Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SETDB1_0004000

Sequence Length

1264 nt

GC Content

0.5348

UGAAAAAGACUUGGGAGGACAUAGAAGACAUCUCCUGCCGUGACUUCAUAGAGGAGUAUGUCACUGCCUACCCCAACCGCCCCAUGGUACUGCUCAAGAGUGGCCAGCUUAUCAAGACUGAGUGGGAAGGCACGUGGUGGAAGUCCCGAGUUGAGGAGGUGGAUGGCAGCCUAGUCAGGAUCCUCUUCCUGGAUGACAAAAGAUGUGAGUGGAUCUAUCGAGGCUCUACACGGCUGGAGCCCAUGUUCAGCAUGAAAACAUCCUCAGCCUCUGCACUGGAGAAGAAGCAAGGACAGCUCAGGACACGUCCAAAUAUGGGUGCUGUGAGGAGCAAAGGCCCUGUUGUCCAGUACACACAGGAUCUGACCGGUACUGGAACCCAGUUCAAGCCAGUGGAACCCCCACAGCCUACAGCUCCACCUGCCCCACCUUUCCCACCUGCUCCACCUCUAUCCCCCCAAGCAGGUGACAGUGACUUGGAAAGCCAGCUUGCCCAGUCACGGAAGCAGGUAGCCAAAAAGAGCACGUCCUUUCGACCAGGAUCUGUGGGCUCUGGUCAUUCCUCCCCUACAUCUCCUGCACUCAGUGAAAAUGUCUCUGGUGGGAAACCUGGGAUCAACCAGACAUAUAGAUCACCUUUAGGCUCCACAGCCUCUGCCCCAGCACCCUCAGCACUCCCGGCCCCUCCAGCACCCCCAGUCUUCCAUGGCAUGCUGGAGCGGGCCCCAGCAGAGCCCUCCUACCGUGCUCCCAUGGAGAAGCUUUUCUACUUACCUCAUGUCUGCAGCUAUACCUGUCUGUCUCGAGUCAGACCUAUGAGGAAUGAGCAGUACCGGGGCAAGAACCCUCUGCUGGUCCCGUUACUAUAUGACUUCCGGCGGAUGACAGCCCGGCGUCGAGUUAACCGCAAGAUGGGCUUUCAUGUUAUCUAUAAGACACCUUGUGGUCUCUGCCUUCGGACAAUGCAGGAGAUAGAACGCUACCUUUUCGAGACUGGCUGUGACUUCCUCUUCCUGGAGAUGUUCUGUUUGGAUCCAUAUGUUCUUGUGGACCGAAAGUUUCAGCCCUAUAAGCCUUUUUACUAUAUUUUGGACAUCACUUAUGGGAAGGAAGAUGUUCCCCUAUCCUGUGUCAAUGAGAUUGACACAACCCCUCCACCCCAGGUGGCCUACAGCAAGGAACGUAUCCCGGGCAAGGGUGUUUUCAUUAACACAGGCCCUGAAUUUCUGGUUGGCUGUGACUGCAAGGAUGGGUGUCGGGACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-431.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -452.17

Frequency: 0.0000

Diversity: 309.06

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......(((((((((((.((.....((((((((((.(.(((....))).)))))).)))))..)))))..)))))..(((((..(((((((((((.((((((..(((((.(((....)))((((((.(((.(.((.(((..((((.((((((((((((.(((((((......))))...))).))))))(((((.....((((........)))).....(((((((......)))))))(((((...)))))....)))))....(((.(((.((.....))..)))))).)))))).))))............((((((((...((.(((.((((.(((...((((((((...(((...)))....))))))))...))).........(((((.((.(((.(((((((((.(((((((((.......((((((((((((.................))))))))...((((((.((.(((....))).)).)))))))))))))))).((........))..(((.....)))..))).))))))))).)))...(((((.((..((((.(((((....))).))..))))....)).)))))..((((......))))..................)).))))).)))).)))))))))))))...........(((((((((((((...(((........)))..)))))))).)))))))).))).))).))))))....((((...)))))))))...)))))).(((((((((((((((.......).)))........)))))..))))))..))))))))))))))))....((((((((((((....((((.....))))..))))))))(((.(((((((((..........)))....)))))).)))((((........))))((((((((((.(.(((.(((((.(((.((((.....(((((((.(((((........(((((.(((((.((((....)))).........((((.((((((......))))))))))))))).)))))(((((((........(((.....)))......)))))))))))).)).)))))......(((((((.(((((((...((((.......(((((...)))))(((...((..((........))..)).)))))))))))))).))))))).)))).))))))))..))).).))))))))))..))))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.......{{{{(((((((.{,,,{..((((((((((.(.(((....))).)))))).))))).,))))).,))))}..(((((..(((((((((((.((((((..(((((.,{,...,||.((((((.(((.{.((.(((..,,,,.{{(((((((,{({((,,((({{....,||{{{{|,,.,}))))||,{{.{,..{((({{{,{.{{{|||,,...{(((((,{{{{{{,,,,|||(((((,..|}}||....,.|||{.{{(,({({{.{{.....}}..)),}}},,,)))},)))}..,}},.,,,,}||||||||}}.||}||..,(((.(((,.,({{{{{{{...|||,..))}.,.,|}|||||}..,))),....}}}.({((,....|||}(((((((((.(((((((((.,,....,,,,((((((((.................))))))))...((((((.((.{((....))}.)).)))))))),,)))))).((,.....,.))..(((.....)))..))).))))))))).})),..||||||||,}||||,|{{|||,..}||.||..,}}),.}}))})))}...{{((......)))).....,,|,,,......{||{|....}))))})))))))}),,))})}}}.,,...(((((((((((((...(((........)))..)))))))).)))))))).))}.))).))))))}}.,{{{{...)))))))))...)))))).(((((((((((,,({,......,.,,},....,},)))))..))))))..))))))))))))))))....{((({(((((((...,(({,....,))}}..)))))))|(((.((((((,{{.{,.......))}..,.)))))).)))|(((........))}|((((((((((.(.(((.(((((.(({.((((.{,,,(((((((.(((({,,......(((((.(((({.((((....))))........,((((.((((((......))))))))))))))).)))))(((((((........{,,.....,))......)))))))))))).)).)))))...,..{((((((.(((((({..|||{{...,,..(((((...))))){{{...((..((........))..)).})))}))))))))}.))))))).)))).})))))))..))).).))))))))))..))))))),......