Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SCMH1_0012100

Sequence Length

1702 nt

GC Content

0.4066

GAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCAUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAAGCAUGAGCCACCGUGCCCGGCCAUAGAAUUUUGUCUGUUUUCUAAGUAGAAAUACAAGUUCAGGACUUCUGCUCAUUUGAAAUAAAAGGGACUGAAUUUAUACUUCCACCUGAAACAAUUUAUUUAAAAAGACAACAUAUGUUAAUAAUGGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGAGACAGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCGGUGUCUUGAUCUUGGCUCACUGCAACUUCUGCCUCCCGGCUUCAGGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGUGCACACCAACAUGCCUGGCUAAUUUUUGUACUUUUAGUAGAGACAGGGUCUCAUUAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCCAGCUCCUGAUUUCAGGUGAUCCACCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGGUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCGGGCCUAGCCAACAAUGGUUUUUAAGUCACUAAAAAUCAAGCAGCCAAACAGUGAUCUCUGAGAGAGAGAAAACAAAUGAGUUGAGCUACCUCUAUGAUUUUCUAGCUUACUGUCUUAACAGUUUCCAGACCAUGGCCCAGGGAAAGGGAACUCAUGUUGAGCCCAGCAGACUCCCUAAUUGGAGGAAAUGGAAGAAAAAAAAAAUGUGAGUCCAGAGAAACCAAGGUGGCUAGAAUUUUUAGGACAGAGUGUCAGGAGGAGAAAGCUGCACACAAAGAAAACCACAGUGAUCUUCAGAGGGUCCAGGAAAAGACUACCAUUUUAUAAAUGCAUAUGAGAAAACUACCUAAGGCCAAAGGAAAAAACUAUCUGAAAGGAUUCAAAGGAAUAGAACCUGGCACUCACACAGGGCUGAGAAUAGUUCCUGAUCUCACCAGCUAGACUAGAACAUCUCAUAAUUGAUUGGGCACUGGGUAUGAUACUCAGGAAGGUGUUGCUCAUAUUGGAAAAUAAUUAACCUUAGCCUGAGUAUUGCUUCAGUCCGGCCUGACAAAUCAUAAAGGUAAAACUCAAGAAGAUCAAACUACUUCACAAAUAACUUAACUGCAUCGAGGAACAAAGCCCAAGAAGAUUUAUAGGAAUGCAAGAAUAUCCAGUACCCAUCAGGUAAAAUUCACCAGAUCUAACUUUCAAUCAAAGACUACCAGGCAUGCAAAGAGGCAGGAAAAUGCAACCAAUAAUCUAGAGAAUAAUUGAUUGAAACUGACUCAGACUCUAUACAGAUCAUAGAAUAGCAGACAAACACAUUAAAAUAAUUAUUUUAAUAUAUUUGUUAUAUUCAGAUAUUAAGCAGAGACAUGGAAGAUAUUAAAAAGACUCACUGGGCUACUAUGUGGGAAAUGAAAAAUACACUAGAUUGGAUUAAUGCCAGAAGAAAUUAGUAAACUUGAAAACAUAACAAUAGAAACUAUUCAAAAUGAAACACAAAGAGAAAAAGGAAUUUAGAACCUGUGAACUAUGGGUUAACUUCAGGUGACCAAAUAGACGUGUAAUUGGAGUCCCAGAGGAGAGAAGUGAUGGGGGAUAGAAAAAAUAUUUGAAGAAAUAAUGGCUAAAAUUUUUCCAAAAUUAAAAAUAACAGCUGGGCAUGGUGUCUCAGGCCUGUAAUCCCAGCAAUUUAGGAGGCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-477.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -508.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 310.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..(((...((((............)))).)))..)((((((((((.(((.(((((((((((((.((.((((.(((((((((((((......(((((.(((((((((((.(((....))).........((((((.(((.(((.........((((((....((((((.((((((((((((((.(((((......((((.....))))...))))).))))(((.((((((((((((((((((((((((...)))))))).((.((((.(((((((((((.((.......))..)))))).))))).))))...)).(((((((.(((.(((((((((....(((((......))))).....(((....)))..(((((((((.((.((((((.......(((.(((((...)))))....(((((((.(((((((((((((.((.(((....)))(((((((..((((.((((....)))).))))..))))))))).)).)))..))).))))).))))))).(((((((((......))))))))).((((.......((..(((((.....)))))..)).......(((((.(((((.