCAAACCUCGUGUGGCAUAAGCAUAAUUAUCUUCAUUUAACAGCUGAGGAAACUGAGGCACAGAUGGGCUAAGUGACAUACCCCAGGGUACACAGCAAGUAAGUGAUGGAGCCAGGACCUAAAUGUUCAAACCCAGGCAUUCUGUUUCUUGAGACAGUGGCUUAGCCACCACACCCCUCUGCCUCUCUAGGGCAUGAUUAAGACAUUAUUGUAAUAGUGGGUUAUCAUUAAGAAUACGAAUAAAAGUCCCUGUAAGUCCUGACCUAAUAUAACUAGAUUAACUCAUUAAAAUGCUAAAUAUUUCUCUCUCUUUUCCUUUAUUUAUUUUUUUCUUCAGGGGGUGGAUUGGGAGGAAGGGAGAGAGGAAGAGAACUUCAAAGACAUUACAAAUGCAUUCUACUUAAUCUGAAAUACUUUGAUGCUUCUGGAAAAGUGAGAUGAUUUAAUUUCAUAUAUAAUUGCAUGAGGAAUUAUAAAUUAUGUUUUCUGAAAUACCUAUGACAUGAAACCACAAAAUGAACAGAUAAAACUGAUUUGUUCUCUGACAAAUCAAGAUAUAUGGCGGUGUUUUCAUUACAAGUGCCAUUUGUGCGGAGGGAGCAGCUGAGUAUGCUACAAGAUGACAGGAACCGUUCCCAGGCGGCACUGCUUUCACAUGGACAUCCCGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-424.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -454.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 350.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..((((.((((((((..(((..(((((((.....(((((.........((((....))))(((((.((......(((.(((.(((((((((((((..(((.((.........(((((((.((((.(((((..(((((((.(((..((((.(((((((.((((((((.((..((((((((((.(((.(((....))).))...).)))).))))))....)).))))))))((((...(((((.((((((.(((((((((...(((((((.......)))...))))..))))))))).......(((((((((..............))))))))).......(((((((((((((....)))))))))))))....((((((.....)))))).((((.(((((.(......)))))).))))......((((((..(((((((((.(.(((.......(((((((.......((((......))))............((((((.........))))))..((((.((((....))))))))........((((((((..((((((........))))))(.((((((((((......((((((((......))))))))..(((((..(((..((((((.(((.((((....))))...)))..)))))))))..))))).)))))))))).).(((((.((((........)))).)))))))))))))((((.(((((.......(((((.....)))))...)))))))))(((....(((((((((((.........))..)))))))))..))).....((((((((((....))))...)))))).))))))).......))).))))))))))))))))..(((((((((......))))))))).)))))).))).)).))))((((((((.(((((......))))).)))))))).............((((.((((.......)))))))).........................))))))).....)))).))))))))))..))))).....))))))))))))))))...)).))))))))))))))))))).)))))...)))))....)))))))........(((((...))))).....((((((((...((((((((((....((((((....))).(((.(((((((...(((.....((........)).....)))....))))))).)))...((((((((.....((.(((((.........(((((((((((((((((((((((((((.....)))))))))))..))))))))))))))))((((....))))...............))))).)).)))))))).....)))..)))).))))))...(((((((......))))))).(((((((.(....).)))))))..(((((((...............)))))))........................(((((((((....)))))))))..(((.((((((.(((.......)))..)))))).)))))))))))....)))..)))))))).)))).))(.(((.((((....(((((....)))))....))))...)))...)
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..((((.((((((((..(((..,(((((((((.....)),.}).}))}((((.,,,}}}}{((((.,{,.....(((.(((.(((((((((((((..((({{{.......,.((((({{{((((.(((((..(((((((.((({{(,,,.,||||||.((((((((.((..((((((((((.{((.(((....))).))...}.)))).))))))....)).)))))))).,,,..{((((,(((((((.(((((((((...{((((((.......}}}...,,,,..})))))))).......{{{{{({{,......,,,,....,}|||||||,,,....(((((((((((((....)))))))))))))....((((((.....)))))),{{(({,{{,|,,.,,.,,{{{{,,.||........}|,|||}||,,||||||}|}|(({.....}||,,{{|.,,.,..((((......}))}............((((({.,.....|,})))))..{(((.((({....)))})))}..,{{{{{((,((((({{(((({{........}}}}||(.((((((((((......((((((((......))))))))..(((((..(((..{((((,.(((.((((....))))...)))..,))))))))..))))).)))))))))).)}|||||,{|||}}.,.},,)}))}))||||}||||||{(((.(((((.......{{{{,.....,}}}}...))))))))}(((....(((((((((,(.........,}..)))))))))..))).....((((((({{(....})),.,,)))))){{||||.{{{{..............)))).))),)))(((((((((......))))))))).|},|||{|||{,,,{|..((((((((.(((((......))))).))))))))..}}}....,}}.|||||{{{,......,)))))),}.}}},,...,,........,.....)))))))}}}}.)))),,,,)))))))..))))).....))))))))))),))))...)).)))))))))))))))))}}.))))}....,}}).}}})||{{{....})))}(((((...))))).....((((((((...(((((((((({({{((({({....}||.,((,(((((((.,,{{{.,...{(........}}...,.}}},,..})}}}}}.},,...{{{{{{||.,,,,,,.,{{{{......,{{(((((((((((((((((((((((((((.....)))))))))))..))))))))))))))))|||{....}}})...,.,,,,.....,)}}}}.,.,)))))),}......,,,.))))}})))))...(((((((......))))))).(((((((.(....).)))))))..(((((((....{......,...)))))))...........,............(((((((({....}))))))))..(((.((((((.(((.......))},.)))))).)))))))))))..,.)))..)))))))).)))).))(.(((.((((....(((({....}))))....))))...)))...)
Back