Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SCMH1_0006600

Sequence Length

928 nt

GC Content

0.5366

UCCUACACACCUCCAAGCAACGAGUUCAAGAUCAGUAUGAAAUUGGAAGCACAGGACCCCAGGAACACCACAUCCACCUGUAUUGCCACAGUAGUUGGACUGACAGGUGCCCGCCUUCGCCUGCGCCUUGAUGGGAGCGACAACAAAAAUGACUUCUGGCGGCUGGUUGACUCAGCUGAAAUCCAGCCUAUUGGGAACUGUGAAAAGAAUGGGGGUAUGCUACAGCCACCUCUUGGAUUUCGGCUGAAUGCGUCUUCUUGGCCCAUGUUCCUUUUGAAGACGCUAAAUGGAGCAGAGAUGGCUCCCAUCAGGAUUUUCCACAAGGAGCCACCAUCGCCUUCCCACAACUUCUUCAAAAUGGGAAUGAAGCUAGAAGCUGUGGACAGGAAGAACCCUCAUUUCAUUUGCCCAGCCACUAUUGGGGAGGUUCGGGGCUCAGAGGUGCUUGUCACUUUUGAUGGGUGGCGAGGGGCCUUUGACUACUGGUGCCGCUUCGACUCCCGAGACAUCUUCCCUGUGGGCUGGUGUUCCUUGACUGGAGACAACCUGCAGCCUCCUGGCACCAAAGUUGUGAUUCCAAAGAAUCCCUAUCCUGCCUCCGAUGUGAAUACUGAGAAGCCCAGCAUCCACAGCAGCACCAAAACUGUCUUGGAACAUCAACCAGGGCAGAGGGGGCGUAAACCAGGAAAGAAGCGGGGCCGGACACCCAAGACCCUAAUUUCCCAUCCCAUCUCUGCCCCAUCCAAGACAGCUGAACCUUUGAAAUUCCCAAAGAAGAGAGGUCCCAAACCUGGCAGCAAGAGGAAACCUCGGACUUUGCUGAACCCACCACCUGCCUCACCAACAACCAGCACUCCUGAACCGGAUACCAGCACUGUACCCCAGGAUGCUGCCACCAUCCCCAGCUCAGCCAUGCAGGCCCCAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-293.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -310.13

Frequency: 0.0000

Diversity: 319.04

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((((..(((........)))(((((..(((...)))..))))).(((((((......(((........))).)))))...))....)).)).)))(((.((((((........)))))).((((..((((((((..................(((.((((((.....((((((((((((((.((....))...((......))...((((((..((....)).))))))))))))))))))))..((((((((..((........))....))))))))(((((((((..(((.(((((((.....(((...)))....)))))))......(((..(((((.(((((.....((....))......))))).)))))..))).......))).))))))))).)))))).))).(((((((((..((((((((((((((.....))))))))).((((((...(((((((((......((((((.((((((.....))))..........((((((((((..((((((.((((((((((((.((..(((....)))..))..)))))(((((....)))))..........)))))..)).))....).)))..)))))..))))))).))))))...((((((((((..........((((((((((((.........(((((..((.((....((....))....))))..)))))...))).)))))))))..))))))))))......(((((.......)))))...))))))))).....(((((((((((((...)))).....))))))...)))))))))))))).........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))..))).))))))))))..))))..)))).....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.{(,,..{((,...,...||}{{{{{..{{,...))}..))))}.|,(((((......((,...,,...,,}.))))}..,||....)}.)).)))(((.,{(({({,.{{....|||||.((,,.{(((({,((............,..,{{.((,((((((({(..((((((((((((((,((....)),..,,......,}...((((((..((....)),})))}}))))))))))))))..((((((((..((........})....))))))))....,(({(({(((,(((((((.....(({...}))....))))))},|.,,|{{{||{{{...{{{{{||,...,||}}}},,||,{||,}||||}||.{{{{{{{{..,|||.,}}}.,,,,|||||}..,,..}}||{{({{{{((((,((((((((.((((((((((.....)))))))})}|,}))))))}...,{(((,(,({{{{|.,{||||||,,,||..|{{,||}))||))}}||||}}}..,||||(((((.((..(((....)))..))..)))))(((((....)))))....,,,,|,|||||.{({{.|{.{{{.|.,..}))),}},))))}}.}},,,,...((((((((({.......,,.||||||{{||||.,.......{({{{,,||.|(,||,|{....))..,.))))..))))),.,))).))))))))),.)))))}))))}},...{{{{{.......)))))..,,|{{||,,,.....|||((((((((((...)))).....))))))...},},,,.,,)))}}.....,,,,}|||{,{||{|,...((.({{,,,,.,,}}}.},))))})))))}..})))),...)),)}}),},}},))),}...)))