Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SCMH1_0015000
Sequence Length
2021 nt
GC Content
0.3577
AUUUCUACAUCGUACUAAGGAAGAAUGAUUUCCUAUUUGAUAUAGCUGAACCAUGCAAAAAUCAGAUCCUUGAAAAGGUCAGAACCUGUAUUUAUACAUAGUAGAAAUAGAGAGUUAUCCUCUAUUAGGCUGUGUAUGAAUAUAUGUGUCACAAAAAACAGAGCAAAUGAAAAAACUUCCCCUUUCUUGACAUUUUAUUCUGCAGUUUUUACAAAUUAUGUGUGCCUUUAUAAUGUGCAAACUACACUACUUAAAAGUAUGUGUAGAGUACUGUUAUUAAUCCUGUUUUAUAGAAACAAUAAUGGGCUAAGAGACUUAUUCAAAAUCCUGUAACUAAUAGCUGUAAGAUAAAGCCCAGAUCUUUUGCCUCUAAGUCUUAACCUUUCCACUACAUUGUAAGUUCGUAAUUAGUAUCAGAAUUUAGUAGACAUGUAGUAUGCAAGCUGUAUGAACAUUGGAAAUAAUGUAUAUAAAAGUCUAUGAAAAAGUGUUAAAACCCCUUUAUGGAUGUUAAGUAUCAUAAAUAAUUCAGAUCUUGACCUUCAAUAGCUAACAUAUAAUCUUGGGAUGAUACCAGAGUCCUCAAUAUAUAAUAUACCAUUGGCUUAGUAUAGCAAGCAAAAUUCUUUACAAGGUGCCUCAUUUCUACUUUUCUAGCCUCAGCUCAUUCAGUUUCUGUCAUCUGUCCCUGUAGCUUACUUUGUCCCUUUUCAUCUGUAAUAAAUGGCUAGCAUUGUCCAAACACAUUGUCCCUUUCCAUUUCUAUGUUCAAUUCCACAUAAUUAGGAAGAAUGCCUGAAAUGCCUAUUUGUCUUUCUUCGGAUAAUCCUAGCUCAACUUCAUCUCCUCCAUGAAGCUUUCCUCAACCCCCCCCCAACCCCUGGCAAAGUUAAUCAUUCCCUUCUGUUUUCCCAGAGCACUUUUUAUAGCAAAUCUCUGUAUAGCAAAAAUCACACGAUGAUUGUAUAUUUGAAUUGCUAUCUUUCCUACUAAUCUGUGAGUUCUUUGUGAGCAUGAACAGGGACUUACACUUAUUUGUCUUUGUGUCUUUAACAUGUUACUACUAGGCUUAGAUUUUGUUACUCAGCUCAGAUGUAUUUUGUUUAAUGAAUAAAAUAAGAGCUACAGUUCUUUCCUUAUAAGGAUCUGUAUGUACAGUAUUCUAAGUGGGAGACUGACCACACAAAAAUACCUAAAAACACAUAGAUAUAUGUAAAACGAUAUAGUGUAUGCUUGAGGUAAAAUAAUGGAAUGAUCAGAGCCAGGUUGAGUUAUUUAGGGAAGGAUUCCUCUAGGUUAGUAGUUGGCAAUCUAUGGCCCACAGGCCAAAUCUAUCUGCCACCAGUUUUUUGUAAAUAAAGUUUUACUGGAACAUAGCCAUGUUCAUUUGUUAGUGUAUUAUAUGUCUGCCUUAAUGCUAUGAUAACAGAGUUGAGCAGUUGCAACAGAGACCAUAUGUCCUGUAAAACUGAAAAUAUUUGCCAUCUGGCCCUUUACAGAAAAAGUUUGCCAACCCCUGCUCUAGGAGUGGGCUUUGGAUAUGAAAAGAAGAGGAAUGUGAAUUGGUGAAGCAUAAGUGUGCAUCAUAAUGCAAUGAAAACAAGCCAUAGUAGUAGGUAUGCUAGGUAAGAAAGCUCCACUCCAAUUCAGUUUGUCAGAGAGACCUAUGCUGAAGAGAUUAAAUGUCAAGAAUGUUUGGAUUGAGAAAGAGGGAACACAAAUCUAAUGGAAAGAAAUUUUGAAGUAAACACUCCGGGCCUGCAGCAAAAUAGUUUCCUAAAUAGUAGCAAAGGAUGAUGAUGAAGGAAAAGGAAGCAGCAACAUAAAUUAACAUUGACUGAGUGUUUACUAUGUGCCAGGUACUGUUCUAAGUGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUCUCCUAUUUAAUCCUCUCAACAACUAAAUGAGAUAAUUGCUAUUAUUGUCUUUAUUUUGCUGCGGAGGAAACUCAGGCACAGGAGGCUAAGUUAACUUGGUCAAGUUAAUACAACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-461.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -502.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 538.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((......))(......((((((.....))))))(((((((...((........))....)))))))((((...))))...((((.((((((((((((((((...(((((((.......)))))))..)))))))))))))))).)).))...((((((...((((((((((....................))))))).))).))))))........(.(((((((..(((((((((...((((((((((....)))).)))))).)))).)))))......((((((...)))))).....(((((..(((.....((((((((.............(((.........)))(((.....(((((((((...((((((....((((..(((((.(((((((.............)))))))...(((((.((((.(((..(((((((...((.(((..(((.(((((((....(((((((((...((......))...)))))))))((((((.(((............)))))))))........................(((((.........)))))..))))))).))).))).)).....)))))))..)))....((((((((((((..(((.......((((((...((..(((((((((..........((((.(((((((((((((...........................((((((.(((((((.((...............((((((...((((..((((.........))))))))....))))))..............)).))))))).))))))...((((((.......)))))).......................