Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SCMH1_0003500

Sequence Length

1772 nt

GC Content

0.4176

AAAGGCUUUUAGCCAGACGUGGUGGCUCCUGCCUAUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCCAAGGUAGGAGGAUCGCUUGAGCAGGAGAAGUUCGAGACCAGCCUUGGCAAUAUAAUGAGACCUCAUCUCUACAAAAAAUUUAAAAGUAAGCCAUGUGUGCUGGCACACACCUGUAGUCCCAGUUACUCAGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCGCUUGAGCCUGGGAGGUGGAGGUCGCAGUGAACCAGAACCAUGCCACUGCAUGCCAGCCUGGAUAACAGAGCAAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAGGCUUUUAGGAAACUAUUUCUUAGAAAAACACCUGAGAUCUUUCUCCCCCAAAAACUGCCCUGAACAGUGUAGGGGAAAUAAUAGAUUUCUCUCAAAUCAGCUUUAUUAUUUCCUCUAUUAUUCUAUACUGCAUGCUUCAUUAAAAAAAUUUAUUUACACUUAUUUUAUGCUAAGUACCAUGCUAAGAAUGGUACUUAGAACCAGACUUUCAAAGAUUUCCAGGUGAAUAGGGAUACUGGUAUGUAAACAUAUCAUGACAAUACGUUGACAAAUGCAACAGUUCAAAAAACAGAGGUAACAUAAAAGAGACAAUGAUUAGAGAAAAACUAGAAAAGCUUCCUAGAUAAACAAAUUUGUAAAAUAAAUUUAAAAAGAGAGCAUUUCAAGUGAAAGAGACAUCUUAUCAUUGUAAAGGUGUGGACCAGGUAAAAGUGCAAGUUUUUAAAGAAGCAAUAGAGAUUUAGUAGAAUAGGAGAUUUAAGGGAAUGGCAGGUAAUGAGGUGAAGAGAGAGGCAGACAGAGUAAAGUUGUUUGUAGAGUUAGAAGGGUCAUUUCUAUUUUUUUUUGUUUGUUUCCAUUUUUAAAGAGAGAAAUAAAGUACAAAGUAAUGUCAAAGCAGACUUAAACUAUGGCAUAUUUUGCUUUUGUCUGCCCAACUAAUAAGGGAUCUGAAACUUCAUAUGAUAAUAUUGAAUCUAGUAUAAAAGAUAAUAAAUUAAGCUUUGACCCUAAAAAAGACCAGAGGCUUGUAUAUAGAUUCAGAAAAUGUCUACUAAGCAUCUACUACAGGUAUAUGUAUAGCUUUAAGCCAGAUGCUGUGUAGAGAACAAAGAUAAAACACUAUUCCAUCCAUAAAUAUAUUUUUGCUUCAUGAGUGAAUUAAGUGCCAAGAAUAGGGAAUGAAAAGACCUGUCAUGGGUAGCAAUUUUUUUCCCAUUCAUUUUGACAGAGGAAACCUCGGACUUUGCUGAACCCACCACCUGCCUCACCAACAACCAGCACUCCUGAACCGGAUACCAGCACUGUACCCCAGGAUGCUGCCACCAUCCCCAGCUCAGCCAUGCAGGCCCCAACAGUUUGUAUCUACUUGAACAAGAAUGGCAGCACAGGCCCCCACUUAGAUAAGAAGAAGGUCCAGCAACUCCCUGACCAUUUUGGACCAGCCCGUGCCUCUGUGGUGUUGCAGCAGGCUGUCCAGGCCUGUAUCGACUGUGCUUAUCACCAGAAAACCGUCUUCAGCUUCCUCAAGCAAGGCCAUGGUGGUGAGGUUAUCUCAGCCGUGUUUGACCGGGAACAGCAUACCCUCAACCUCCCAGCAGUCAACAGCAUCACCUACGUCCUCCGCUUCCUGGAGAAACUCUGCCACAACCUUCGUAGUGACAAUCUGUUUGGCAACCAGCCCUUUACACAGACUCACUUGUCACUCACUGCCAUAGAGUACAGCCACAGCCACGACAGGUACCUACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-476.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -510.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 334.50

