Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SETDB1_0005900
Sequence Length
1545 nt
GC Content
0.5100
GUCCAAGUGUGCCUGCCAUCAACUAACUAUCCAGGCUACAGCCUGUACCCCAGGAGGCCAAAUCAACCCUAACUCUGGCUACCAGUACAAGAGACUAGAAGAGUGUCUACCCACAGGGGUAUAUGAGUGUAACAAACGCUGCAAAUGUGACCCAAACAUGUGCACAAACCGGUUGGUGCAACAUGGACUACAAGUUCGGCUACAGCUAUUCAAGACACAGAACAAGGGCUGGGGUAUCCGCUGCUUGGAUGACAUUGCCAAAGGCUCUUUUGUUUGUAUUUAUGCAGGCAAAAUCCUGACAGAUGACUUUGCAGACAAGGAGGGUCUGGAAAUGGGUGAUGAGUACUUUGCAAAUCUGGACCAUAUCGAGAGCGUGGAGAACUUCAAAGAAGGAUAUGAGAGUGAUGCCCCCUGUUCCUCUGACAGCAGUGGUGUAGACUUGAAGGACCAGGAAGAUGGCAACAGCGGUACAGAGGACCCUGAAGAGUCCAAUGAUGAUAGCUCAGAUGAUAACUUCUGUAAGGAUGAGGACUUCAGCACCAGUUCAGUGUGGCGGAGCUAUGCUACCCGGAGGCAGACCCGGGGCCAGAAAGAGAACGGACUCUCUGAGACAACUUCCAAGGACUCCCACCCCCCAGAUCUUGGACCCCCACAUAUUCCUGUUCCUCCCUCAAUCCCUGUAGGUGGCUGCAAUCCACCUUCCUCCGAAGAGACACCCAAGAACAAGGUGGCCUCAUGGUUGAGCUGCAAUAGUGUCAGUGAAGGUGGUUUUGCUGACUCUGAUAGCCAUUCAUCCUUCAAGACUAAUGAAGGUGGGGAGGGCCGGGCUGGGGGAAGCCGAAUGGAGGCUGAGAAGGCCUCCACCUCAGGACUAGGCAUCAAGGAUGAGGGAGACAUCAAACAGGCCAAGAAAGAGGACACUGACGACCGAAACAAGAUGUCAGUAGUUACUGAAAGCUCUCGAAAUUACGGUUACAAUCCUUCUCCUGUGAAGCCUGAAGGACUUCGCCGCCCACCUAGUAAGACUAGUAUGCAUCAAAGCCGAAGACUCAUGGCUUCUGCUCAGUCCAACCCUGAUGAUGUCCUGACACUGUCCAGCAGCACAGAAAGUGAGGGGGAAAGUGGGACCAGCCGAAAGCCCACUGCUGGUCAGACUUCGGCUACAGCGGUUGACAGUGAUGAUAUCCAGACCAUAUCCUCUGGCUCUGAAGGGGAUGACUUUGAGGACAAGAAGAACAUGACUGGUCCAAUGAAGCGUCAAGUGGCAGUAAAAUCAACCCGAGGCUUUGCUCUUAAAUCAACCCAUGGGAUUGCAAUUAAAUCAACCAACAUGGCCUCUGUGGACAAGGGGGAGAGCGCACCUGUUCGUAAGAACACACGCCAAUUCUAUGAUGGCGAGGAGUCUUGCUACAUCAUUGAUGCCAAGCUUGAAGGCAACCUGGGCCGCUACCUCAACCACAGUUGCAGCCCCAACCUGUUUGUCCAGAAUGUCUUCGUGGAUACCCAUGAUCUUCGCUUCCCCUGGGUGGCCUUCUUUGCCAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-485.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -513.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 374.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((((.(((..............(((((....)))))((((((.((.(((((...............))))).))......(((.(((.....))).))).......))))))....(((((.....)))))(((.((((.......)))).))).......))).))))).)).)))))(.........(((((.(((..(((((..((((..........((((((((.(((.(((......(((((((..(((((((((((((((((....((((((......)))).))........))))))))).)))))))).......)))))))....((((((...(((.((.....)).)))..))))))..((((...)))).....))))))))))))))))))..)).))).))).))))).(((.((((((((...((((((.(((...((((..(((((.((((........)))).............((((........))))...((((((((.....((((..(((...((((((.(((((...))).(((((.(.....))))))..((((..(((......)))))))........(((((((.((..........)).))))))).)))))))))))..))))....)))).)))))))))....))))....))).)))))).....(((.((((.........))))..)))((((.((.((((...(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))).)))))))))))).))).((..((((((((((((((..(((((((((((.(((((((((((.....))))))))..(((((.((.((((((((.((((((.(((((.((...(((((((.....((((((((((.((((((.....((...(((((....)))))...))..........((((.....((((((..((....))...))))))....)))).....(((((...)))))..........((((((((..(((.(((.((...((((.......)))).)).))).)))..(((.((((((((((.....)))...(((....(((......)))....))).))))))).))).))))))))....)))))).))))).................))))))))).)))((((......))))..((((.((..........)).))))...(((((.((...(((........)))....)).)))))((((((........(((((((.(((.........)))))..)))))(((((.......))))))))))).....(((((....)))))..(((((.........))))).)).))))).)).)))).)))))))).)))))))(((((..((((((.............(((((((......))).))))..))))))..)))))((((((....))))))..)))))))))))))).))))))))))))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((,(((,,((({{{..,,...,{{{(((((...{||,,|(((((({((.{{{{{......,,,,...,,|||}}.}}.,....{((.(((.....))).))),{{{...}))))}....(((((.....))))){{{.{(((.......}}}|,||},......}}},})))),,).))|||(...,}}},|{(,,{.|||..,,.,|,..,.||,..,|}}}}}||||||..|||}|||}}}}}.((({.((,.{((((((((((((((((.{,,((((((......)))).))..,}}...)))))))))))))))))))).,)))}}))))),||,{{,{||,..|{|,||,,,,,||.}}}..}||||}..|}}}}..,..,}}}}}),,,||||||||||||||||.,,|},.}))}),))}||{{.(((((((({..((((((.(((...((((.,(((((.((((.,....}.)))).............((((........))))...((((((((.....{({{..{(,...((((((.(((((...))).(((((.{.....})))))..(((,.{(((......))))))).,......(((((((.{(..........}).))))))),)})))))),,,.,))}}.,,.)))),,))))))))..,.))))....))).)))))).....(((.((((.........))))..))),{({.((.((((...(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))).)))))))))))).}},.{{..((((((((((((({..(((((((((({,(({((((((((.....))))))))..(((((.((.((((((((.((((((.(((((.((...((((((,....,((((((((((.((((((.....,({,,(((((....))))}...,},}.,......|(({.....{(((((..{{,,..||,,.)}}))}.,,.))}|,....(((((...)))))...}}.....((((((((..(((.(((.((...((((.......)))).)}.)}).))},,(({,(({{({{(((.....)))..|{||,.,,||{,,,,,,|}|....}}}.)}))))),)}).))))))))....)))))).))))),,{............,.})))))))).))).|{(||.{{.||||,.((((.{(.......,..)).))))...{{{((.{{..|{{|,.......})}.)}}}},|}}}|((((((........((((({(.(({........,)}}))..)))))(((((.......))))))))))),..,,{((((....))))}..(((((.,,....,,))))).}),))))).)).)))).)))))))).))))))){((((..((((((.{,..........,,,||{|..,,..}},.,}}}..))))))..)))))((((((....))))))..)))))))))))))).))))))))))))))..)},
Back