Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SMARCC1_0002400
Sequence Length
1878 nt
GC Content
0.4696
UGAACCUAAAGAAAGAUAGUGAAAAUACACCUGUUAAAGGAGGAACUGUAGCGGAUCUAGAUGAGCAGGAUGAAGAAACAGUCACAGCAGGAGGAAAGGAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAGGGUCCAUGCCUUUUUAGAGCAGUGGGGACUCGUUAAUUACCAAGUUGACCCGGAAAGUAGACCCAUGGCAAUGGGACCUCCUCCUACUCCUCAUUUUAAUGUAUUAGCUGAUACCCCCUCUGGGCUUGUGCCUCUGCAUCUUCGAUCACCUCAGGUUCCUGCUGCUCAACAGAUGCUAAAUUUUCCUGAGAAAAACAAGGAAAAACCAGUUGAUUUGCAGAACUUUGGUCUCCGUACUGACAUUUACUCCAAGAAAACAUUAGCAAAGAGUAAAGGUGCUAGUGCUGGAAGAGAAUGGACUGAACAGGAGACCCUUCUACUCCUGGAGGCCCUGGAGAUGUACAAGGAUGAUUGGAACAAAGUGUCGGAACAUGUUGGAAGUCGUACUCAGGAUGAAUGCAUCCUCCACUUUUUGAGACUUCCCAUUGAGGACCCAUACCUUGAGAAUUCAGAUGCUUCCCUUGGGCCUUUGGCCUACCAGCCUGUCCCCUUCAGUCAGUCAGGAAAUCCAGUUAUGAGUACUGUUGCUUUUUUGGCAUCUGUGGUGGACCCUCGCGUGGCAUCUGCUGCAGCAAAAGCGGCUUUGGAGGAGUUUUCUCGGGUCCGGGAGGAGGUACCACUGGAAUUGGUUGAAGCUCAUGUCAAGAAAGUACAAGAAGCAGCACGAGCCUCUGGGAAAGUGGAUCCCACCUACGGUCUGGAGAGCAGCUGCAUUGCAGGCACAGGGCCCGAUGAGCCAGAGAAGCUUGAAGGAGCUGAAGAGGAAAAAAUGGAAGCCGACCCUGAUGGUCAGCAGCCUGAAAAGGCAGAAAAUAAAGUGGAAAAUGAAACGGAUGAAGGUGAUAAAGCACAAGAUGGAGAAAAUGAAAAAAAUAGUGAAAAGGAACAGGAUAGUGAAGUGAGUGAGGAUACCAAAUCAGAAGAAAAGGAGACUGAAGAGAACAAAGAACUCACUGAUACAUGUAAAGAAAGAGAAAGUGAUACUGGGAAGAAGAAAGUAGAACAUGAAAUUUCCGAAGGAAAUGUUGCCACAGCCGCAGCAGCUGCUCUUGCCUCAGCGGCUACCAAAGCCAAGCACCUGGCUGCAGUGGAAGAAAGAAAGAUCAAGUCCCUGGUAGCUCUCUUGGUUGAGACACAAAUGAAGAAACUAGAGAUCAAACUUCGACAUUUUGAAGAGCUGGAAACUAUCAUGGACAGAGAGAAAGAAGCUCUAGAACAACAGAGGCAGCAGUUGCUUACUGAACGCCAAAACUUCCACAUGGAACAGCUGAAGUAUGCUGAAUUACGAGCACGACAGCAAAUGGAACAGCAGCAGCAUGGCCAGAACCCUCAACAGGCACACCAGCACUCAGGAGGACCUGGCCUGGCCCCACUUGGAGCAGCAGGGCACCCUGGCAUGAUGCCUCAUCAACAGCCCCCUCCCUACCCUCUGAUGCACCACCAGAUGCCACCACCUCAUCCACCCCAGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-523.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -557.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 482.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(...(((.......(((((((......)).))))).....))).)(((..((((.....((((((..(((((((....((((.((.((((((.................))))))....((.((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((.(((((((..((((((((((...(((....(((((((.((((.....))))))))))))))...))))))))....))..)))))(((((((.....)))..)))).........(((((..............)))))((((.........))))..)).)))))...))))....))))))).)).......((((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((....(((.(((.((((.......)))).))).)))((.((((..((((((((.((.(((.(((...(((..((((.(((((....)))))........)))))))))).)))...)))))))).))..))))))..((((....))))..)))))))))......)))))))))).)))..)))))).)))))..(((((((..........)))))))..)))))))))....).))))))))).))))))))...)))).)))..............(((((((((.((((((...((((((........(((((((((((((.........))))))(((((((.((.((.(((((((((((...((..(..((((............(((((((.((...((((((....))))))........)).)))))))))))..)..))))).)))))..........))).))))..))))))).(((......))).......)))))))