Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SHKBP1_0001600

Sequence Length

648 nt

GC Content

0.6049

GGGUCUUUCAUCUGGGGGUGCCUGUGGAGGCCUUGUUCUUCGUCGGGAACCAGCUCAUUGCUACAAGCCACACAGGGCGCAUCGGGGUGUGGAAUGCCGUCACCAAGCACUGGCAGGUCCAGGAGGUGCAGCCCAUCACCAGUUAUGACGCGGCAGGCUCCUUCCUCCUCCUGGGCUGCAACAACGGCUCCAUUUACUACGUGGAUGUGCAGAAGUUCCCCUUGCGCAUGAAAGACAACGACCUCCUUGUCAGCGAGCUCUAUCGGGACCCAGCGGAGGAUGGGGUCACCGCCCUCAGUGUCUACCUCACCCCCAAGACCAGUGACAGUGGGAACUGGAUCGAGAUCGCCUAUGGCACCAGCUCAGGGGGCGUGCGGGUCAUCGUGCAGCACCCGGAGACUGUGGGCUCGGGGCCUCAGCUCUUCCAGACCUUCACUGUGCACCGCAGCCCUGUCACCAAGAUCAUGCUGUCGGAGAAGCACCUCAUCUCAGUCUGUGCCGACAACAACCACGUGCGGACAUGGUCUGUGACUCGCUUCCGCGGCAUGAUUUCCACCCAGCCCGGCUCCACCCCACUCGCUUCCUUUAAGAUCCUGGCUCUGGAGUCGGCAGAUGGGCAUGGCGGCUGCAGUGCUGGCAAUGACAUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-243.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -257.14

Frequency: 0.0000

Diversity: 168.78

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((......((((((((...((((((((((((((((((((.(((..(((((((...(((...((((...(((.((.......(((((((....))).))))..)).)))((((.(((((((((.((.((((.(((.......))).).)))..))........)))))))))))))......))))((((.......))))((((((((.........))))))))....(((((........))))))))))))).....))..))).)))))))))))))))..(((.....))))))))..)))))))))))))((((((((((((..(((((..(((...((((..(((.(((((((.(((.((((((((....)))))).)).))).))).))).).)))..)))).....))).)))))...))))))))((((.((((((..((((...(((((((((((.((((..(((...(((...(((.((((((((.((.(......)))))).))))).))))))...))))))))))))))))))...((((..(((((((((..(((....(((.....)))....)))...)))))))))....))))..)))))))))).)))).........)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{((((,.,..,((((((((.,,((((.(((((((((((((((.(((..(((((((...({{,|||{{{.,,,.}}{{{({,{,{,(((((({..(((((......,,..||({((({((((((((.({.((({.(({.......))).).))).,))..,..,,,)))))))))))}}....)))))}||||.....,}})})||||||{,......,,}}})})})}....|{|{{.{....,,))))}}}}))))).....))..))).))))))))))))))).}|||.....)}},,,}}..)))))))}})))|,{{{((((((((..(((((..(((...((((..(((.(((((((.(((.(({((((,,...,)}))),)).))).))).))).).)),..)))).....))).)))))..}}}))))))((((.((((((,,(({,...(((((((((((.((((..(((...(((,..(((.((((((((.(,,{......)))))).))))).))))))...))))))))))))))))))...((((,,(((((((((..(((....(({.....}))....)))...))))))))),...))))..)))})))))).)))).,.,,....}})))