Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SCMH1_0004400
Sequence Length
561 nt
GC Content
0.5383
UUGUGAUUCCAAAGAAUCCCUAUCCUGCCUCCGAUGUGAAUACUGAGAAGCCCAGCAUCCACAGCAGCACCAAAACUGUCUUGGAACAUCAACCAGGGCAGAGGGGGCGUAAACCAGGAAAGAAGCGGGGCCGGACACCCAAGACCCUAAUUUCCCAUCCCAUCUCUGCCCCAUCCAAGACAGCUGAACCUUUGAAAUUCCCAAAGAAGAGAGGUCCCAAACCUGGCAGCAAGAGGAAACCUCGGACUUUGCUGAACCCACCACCUGCCUCACCAACAACCAGCACUCCUGAACCGGAUACCAGCACUGUACCCCAGGAUGCUGCCACCAUCCCCAGCUCAGCCAUGCAGGCCCCAACAGUUUGUAUCUACUUGAACAAGAAUGGCAGCACAGGCCCCCACUUAGAUAAGAAGAAGGUCCAGCAACUCCCUGACCAUUUUGGACCAGCCCGUGCCUCUGUGGUGUUGCAGCAGGCUGUCCAGGCCUGUAUCGACUGUGCUUAUCACCAGAAAACCGUCUUCAGCUUCCUCAAGCAAGGCCAUGGUGGUGAGGUUAUCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-162.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -171.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 106.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((....)))))......((((....(((((.....((....))....)))))....))))........((((((((((..........((((((((((((.........(((((..((.((....((....))....))))..)))))...))).)))))))))..))))))))))((((..(((((.......))))).....((((.....))))..((((((((((...)))).....))))))(((((((((((.((((..........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...........(((.((((.(((((((((...(((((((((.......((((((...((((..((((.(((.....(((....))).....(((((((................))))))).))).))))..))))..)))).)))))))))))...))))))))).).))).))).......(((......)))...((((....)))).))))...))))))).))))...))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.{.(((((....))))).,..,.{{{{....||{({,....(({.,.,|..,,)|}}},...}}}}........((((((((((..........((((((((((((.,.......(((((..,,.(((,..((....))..,.))))..)))))..,))).}))))))))..)))))))))),||...(((((.......)))))...,||||{.,,..,}})}}((((({((((...)))).....))))))(((((((((((.((((..........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...........(((.((((.(((((((((...(((((((((.,,..,,{{,{{{,,.,{((,,(({{.(((..,..{{{....}}}.,}..(((((((.........,,.....})))))).}}}.}})),.}}}}.,)))}}},)))))))))...))))))))).).))).))).......,{{......,,}...((((....)))).))))...))))))).)))).,,))))
Back