Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SCMH1_0001100

Sequence Length

438 nt

GC Content

0.5297

CCGUGUUUGACCGGGAACAGCAUACCCUCAACCUCCCAGCAGUCAACAGCAUCACCUACGUCCUCCGCUUCCUGGAGAAACUCUGCCACAACCUUCGUAGUGACAAUCUGUUUGGCAACCAGCCCUUUACACAGACUCACUUGUCACUCACUGCCAUAGAGUACAGCCACAGCCACGACAGGUACCUACCAGGUGAAACCUUUGUCCUGGGGAAUAGUCUGGCCCGCUCCUUGGAACCACACUCAGACUCAAUGGACUCUGCCUCAAAUCCCACCAACCUUGUCAGCACCUCCCAAAGGCACCGGCCCUUGCUUUCAUCCUGUGGCCUCCCACCAAGCACUGCCUCAGCUGUGCGCAGGCUAUGCUCCAGGGGAGUGUUAAAAGGAUCAAAUGAAAGAAGGGAUAUGGAAUCAUUUUGGAAACUAAAUCGUUCCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-110.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -117.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 79.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((..(((((.((((.................))))....)))))..)).((((((..(((....(((...(((....((((((...((......(((((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).))))...))))))....))).)))...))).(((....)))))))))..((..((.(((.((((...(((((((........(((.........((((.((....)).)))).........)))........))))).)).))))..)))))..))(((((.((((((((((.(((((((((....((((..((((..((...))..))))..))))....))))).))))..)))).....)))))))))))....(((((.((((.(....).)))).)))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.{(({(((((.((((.................)))).,..))))),,)|.{{((({..{{,{{{{(,,...|||}}..((((((...,,......(((((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).))})...))))))...,|,,.,))...||},(((,,,.,},)))))}..||..|||{{(,((((...(((((((........(((.........((((.((....)).)))).........)))........))))).}}.}}}},,|))}},,}}(((((.((((((((((.(((((((((....((((..((((..((...)),.))))..))))....))))).))))..)))).....)))))))))))....||{{{.{{{|,|,...}.}}}}.))))),,,)