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((...))))....((.(((((((((((((....((((((....)))))).....)))))))(((....(((((((.......))))))).....)))((((........((((.....))))(((.............))).))))((((((....)))))).(((((.((..((((.((((((((((.((((((((..(((.((((((..(((((((((.((((..((((((...((......)).))))))((((...(((((...((((((.....))))))...............((((((((((...))))))))))(((((((((((((...(((((.......((((.......))))(((((((((((((((((...((........)).)))))))))))))))))((((((((.((...((((((.(((((((....(((((..((((........(((((((((((.......)))))))))))..(((.(((((.......((((.........))))...(((((((....))))))).........((((.(....)))))(.(((........))).)............((((((((.(((.....(((.((((.((((.((........((((((((...))))))))....)).)))).)))).)))..........))).)))))))).))))).)))...))))..)))))....))))))).))))))....)).....))))))))))))).....((((..(((((((..((.(((..((((((.((((((((((((((((((((....((((.((((((.....)))))).))))((((((((.((((..........)))).))))))))..((.(((...(((......)))....))).))))).))))))).))))))))))...........((..((.....(((((((((......((((((((.((((.............((((((((....((.....))....)))))))))))))))))))).....(.(((((..(((((((..((((......))))..(((...))).)))))))..))))).).((((((((.......................))))))))..))))..)))))...))..))..((((.(((((.((((..((((.....)))).....)))).))))))))).........((((...))))...)))).))..)))))..)))))))...........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))......))))..((.((((.(((((((((...(((((((((.......((((((...((((..((((.(((.....(((....))).....(((((((................))))))).))).))))..))))..)))).)))))))))))...))))))))).).))).))(((((((((.......(((((..((((....)))))))))..)))))))))....)))))))..))))))..)))))....))))..)))).)))))))))...)))..)))))).))))...)))).))))))).))).))))..............(((((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).)).......)).)))))....)))))).)).(((....)))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((((...))))...,{(((((((((((((((....((((({....}))))).....)))))))||{....(((((((.......))))))).|...|}}((((........((((.....)))),,,.............}},.}}},,((({(,,,,}}}}},..{((,{{...((((.((((((((((.((((((((..(((.((((((..(((((((((.((((..((((((...((......)).))))))((((...(((((...((((((.....))))))...............((((((((({...})))))))))(((((((((((((,,,(((((.......((((.......))))(((((((((((((((((.,.,,........,,.}))))))))))))))))((((((((.((...((((((.(((((((....,{(((.(((({.,,,,.,.(((((((((((.......)))))))))))..{{,.,,,,,....,..{{{{.........}))}..,{((((((....))))))}.........((((.{....})))).,|{{........,,|{|..||||......((((((((.(((.....(((.((((.((((.((...,....{{((((((...))))))))....)).)))).)))).)))..........))).))))))))...||)})}.))).,)},.))))).,,,))))))).)))))).,..}}.....))))))))))))).....{({...(((((((..((.(((..((((((.(((((((((((((((((((({,{((({{,((((({.....}))))}.,,,.{(((((((.((((..,.......)))).))))))),..,}}||,,,|(({......)))},...))}})))).))))))))))))))))))..........|({,,{(,,...{{{{({{,,.....{((((((({,((((.............((((((((....((.....})....)))))))))))))))))))),....{.(((((..(((((((.,(,.((.(,,....},,,)}...}),.)))))))..))))),|.((((((((.......................)))))))).,))}}},)))}}},.}),.))..((((.(((((.((((..((((.....)))).....)))).))))))))).........((((...))))...)))).))..)))))..))))))),..))......(((((.(((((....((.(((.......))).)))))))))))),{{{{{{..,.(((.((((.(((((((((...(((((((((.,,..,,{{,{{{,,.,{((,,(({{.(((..,..{{{....}}}.,}..(((((((.........,,.....})))))).}}}.}})),.}}}}.,)))}}},)))))))))...))))))))).).))).)))..,,,,,,,,.....{{{{{..((((....)))),)))).,))))))})})}..)))))))..))))))..)))))....))))..)))).)))))))))...)))..)))))).)))},..)))).)))))))}})).)))),,}}.,,.......({(((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).}}}},,...},}},,})}}...)))))},,.|||..,.))),.