..........))))))....)))))).)))))))))(((((((((((((((((((((.((.(((...((((........))))))).)))))).))).....((((..((((((.((.....(((...(((((.((.((((((((((.....((.((..(((((((....(((((((.....((((...))))....(((((.((((((((((((..(((.(((....((((((.....((.....(((((....))))).....))......)))..((.((((.....)))).)).((((....))))..........(((.........((........)).......)))........................((........))......(((.(((((((............((((............))))............)))))))..))).................((..((((...........))))..)).....((((((...))))))...)))...))))))))))))))))))(((.....)))(((...(((((......)))))...)))..........)))))..((((.((((((.(((((.((((....((....))....))))))))).....((((((....)))))).........)))))).))))..((((.......)))).......)))))))....)))))))..)).))(((.....(((((..(((....((((..((..(((........)))))..))))...((......))...((..((((((...((((...((((......)).))...))))..))))))..)).)))..)))))......)))....)))))))).)).)))))))))))).)))))).)))).......))))).)))))))))....))))))....)).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{,,,(((.......{{{{(((......))}|||||..,,.}}}.}||{,,||||.....((((((,,((,{{{,....{{{{|{,.((((((...........,.....))))))....({,(((({{{{{{|||||{{{{{{(((((((.{(((.(((((..((((((..((((((((((.,.{({...{(((((((.((((.....))))))))))))})...)))))))),...})..)))))}{{{{((({,((,...((((.........))))}))})},}},......,|||,{{,{,,,......,}}),,,}.))))),,.)))}....))))))).}}.......{{{{{|||,|||,|{(((({{{{(((.(((((((((,..{(((.(((.(((({,....,)))),))).)))|(.((((..(((((((({{{.{{|,(((...(({.,((((.(((((....)))))......,.)))))))))}.}}}...}})))))).))..))))}...((((....)))).,))))))))).}},.,))))))))||,|||..}}||||,|||||..(((((((..........)))))))..}}|||}}}}.,..|,}}}}}}|||.}},,,|}},,.|||.,|}}..,......,,,,.{{(((((({.((((((.{{((((((......,.((((((,((((((.........))))))(((((((.((.((.(({{{{({{({.,{,{..{,,.(({{,,{..|,|,,,(((((((.,,...((((((....))))))........,}.))))))),}},,.},.}},)},)}))),...,}}...))).))))..))))))).(((......))).......}}))))),,}}......)))))}.,,.)))))).}))))))))||||||||||(((((({{{{{.,({(((,{{(((({,..,...,))})),.,|||||.||,.,,,,((((..((((((.((,.,,.{{{...{{(({{((.((((((((((.{...((.({..(((((((....(((((((,{,..((((...}}}}},,}{{|||.((((((((((((..(((.(((....((((({.,...((.....(((((....))))).....))......)))..((.((((.....)))).)).((((....))))..........{({,.........{........||{......)))........................{{........}}...,,.(((.(((((((............((((............))))............)))))))..))).},,.............((..((((...........))))..)).....((((((...)))))).,,})),,.))))))))))))))))))|||.,.,{||((((,..(((((......)))))...|}||,.,.........}}..{|||.||||||,{((({{((((....,,....}}....))))))))}.....((((({....)))))).,,},....}}}}}}.}}}}.,(({{.......)))).......)))))))....))))))).,)).)){((.....(((({..{||,...((((..({.{(((........)))))..))))...||.....,}....{(..((((((...((((...((((......)).))...))))..))))))..)).|}}..}))}}..,..,)))..,.)))))))).)).))))))}}}))).)))))).))))...,..,)}))},}))))))))),..}}}})),,,,,),)))))
Back