(((((((((((((((.(((((....)))))..(((.....)))....((((..(((((((.((.((.(((((......((((......))))....................(((((((((((.....((.(((((((((((...)))))((((...))))....(((((..((((................))))..)))))....((((........))))....(((((((......)))))))...))))))..))((...(((........)))....))((((....)))).....)))).)))))))..))))).)).)))))))))..))))...)))))))..........(((....)))(((((((((((((..(((((((((((((((((((.((......))...))))..)))))..)))))))))))).)))))...)))))).)))))))).)))))...)))))((((.........)))).............)))).((..((........))..))((((((....((((..............((((.....))))..))))...)))))).)))......)))))).)))))))))))....))))))))).)))(((.....((((((((........(((((......((.......))......)))))..(((((...((((((...((((((((....))))))))...)))))).))))).((((((...((......))...)))))).......((((((((....))).)))))..............))))))))......)))................))))))).........((((...))))))))))))))))).))).))).............((((((((...))))))))...))))))))........)).))))))....))))))))).)))))))))..))))))))))).))))).((((.((((((..........)))))).)))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))).))).))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(..(({...((((...,,....,,.)))).)))..)((((((((((.(((.(((((((((((((.((.((((.(((((((((((((......(((((.(((((((((({.(((,,..}}}....,,...{(((((.(((.(((.........((((((..,.((((((.((((((((((.,,,.,,,,,......((((.....}}}}...}}}}|,||}|{((.(({(((((((((((((((((((((...)))))))).{(.((((.(((((((((((,(,.......))..)))))),,)))).))))...)).(((((((.(({.(((((((((....(((({......})))).....(({....}))..(((((((((.((.((((((,,,,...|||,(((((...)))))....(((((((.(((((((((((((.((.(((....)))(((((((.,((((.((((....)))).)))).,))))))))).)).)))..)))}})))).))))))).(((((((((......))))))))).((((.......((..(((((.....)))))..))...{{{{(({{{.(((((.(((((((((((((((.(((((....})))}..(((...,.}}}....(({{..(((((((.{(,((.{{{((,.,,..((((......))))....}},.............||||,((((,{{{{,.,|.{{,}}})).}..})})).)))).((((((((((.(((((..((((................))))..)))))....((((........)))).,,.(((((((......)))))))......(({....,,..}||......,,,|||....}},|||...,),,},,..)))))))))).,,,.}}}}|,||,,|)))))))..))))...))))))).........,{{,....})}{((((((((((((,.{(((((((((((((({{{,.,,......,,..,)},,..)))))..))))))))))))}}))))...)))))}.)))))))).))))).,,)))).((((.........)))).............)))).((..((........))..)},{{{{,...{(({{......,}.}}}..{{{{.....|||}....,,,,,,)))}}.,,,......)))))).)))))))))))....))))))))).}}}.,..{{,.,{((((((........{{{{(,,..,,{...}}|..||,.....}}}},..(((((...((((((...((((((((....))))))))...)))))).))))).((((((...((......))...)))))).......((((((((....))).)))))..............))))))))}{{{{{{,,|....,..}}}}}}..)))))))..,......{{{{...)))}))))))))))))).}}}.},,,.......,....((((((({...))))))))...))))))))........)).)))))).,..)))))),}}.}))))))))..))))))))))).}))}}.{(({.,{{{||..,.......}})))},)),,.............))))))))))))).)))).)).))))))))))))).))).))))))))))