((((((.......((((((((....((((((((..(((((......(((((((.((...(((((.(((..(((....)))..))))))))..)).)))))))......(((((((((((((((.((((((........)))))))))))))..(((.(((((.(((((.((((..............(((((..((((((((........((((.....)))).......))))))))..))))).((((.((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))))))................)))).))))).))))).)))......))).)))))..)))))..)).))))))..))))))))....)))))).))))))))..))))).))))....(((((.(((..((((((((.((.(((((....))))).......(((....)))(((((((((((...((((((((.(((.((((((..(((((((((((((..((((((...........)))))).....)))))))..))))))...))...........))))))).))))))))..........(((....)))..))))))))))))).))))))))..))).))))))))))))))..))....))))))..((.((((.((((((((((.(((.......(((((....)))))..........(((.(((((.......))))))))......))).))..)))))))))))).)).)))..)))).)).)))))).)))).)))))...))))).)))))))))).))))).....)))).....)))......)))))))).......)))..)))))((((((((((((.......((((((((((((((((...(((..((((.......(((((((((((.....(((((.(((.((....((((........)))).....)).))).).)))).....))))).))).))).......)))))))..)))))((((.........))))....)))))))))))....)))))))))))).(((....)))))))))).).(((((((....))))))).((((.....)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({,,,..||{,.....((((({.....}))))){{(((((...((........))....))))}}},,{{...,||||,.,.||,((((((((((((((((...(((((((.,....,)))))))..)))))))))))))))).||,|,.......,|...,,,..,{,......{{{,,,{{{{{{{{{{||||{||{|||,{|||||,{,.,,,,{{|{{{{{,,,{{{{{((((...((((((((((....)))).)))))).)))).}}}}}......((((((...))))))....{{(({{..,,{,{((({,,,,,...{{{,.....,,,|{|}}},}.,..))}}}||,,.,||{|{,,{{|||||||......,,,((((((({,(((((((.............)))))))...,,,})))))|,((..{(((((,({{((((((....)))))}.,......(((((((((...((......))...)))))))))((((((.(((............)))))))))..}}}}}))}}..}}}},....,{(((({..,..,,..))}}.}}|||||},.}}}.,,,,}}||||.||,,,)),,)},....((((((((((((..(((..,,{{.((((((,,.((..(((((((((..........((((.(((((((((((((...{{,..,.........,.....,,,((((((.(((((((.,{,,....,........({{{{{,,{((,,..,{{{,,,,,....)))}}}},,...|}}|}}.......},..,},,,.))))))).)))))},,.((((((.......)))))).......................((((((.......((((((((....((((((((..(((((......(((((((.((...((((,{(((..(((....)))..))))))))..)).)))))))......,{{{{{{{((((((((((((((........)))))))))))))..{{{.(((((.(((((.((((....,,.....,..(((({,,({{((({{.,,.||,,({{{..,,,||||,,,...})))))))),.))))}.((({{{((({{{,...|{{{{((({....)))).))))),,|,||}}}}}}}.,,,,.......,...)))).))))).))))).}}},.....}}}.))))}..)))))..)).))))))..))))))))....)))))).)))))))}..))))).))))....(((((.(((..((((((((.((.(((((....))))).......(((....))){((((((((((...((((((((.(({{((((({..(((((((((((((..((((((...........))))))..,..)))))))..))))))...))...........))))))).))))))))..........(((....)))..})))))))))})).))))))))..))).))))))))))))))..)).,,.)))))).}||}{{{{.(((((((({(.(((.......{((({....})))).,.....,..(((.(((((.......))))))))......))).}},.))))))))}}}}.}}.)))..)))).)).))))))}||.,.,}))).},}}}}},}}},}}))))})),))})}......,,...,}},,}}},}}||||,,||,....{{{{.|{{((({{{{{{{{{((,,,{,..{{{{((((((({((((,,,(({{.,(({,.,{{{.((({(,(((((.....(((({.{{..||}},,,{{|,{||{{,,|,|||{......))))})}})}},})))})}},}})})}),},)}).)))),}}..}}}}|((((.........))))}...})}))))))))},,.)))))))))))).{||,,.,))))))).}.)))|((((((....))))))}.||||..,..,,}})
Back